 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1554 | 回復: 11 | |||
| 當前只顯示滿足指定條件的回帖，點擊這里查看本話題的所有回帖 | |||
[求助]
modeller multiple templates求助
|
|||
|
from modeller import * log.verbose() env = environ() env.io.atom_files_directory = './:../atom_files/' aln = alignment(env) for (code, chain) in (('2mdh', 'A'), ('1bdm', 'A'), ('1b8p', 'A')): mdl = model(env, file=code, model_segment=('FIRST:'+chain, 'LAST:'+chain)) aln.append_model(mdl, atom_files=code, align_codes=code+chain) for (weights, write_fit, whole) in (((1., 0., 0., 0., 1., 0.), False, True), ((1., 0.5, 1., 1., 1., 0.), False, True), ((1., 1., 1., 1., 1., 0.), True, False)): aln.salign(rms_cutoff=3.5, normalize_pp_scores=False, rr_file='$(LIB)/as1.sim.mat', overhang=30, gap_penalties_1d=(-450, -50), gap_penalties_3d=(0, 3), gap_gap_score=0, gap_residue_score=0, dendrogram_file='fm00495.tree', alignment_type='tree', # If 'progresive', the tree is not # computed and all structues will be # aligned sequentially to the first feature_weights=weights, # For a multiple sequence alignment only # the first feature needs to be non-zero improve_alignment=True, fit=True, write_fit=write_fit, write_whole_pdb=whole, output='ALIGNMENT QUALITY') aln.write(file='fm00495.pap', alignment_format='PAP') aln.write(file='fm00495.ali', alignment_format='PIR') aln.salign(rms_cutoff=1.0, normalize_pp_scores=False, rr_file='$(LIB)/as1.sim.mat', overhang=30, gap_penalties_1d=(-450, -50), gap_penalties_3d=(0, 3), gap_gap_score=0, gap_residue_score=0, dendrogram_file='1is3A.tree', alignment_type='progressive', feature_weights=[0]*6, improve_alignment=False, fit=False, write_fit=True, write_whole_pdb=False, output='QUALITY') 這一段中，粗體字部分看不懂，期待得到解答，先謝謝了 |
回復此樓» 猜你喜歡
327求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復
-
361求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復
-
一志愿中南大學化學學碩0703總分337求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復
-
一志愿北京化工大學 070300 學碩 336分 求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復
-
材料專業(yè)求調(diào)劑
已經(jīng)有10人回復
-
341求調(diào)劑(一志愿湖南大學070300)
已經(jīng)有5人回復
-
0854 考研調(diào)劑 招生了！AI 方向
已經(jīng)有15人回復
-
384求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復
-
生物學學碩求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復
-
081700 調(diào)劑 267分
已經(jīng)有6人回復
» 本主題相關(guān)價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- 求助該怎樣回復國外教授
已經(jīng)有7人回復
- 【求助】2012考研南京大學356分求調(diào)劑
已經(jīng)有48人回復
- 新人求助，環(huán)境專業(yè)去哪里比較好
已經(jīng)有14人回復
- XRD表征求助
已經(jīng)有13人回復
- 新手求助關(guān)于中科院的問題一二··
已經(jīng)有7人回復
- 求助苯環(huán)上的醛基保護方法，反應(yīng)的催化劑最好容易得到。
已經(jīng)有4人回復
- 求助：倫敦國王學院、荷蘭萊頓大學，難以選擇哪個申請CSC
已經(jīng)有9人回復
- MTT法求助--藥物溶解問題
已經(jīng)有10人回復
- 求2011年國基標書一份，愿傾所有金幣【無人應(yīng)助，求助結(jié)束】
已經(jīng)有5人回復
- 求助翻譯一段話
已經(jīng)有1人回復
- 新人求助 關(guān)于公派讀博
已經(jīng)有7人回復
- 求助，誰錯了？
已經(jīng)有5人回復
- 【求助】硫酸蒽酮法測多糖出現(xiàn)渾濁
已經(jīng)有13人回復
- 【求助】求助Easy Modeller 的使用
已經(jīng)有11人回復
- 【求助】求endnote 的一個manuscript templates
已經(jīng)有6人回復
- 【求助】中國藥品生物制品檢定所的考研真題
已經(jīng)有5人回復
|
對于gap_penalties_1d明白了，在modeller網(wǎng)站上查到這樣一句話 The gap initiation and extension penalties are specified by gap_penalties_1d. The default values of -900 -50 for the 'as1.sim.mat' similarity matrix were found to be optimal for pairwise alignments of sequences that share from 30% to 45% sequence identity (RS and AŠ, in preparation). |
3樓2012-02-29 10:39:13
4樓2012-02-29 15:02:49
5樓2012-03-03 16:36:22
6樓2012-03-03 16:40:30
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研]
 0854 考研調(diào)劑 招生了！AI 方向
+4
|
pk3725069 2026-03-19 | 15/750 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 263求調(diào)劑 +6 | yqdszhdap－ 2026-03-22 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 269專碩求調(diào)劑 +6 | 金恩貝 2026-03-21 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 354求調(diào)劑 +7 | Tyoumou 2026-03-18 | 10/500 |
|
|
|
[基金申請] 山東省面上項目限額評審 +4 | 石瑞0426 2026-03-19 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 085600材料與化工306 +4 | z1z2z3879 2026-03-21 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 資源與環(huán)境 調(diào)劑申請(333分) +5 | holy J 2026-03-21 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 280求調(diào)劑 +11 | 咕嚕曉曉 2026-03-18 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 一志愿深大，0703化學，總分302，求調(diào)劑 +4 | 七月-七七 2026-03-21 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 求助 +5 | 夢里的無言 2026-03-21 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 0703化學297求調(diào)劑 +3 | Daisy☆ 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 307求調(diào)劑 +3 | 余意卿 2026-03-18 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 材料學學碩080502 337求調(diào)劑-一志愿華中科技大學 +4 | 順順順mr 2026-03-18 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 324分 085600材料化工求調(diào)劑 +4 | llllkkkhh 2026-03-18 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿華南師大 070300（化學）304分求調(diào)劑 +3 | 0703武芊慧雪304 2026-03-18 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 0817 化學工程 299分求調(diào)劑 有科研經(jīng)歷 有二區(qū)文章 +22 | rare12345 2026-03-18 | 22/1100 |
|
|
|
[考研] 一志愿吉林大學材料學碩321求調(diào)劑 +11 | Ymlll 2026-03-18 | 15/750 |
|
|
|
[考研] 086500 325 求調(diào)劑 +3 | 領(lǐng)帶小熊 2026-03-19 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 材料學碩318求調(diào)劑 +5 | February_Feb 2026-03-19 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 288求調(diào)劑，一志愿華南理工大學071005 +5 | ioodiiij 2026-03-17 | 5/250 |
|