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flymice

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[求助] 求問(wèn)用ms建碳酸鈣的模型

小弟在建立CaCO3模型的過(guò)程中，通過(guò) findet查找ICSD數(shù)據(jù)庫(kù)，拿到CaCO3的結(jié)構(gòu)參數(shù)如下。

*data for ICSD #15194
Coll Code 15194
Rec  Date 1980/01/01
Mod  Date 1997/11/10
Chem Name Calcium Carbonate
Structured  Ca C O3
Sum       C1 Ca1 O3
ANX       ABX3
Min Name Aragonite
D(calc)    2.93
Title    Crystal structures of aragonite, strontianite, and witherite
Author(s) de Villiers, J.P.R.
Reference American Mineralogist
         (1971), 56, 758-766
Unit Cell 4.9614(3) 7.9671(4) 5.7404(4) 90. 90. 90.
Vol       226.91
Z          4
Space Group P m c n
SG Number 62
Cryst Sys orthorhombic
Pearson    oP20
Wyckoff    d c3
R Value    .031
Red Cell P  4.961 5.740 7.967 89.999 89.999 90 226.906
Trans Red 1.000 0.000 0.000 / 0.000 0.000 1.000 / 0.000 -1.000 0.000
Comments Compound with mineral name: Aragonite
         The structure has been assigned a PDF number (calculated
         powder diffraction data): 01-071-2392
         The structure has been assigned a PDF number (experimental
         powder diffraction data): 41-1475
         Structure type : CaCO3(oP20)
         X-ray diffraction from single crystal
Atom  # OX SITE    x          y          z          SOF    H
Ca 1  +2 4 c 0.25       0.4150(1) 0.7597(3)    1.       0
C 1  +4 4 c 0.25       0.7622(4) -.0862(10)    1.       0
O 1  -2 4 c 0.25       0.9225(4) -.0962(9)    1.       0
O 2  -2 8 d 0.4736(4) 0.6810(3) -.0862(5)    1.       0
Lbl  Type Beta11    Beta22    Beta33    Beta12    Beta13    Beta23
Ca1  Ca2+  0.0062(1) 0.0021(1) 0.0063(4) 0          0          0.0001(2)
C1 C4+ 0.0065(9) 0.0027(3) 0.0025(25)  0          0          -.0006(3)
O1 O2- 0.0122(9) 0.0028(3) 0.0086(18)  0          0          -.0011(5)
O2 O2- 0.0053(5) 0.0042(2) 0.0069(12)  0.0008(3) -.0001(5) -.003(4)
*end for ICSD #15194
以下為建模步驟：
1. 根據(jù)Space Group P m c n
SG Number 62  確立空間結(jié)構(gòu)
2. 根據(jù)Unit Cell 4.9614(3) 7.9671(4) 5.7404(4) 90. 90. 90.確立尺寸，建立晶格。
3.根據(jù)
Ca 1  +2 4 c 0.25       0.4150(1) 0.7597(3)    1.       0
C 1  +4 4 c 0.25       0.7622(4) -.0862(10)    1.       0
O 1  -2 4 c 0.25       0.9225(4) -.0962(9)    1.       0
O 2  -2 8 d 0.4736(4) 0.6810(3) -.0862(5)    1.       0
將各原子放到晶格中。
4. 使用build-bonds 工具，連接各原子，結(jié)果形成下面的圖形。

有幾個(gè)問(wèn)題弄不明白，望高手解惑。
（1）在findet中，同一個(gè)化學(xué)式有好幾種晶格，例如CaCO3，就有P21/C1，R3-H，P63MMC等結(jié)構(gòu)，不知道那種才是我們常用的石頭的成分，或者我們用的是各晶格都有的？怎么知道那種含量比較多？
2. C 1  +4 4 c 0.25       0.7622(4) -.0862(10)    1.       0
在這一行中，0.7622顯然是在fraction坐標(biāo)下的坐標(biāo)，不知道后面的4是什么意思？
謝謝。

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1樓 2012-02-27 19:55:09

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
liliangfang(金幣+1): 多謝交流 2012-02-29 08:23:00
flymice(金幣+2): ★★★很有幫助 Thank you . 2012-03-07 09:04:22

我感覺(jué)還是比較正確的，實(shí)際情況石頭的晶格不是唯一的吧，你所得到的圖形優(yōu)化一下可能就都成鍵了

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2樓2012-02-28 23:39:14

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引用回帖:

2樓: Originally posted by shmilylxc at 2012-02-28 23:39:14:
我感覺(jué)還是比較正確的，實(shí)際情況石頭的晶格不是唯一的吧，你所得到的圖形優(yōu)化一下可能就都成鍵了

你說(shuō)的優(yōu)化，就是按clean的功能？

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3樓2012-02-29 09:52:16

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幾何優(yōu)化

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4樓2012-02-29 12:28:40

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4樓: Originally posted by shmilylxc at 2012-02-29 12:28:40:
幾何優(yōu)化

就是使用castep或者是dmol3等模塊進(jìn)行幾何優(yōu)化？forcite行么？

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5樓2012-02-29 13:15:17

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
flymice(金幣+2): ★有幫助度城建？我的點(diǎn)擊以后monitor bonding以后，如果選擇no bonding to s- and p- shell，Ca原子沒(méi)有鍵顯示，如果選了all element，則Ca連接了十幾根鍵。。。不知道怎么回事喲。 2012-03-07 09:21:48

你這個(gè)只是顯示的問(wèn)題，并不代表沒(méi)有相連，點(diǎn)擊‘monitor bond’后就可以看到度城建了

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嘟啦啦嘟啦啦嘟

6樓2012-02-29 16:10:34

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【答案】應(yīng)助回帖

★
fzx2008(金幣+1): 謝謝指教 2012-03-09 18:58:29

度城建呵呵打錯(cuò)了都成鍵，有十幾格的話說(shuō)明你的設(shè)置的鍵的距離太小了，可以改大一點(diǎn)

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嘟啦啦嘟啦啦嘟

7樓2012-03-07 15:28:26

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7樓: Originally posted by 賀儀 at 2012-03-07 15:28:26:
度城建呵呵打錯(cuò)了都成鍵，有十幾格的話說(shuō)明你的設(shè)置的鍵的距離太小了，可以改大一點(diǎn)

但我的幾個(gè)原子是按照f(shuō)indit查出后的數(shù)據(jù)放進(jìn)去的，位置應(yīng)該沒(méi)有錯(cuò)的呀。。

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8樓2012-03-09 10:00:29

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liu_gang

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★ ★ ★ ★
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WDD880227(金幣+1): 感謝交流提示 2012-03-09 16:29:28
flymice: 金幣+3, ★★★很有幫助, 謝謝幫助。 2012-04-26 17:39:07

許多晶體都有同型異構(gòu)體，這些異構(gòu)體的不同主要是相不同，例如壓力、溫度等的影響了結(jié)構(gòu)的不同。所以你要查查自己要干嗎，是要什么條件下的結(jié)構(gòu)，這個(gè)搞清楚了，就好辦了。

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考拉

9樓2012-03-09 16:14:04

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9樓: Originally posted by liu_gang at 2012-03-09 16:14:04:
許多晶體都有同型異構(gòu)體，這些異構(gòu)體的不同主要是相不同，例如壓力、溫度等的影響了結(jié)構(gòu)的不同。所以你要查查自己要干嗎，是要什么條件下的結(jié)構(gòu)，這個(gè)搞清楚了，就好辦了。

好的，我再看一下自己的需求。

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10樓2012-03-09 16:54:31

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