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tianxingling金蟲 (正式寫手)
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[交流]
石墨烯結(jié)構(gòu)文件的生成 已有3人參與
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看了一些帖子，有不同的方法來建立石墨烯模型 我想利用編程的方式來生成石墨烯的gro結(jié)構(gòu)文件，應(yīng)該怎樣實(shí)現(xiàn)呢��？ |
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小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖
chaizhm(金幣+3): 2012-02-20 09:15:48
小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖
chaizhm(金幣+3): 2012-02-20 09:15:48
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我沒有做過，根據(jù)我看過的一個論文：ACS nano 《Computational Investigation of DNA Detection Using Graphene Nanopores》 ，System Setup 部分就有石墨烯的晶格參數(shù)。根據(jù)這些晶格參數(shù)來生成一個單元中每個石墨烯碳原子的坐標(biāo)位置。 再根據(jù)你所需要的大小，來復(fù)制擴(kuò)展到滿意的大小。 PS 干嘛還要自己編程寫呢？ 貌似VMD就能直接生成啊，最重要的是得到模擬的參數(shù)文件吧。 |
2樓2012-02-19 08:29:40
tianxingling
金蟲 (正式寫手)
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3樓2012-02-19 11:31:17
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小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖
chaizhm(金幣+3): 2012-02-20 09:16:11
小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖
chaizhm(金幣+3): 2012-02-20 09:16:11
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那建議直接使用VMD來建模，更方便,步奏： Extensions —>Modeling —>Inorganic Builder—>InorganicBuilder—>Task—>Build device , 在Material 一欄里選擇 Graphite ，Box dimension 就可以選擇大小. Add exclusion 一欄里可以選擇形狀。 [ Last edited by jiaoyixiong on 2012-2-19 at 13:42 ] |
4樓2012-02-19 13:33:30
5樓2012-02-19 14:42:42
wx19861027
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