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zhongyunxia新蟲 (小有名氣)
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[求助]
gro文件中最后一行數(shù)字意義
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各位大俠，我在文獻中下載了pdb和top,再把pdb用editconf -f xx.pdb -o xx.gro 后，gro坐標如下所示 1PLM CAA 1 3.729 2.340 2.430 1PLM CAD 2 3.782 2.485 2.462 1PLM CAE 3 3.905 2.499 2.379 1PLM CAF 4 3.993 2.617 2.401 1PLM CAG 5 4.134 2.576 2.401 1PLM CAH 6 4.218 2.646 2.505 1PLM CAI 7 4.364 2.607 2.495 1PLM CAJ 8 4.461 2.690 2.586 1PLM CAK 9 4.603 2.627 2.581 1PLM CAL 10 4.696 2.715 2.665 1PLM CAM 11 4.841 2.676 2.649 1PLM CAN 12 4.924 2.761 2.746 1PLM CAO 13 4.932 2.908 2.707 1PLM CAP 14 5.009 2.991 2.807 1PLM CAQ 15 4.970 3.136 2.788 1PLM CAR 16 5.067 3.233 2.861 1PLM OAC 17 5.062 3.250 2.983 1PLM OAB 18 5.148 3.294 2.786 6.13720 6.13720 6.13720 因為我是算純體系，后來用genbox -cp box.gro -cs xx.gro -o b4em.gro 時，建的9 10 9 的盒子只能裝入5個殘基分子，請問這是怎么回事？跟gro后面的 6.13720 6.13720 6.13720這一排數(shù)字有關系嗎？若有關系可以把這個數(shù)字改動嗎？懇請各位大俠指點迷津，感激不盡！ |
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【答案】應助回帖
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zhongyunxia(金幣+5): ★★★很有幫助 2012-02-17 16:58:59
zhongyunxia(金幣+5): ★★★很有幫助 2012-02-17 16:58:59
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6.13720 6.13720 6.13720 是 xyz 三個方向的周期邊長。 修改的時候，使用 editconf -box 即可 http://manual.gromacs.org/online/editconf.html |
2樓2012-02-17 13:50:17
zhongyunxia
新蟲 (小有名氣)
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3樓2012-02-17 15:26:08
4樓2012-02-17 16:10:13
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