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muxiachuixue木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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[求助]
求助如何固定原子坐標(biāo)進(jìn)行優(yōu)化，快搞瘋了
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小弟算一個(gè)酶催化反應(yīng)的過(guò)渡態(tài)，第一步是優(yōu)化反應(yīng)模型（65個(gè)原子，C/H/O/N/P），氨基酸殘基坐標(biāo)來(lái)自晶體結(jié)構(gòu)，配體分子是我隨便擺的，現(xiàn)在想固定氨基酸殘基截?cái)帱c(diǎn)的坐標(biāo)，防止優(yōu)化過(guò)程中氨基酸變化過(guò)大，于是將要固定的原子前加-1，opt，出現(xiàn)如下錯(cuò)誤： New curvilinear step failed, DQL= 2.27D-05 SP=-1.06D-01. OIter 1 Iteration 1 Try 1 RMS(Cart)= 1.33837418 RMS(Int)= 0.10615517 OIter 1 Iteration 2 Try 1 RMS(Cart)= 0.48462652 RMS(Int)= 0.03868199 OIter 1 Iteration 3 Try 1 RMS(Cart)= 0.14237191 RMS(Int)= 0.02029609 OIter 1 Iteration 4 Try 1 RMS(Cart)= 0.14305967 RMS(Int)= 0.02619501 Old curvilinear step not converged, using linear step OIter 1 Iteration 1 Try 1 RMS(Cart)= 0.00160751 RMS(Int)= 0.00012488 OIter 1 Iteration 2 Try 1 RMS(Cart)= 0.00068394 RMS(Int)= 0.00002980 OIter 1 Iteration 3 Try 1 RMS(Cart)= 0.00013829 RMS(Int)= 0.00002363 OIter 1 Iteration 4 Try 1 RMS(Cart)= 0.00015263 RMS(Int)= 0.00002022 Old curvilinear step not converged, using linear step Error imposing constraints Error termination via Lnk1e in /home/g09c01/g09/l103.exe at Sat Feb 18 05:51:33 2012. Job cpu time: 5 days 5 hours 52 minutes 14.6 seconds. 而且我查看優(yōu)化過(guò)程中的幾個(gè)中間結(jié)構(gòu)，發(fā)現(xiàn)其實(shí)固定的幾個(gè)原子相對(duì)位置都變了！ 于是嘗試加opt=cartesian；優(yōu)化了100多步，沒(méi)優(yōu)化完，也沒(méi)出現(xiàn)錯(cuò)誤，但是查看坐標(biāo)相對(duì)位置，固定的幾個(gè)原子相對(duì)位置還是變了，雖然變化很��！ 現(xiàn)在嘗試用內(nèi)坐標(biāo)加modredundant，不知可否。問(wèn)兩個(gè)問(wèn)題： 1.如何成功地固定原子進(jìn)行優(yōu)化？ 2.沒(méi)優(yōu)化完的結(jié)構(gòu)打開(kāi)來(lái)看，出現(xiàn)如下錯(cuò)誤，提示電荷與自旋多重度不匹配？我設(shè)的電荷-4，自旋多重度1，沒(méi)錯(cuò)啊~不理解；以下附上gjf和out，望大俠不吝賜教！ [ Last edited by muxiachuixue on 2012-2-18 at 19:25 ] |
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- 附件 2 : initial1_opt_6-31+g(d,p)_fix_nocartesian.out
2012-02-18 19:21:39, 4.92 K
2012-02-18 19:21:41, 441.3 K
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muxiachuixue
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不好意思，寫(xiě)錯(cuò)了，這個(gè)才是輸入文件 %nprocshared=12 %mem=4000MB # opt freq b3lyp/6-31+g(d,p) geom=connectivity initial1_opt+freq_6-31+g(d,p) -4 1 C -1 35.74600000 17.70700000 37.06500000 C 0 34.55400000 17.07300000 36.42100000 N 0 33.71300000 16.21900000 37.09900000 C 0 34.06300000 17.16500000 35.16400000 C 0 32.75500000 15.81100000 36.28600000 N 0 32.94400000 16.37000000 35.10600000 C -1 36.35100000 12.23000000 39.59000000 C 0 35.34500000 12.95400000 38.70400000 O 0 34.80500000 13.99300000 39.14400000 O 0 35.09900000 12.48100000 37.57000000 O 0 30.05008229 18.16819493 37.00040235 C 0 30.19200000 19.39400000 36.80100000 C 