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郎之萬動力學出錯
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| 用之前MD跑平衡的構(gòu)型算郎之萬動力學，GMX 里integrator選bd，但是一直LINCS報警，有人說可能是力場不適合郎之萬動力學，加了隨機力和摩擦力導致重疊。請問這個情況應該怎么解決？ |
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2樓2012-02-29 15:31:48
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報錯大概就是 X particles communicated to PME node Y are more than 2/3 times the cut-off out of the domain decomposition cell of their charge group in dimension x. 我用的GROMACS，里面做郎之萬動力學，只能改兩個有關(guān)參數(shù)，一個隨機力產(chǎn)生種子，一個摩擦系數(shù)。構(gòu)型是之前MD跑平衡的，怎么會重疊呢。 這個錯誤只有在摩擦系數(shù)設(shè)置比較小的時候會出現(xiàn)。 |
3樓2012-03-06 14:14:25
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