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張曉梅ZXM金蟲 (正式寫手)
meimeizhang
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[求助]
為何PCR產(chǎn)物測(cè)序只測(cè)一部分？
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想做一些看家基因分析，文獻(xiàn)給的擴(kuò)增引物和測(cè)序引物信息（位點(diǎn)）結(jié)果如下： F:1162-1190 R:2126-2155 擴(kuò)增產(chǎn)物994bp F1:1273-1291 R1:2135-2152 測(cè)序產(chǎn)物879bp 實(shí)際測(cè)得540bp 問(wèn)題一：為何測(cè)序只測(cè)PCR擴(kuò)出來(lái)的一部分？如果本來(lái)只需這一小段的話為何不直接擴(kuò)這一段？ 問(wèn)題二：根據(jù)測(cè)序引物的位點(diǎn)推測(cè)產(chǎn)物應(yīng)該是879bp,為何實(shí)際測(cè)序結(jié)果是540bp? 很困惑，請(qǐng)教大蝦！感激不盡！ |
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7樓2012-02-23 16:15:34
smilerion
銀蟲 (初入文壇)
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2樓2012-02-23 02:56:50
張曉梅ZXM
金蟲 (正式寫手)
meimeizhang
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3樓2012-02-23 09:34:26
【答案】應(yīng)助回帖
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
小丹木木(金幣+2): 鼓勵(lì)應(yīng)助 2012-02-24 15:18:57
小丹木木(金幣+2): 鼓勵(lì)應(yīng)助 2012-02-24 15:18:57
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首先要說(shuō)明測(cè)序引物比擴(kuò)增引物的要求要高，比如Tm值，GC含量，序列結(jié)構(gòu)，要在保守區(qū)等，有時(shí)候設(shè)計(jì)擴(kuò)增引物為了保證擴(kuò)增出來(lái)的質(zhì)量，不能和測(cè)序引物兼容。 其次，如果測(cè)出來(lái)的序列只有500多，那么你用擴(kuò)增引物或者測(cè)序引物擴(kuò)增出來(lái)的片段有多大？目標(biāo)序列少很多肯定不對(duì)的 |
4樓2012-02-23 10:17:25
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