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zhongyunxia新蟲 (小有名氣)
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[求助]
gro文件中最后一行數(shù)字意義
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各位大俠，我在文獻(xiàn)中下載了pdb和top,再把pdb用editconf -f xx.pdb -o xx.gro 后，gro坐標(biāo)如下所示 1PLM CAA 1 3.729 2.340 2.430 1PLM CAD 2 3.782 2.485 2.462 1PLM CAE 3 3.905 2.499 2.379 1PLM CAF 4 3.993 2.617 2.401 1PLM CAG 5 4.134 2.576 2.401 1PLM CAH 6 4.218 2.646 2.505 1PLM CAI 7 4.364 2.607 2.495 1PLM CAJ 8 4.461 2.690 2.586 1PLM CAK 9 4.603 2.627 2.581 1PLM CAL 10 4.696 2.715 2.665 1PLM CAM 11 4.841 2.676 2.649 1PLM CAN 12 4.924 2.761 2.746 1PLM CAO 13 4.932 2.908 2.707 1PLM CAP 14 5.009 2.991 2.807 1PLM CAQ 15 4.970 3.136 2.788 1PLM CAR 16 5.067 3.233 2.861 1PLM OAC 17 5.062 3.250 2.983 1PLM OAB 18 5.148 3.294 2.786 6.13720 6.13720 6.13720 因?yàn)槲沂撬慵凅w系，后來(lái)用genbox -cp box.gro -cs xx.gro -o b4em.gro 時(shí)，建的9 10 9 的盒子只能裝入5個(gè)殘基分子，請(qǐng)問(wèn)這是怎么回事？跟gro后面的 6.13720 6.13720 6.13720這一排數(shù)字有關(guān)系嗎？若有關(guān)系可以把這個(gè)數(shù)字改動(dòng)嗎？懇請(qǐng)各位大俠指點(diǎn)迷津，感激不盡！ |
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zhongyunxia
新蟲 (小有名氣)
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- 專業(yè): 化工熱力學(xué)和基礎(chǔ)數(shù)據(jù)
3樓2012-02-17 15:26:08
【答案】應(yīng)助回帖
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zhongyunxia(金幣+5): ★★★很有幫助 2012-02-17 16:58:59
zhongyunxia(金幣+5): ★★★很有幫助 2012-02-17 16:58:59
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6.13720 6.13720 6.13720 是 xyz 三個(gè)方向的周期邊長(zhǎng)。 修改的時(shí)候，使用 editconf -box 即可 http://manual.gromacs.org/online/editconf.html |
2樓2012-02-17 13:50:17
4樓2012-02-17 16:10:13
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