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萊維新蟲(chóng) (初入文壇)
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[求助]
郎之萬(wàn)動(dòng)力學(xué)出錯(cuò)
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| 用之前MD跑平衡的構(gòu)型算郎之萬(wàn)動(dòng)力學(xué)，GMX 里integrator選bd，但是一直LINCS報(bào)警，有人說(shuō)可能是力場(chǎng)不適合郎之萬(wàn)動(dòng)力學(xué)，加了隨機(jī)力和摩擦力導(dǎo)致重疊。請(qǐng)問(wèn)這個(gè)情況應(yīng)該怎么解決？ |
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萊維
新蟲(chóng) (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
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- 蟲(chóng)號(hào): 1254302
- 注冊(cè): 2011-04-03
- 專業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)
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報(bào)錯(cuò)大概就是 X particles communicated to PME node Y are more than 2/3 times the cut-off out of the domain decomposition cell of their charge group in dimension x. 我用的GROMACS，里面做郎之萬(wàn)動(dòng)力學(xué)，只能改兩個(gè)有關(guān)參數(shù)，一個(gè)隨機(jī)力產(chǎn)生種子，一個(gè)摩擦系數(shù)。構(gòu)型是之前MD跑平衡的，怎么會(huì)重疊呢。 這個(gè)錯(cuò)誤只有在摩擦系數(shù)設(shè)置比較小的時(shí)候會(huì)出現(xiàn)。 |
3樓2012-03-06 14:14:25
chaizhm
木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
- 模擬EPI: 2
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- 專業(yè): 半導(dǎo)體材料
2樓2012-02-29 15:31:48
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