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flymice金蟲 (著名寫手)
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[求助]
求問用ms建碳酸鈣的模型
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小弟在建立CaCO3模型的過程中，通過 findet查找ICSD數(shù)據(jù)庫，拿到CaCO3的結(jié)構(gòu)參數(shù)如下。 *data for ICSD #15194 Coll Code 15194 Rec Date 1980/01/01 Mod Date 1997/11/10 Chem Name Calcium Carbonate Structured Ca C O3 Sum C1 Ca1 O3 ANX ABX3 Min Name Aragonite D(calc) 2.93 Title Crystal structures of aragonite, strontianite, and witherite Author(s) de Villiers, J.P.R. Reference American Mineralogist (1971), 56, 758-766 Unit Cell 4.9614(3) 7.9671(4) 5.7404(4) 90. 90. 90. Vol 226.91 Z 4 Space Group P m c n SG Number 62 Cryst Sys orthorhombic Pearson oP20 Wyckoff d c3 R Value .031 Red Cell P 4.961 5.740 7.967 89.999 89.999 90 226.906 Trans Red 1.000 0.000 0.000 / 0.000 0.000 1.000 / 0.000 -1.000 0.000 Comments Compound with mineral name: Aragonite The structure has been assigned a PDF number (calculated powder diffraction data): 01-071-2392 The structure has been assigned a PDF number (experimental powder diffraction data): 41-1475 Structure type : CaCO3(oP20) X-ray diffraction from single crystal Atom # OX SITE x y z SOF H Ca 1 +2 4 c 0.25 0.4150(1) 0.7597(3) 1. 0 C 1 +4 4 c 0.25 0.7622(4) -.0862(10) 1. 0 O 1 -2 4 c 0.25 0.9225(4) -.0962(9) 1. 0 O 2 -2 8 d 0.4736(4) 0.6810(3) -.0862(5) 1. 0 Lbl Type Beta11 Beta22 Beta33 Beta12 Beta13 Beta23 Ca1 Ca2+ 0.0062(1) 0.0021(1) 0.0063(4) 0 0 0.0001(2) C1 C4+ 0.0065(9) 0.0027(3) 0.0025(25) 0 0 -.0006(3) O1 O2- 0.0122(9) 0.0028(3) 0.0086(18) 0 0 -.0011(5) O2 O2- 0.0053(5) 0.0042(2) 0.0069(12) 0.0008(3) -.0001(5) -.003(4) *end for ICSD #15194 以下為建模步驟： 1. 根據(jù)Space Group P m c n SG Number 62 確立空間結(jié)構(gòu) 2. 根據(jù)Unit Cell 4.9614(3) 7.9671(4) 5.7404(4) 90. 90. 90.確立尺寸，建立晶格。 3.根據(jù) Ca 1 +2 4 c 0.25 0.4150(1) 0.7597(3) 1. 0 C 1 +4 4 c 0.25 0.7622(4) -.0862(10) 1. 0 O 1 -2 4 c 0.25 0.9225(4) -.0962(9) 1. 0 O 2 -2 8 d 0.4736(4) 0.6810(3) -.0862(5) 1. 0 將各原子放到晶格中。 4. 使用build-bonds 工具，連接各原子，結(jié)果形成下面的圖形。 有幾個問題弄不明白，望高手解惑。 （1）在findet中，同一個化學(xué)式有好幾種晶格，例如CaCO3，就有P21/C1，R3-H，P63MMC等結(jié)構(gòu)，不知道那種才是我們常用的石頭的成分，或者我們用的是各晶格都有的？怎么知道那種含量比較多？ 2. C 1 +4 4 c 0.25 0.7622(4) -.0862(10) 1. 0 在這一行中，0.7622顯然是在fraction坐標(biāo)下的坐標(biāo)，不知道后面的4是什么意思？ 謝謝。 實例 |
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