0 29.71700000 19.83800000 35.40200000 O 0 30.84500000 19.59000000 34.47800000 C 0 30.55300000 19.94300000 33.07600000 C 0 29.26000000 19.22600000 32.62500000 O 0 29.00000000 19.60800000 31.28500000 C 0 28.05500000 19.60200000 33.54500000 O 0 26.86400000 18.93900000 33.11100000 C 0 28.43700000 19.11400000 34.95000000 O 0 27.39300000 19.41500000 35.90000000 O 0 30.30000000 21.33400000 32.86000000 P 0 31.19300000 22.65600000 33.07400000 O 0 31.44800000 23.34400000 31.81100000 O 0 32.37400000 22.26500000 33.80900000 O 0 30.20000000 23.61800000 33.89000000 P 0 29.91600000 23.94900000 35.42400000 O 0 28.85600000 24.94800000 35.42400000 O 0 29.69100000 22.74800000 36.18500000 O 0 31.22700000 24.58900000 35.96000000 C -1 31.71100000 25.80900000 35.39300000 H 0 36.26137112 16.91621446 37.56893534 H 0 36.23792923 18.25830768 36.29107141 H 0 34.46998508 17.74793333 34.36434265 H 0 31.96071532 15.14099832 36.54116580 H 0 36.86206837 12.99186768 40.14069662 H 0 36.89985044 11.57832409 38.94271205 H 0 29.45011886 20.87410038 35.41505577 H 0 31.42755844 19.65406833 32.53142125 H 0 29.38882618 18.16611236 32.69529934 H 0 29.72891881 20.13942462 30.95657156 H 0 27.86180339 20.65415741 33.52176510 H 0 26.14592876 19.14344770 33.71446900 H 0 28.58582374 18.05513240 34.91061856 H 0 27.75118215 19.95416339 36.60894879 H 0 30.87236139 26.46227634 35.27128188 H 0 32.31703394 25.55346377 34.54900705 H 0 33.83353238 15.88732079 38.03466065 H 0 35.49730535 18.42234640 37.82086407 H 0 35.88600556 11.59973646 40.31900483 H 0 32.35305485 26.24353604 36.13045780 H 0 31.96751104 16.63649352 33.53018581 O 0 31.39310568 16.88254181 32.80140688 C 0 32.60136031 15.06120516 31.78645413 C 0 32.81251344 14.26275187 30.66201733 C 0 32.02421115 14.43705893 29.52473184 C 0 31.02340425 15.40939592 29.51196969 C 0 30.81204569 16.20730021 30.63634211 C 0 31.60132781 16.03347904 31.77354474 H 0 33.22327326 14.92391946 32.68284676 H 0 33.60150888 13.49683836 30.67223884 H 0 32.19100051 13.80817139 28.63817768 H 0 30.40194302 15.54660803 28.61516698 H 0 30.02336623 16.97369697 30.62659861 O 0 30.67728943 20.12328595 37.69270408 1 2 1.0 32 1.0 33 1.0 49 1.0 2 3 1.5 4 2.0 3 5 2.0 48 1.0 4 6 1.5 34 1.0 5 6 2.0 35 1.0 6 7 8 1.0 36 1.0 37 1.0 50 1.0 8 9 2.0 10 2.0 9 10 11 12 1.5 12 13 1.0 65 1.5 13 14 1.0 20 1.0 38 1.0 14 15 1.0 15 16 1.0 22 1.0 39 1.0 16 17 1.0 18 1.0 40 1.0 17 41 1.0 18 19 1.0 20 1.0 42 1.0 19 43 1.0 20 21 1.0 44 1.0 21 45 1.0 22 23 1.0 23 24 2.0 25 2.0 26 1.5 24 25 26 27 1.5 27 28 2.0 29 2.0 30 1.5 28 29 30 31 1.0 31 46 1.0 47 1.0 51 1.0 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 1.0 53 59 1.0 54 55 1.5 59 1.5 60 1.0 55 56 1.5 61 1.0 56 57 1.5 62 1.0 57 58 1.5 63 1.0 58 59 1.5 64 1.0 59 60 61 62 63 64 65 |
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