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oxox6085專家顧問 (正式寫手)
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[求助]
求助啊��！L-J勢能如何設(shè)置？老是算不對！
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請教大家一個關(guān)于L-J的問題： 我第一次用GULP，第一步用它先優(yōu)化一下CdSe晶體的結(jié)構(gòu)（Zincblende），用文獻中的potential（這個potential應(yīng)該很可靠，很多人用），基本是修改了一下example1的輸入文件，但是算出來的結(jié)果總是和實驗對不上，晶體的晶格常數(shù)總是特別小，有時候甚至輸出文件直接告訴我說cell的變化超過范圍，然后就報錯了。。那個potential很簡單，就是：庫侖+LJ勢，庫侖作用gulp應(yīng)該直接用eward summation，精度默認10^-8應(yīng)該沒有問題。所以，我總感覺我的LJ勢輸入的有問題。以下是potential的文獻中數(shù)據(jù)： 文中的sigma的單位是唉，epsilon是K，gulp里sigma是唉，但是epsilon用的是eV，所以需要轉(zhuǎn)化一下epsilon的單位：1(1/kB) eV=11604.5 K，所以我的輸入文件如下： =======================分割線======================= opti prop conp title CdSe-ZB end cell 6.0500 6.05000 6.05000 90.0 90.0 90.0 frac Cd 0.000000 0.000000 0.000000 Se 0.250000 0.250000 0.250000 space 216 species Cd 1.18 Se -1.18 lennard zero Cd Cd 0.001448 1.98 0.0 12.0 Se Se 0.001285 5.24 0.0 12.0 Cd Se 0.001364 3.61 0.0 12.0 output xr CdSe-ZB output marvin CdSe-ZB.mvn =======================分割線======================= 文獻里面公式中有系數(shù)4，對應(yīng)的是L-J勢中的zero，那個很小的數(shù)值（比如0.001448）就是經(jīng)過單位轉(zhuǎn)換的epsilon，Cd-Se之間的參數(shù)是通過combining rules手工輸入的（也就是epsilon取相乘開根，sigma相加除以二，gulp里應(yīng)該可以自動算，還不清楚如何設(shè)置）。。。。但是結(jié)果老是算不對，求大家?guī)椭纯次夷睦锍鲥e了。。。多謝多謝��！ |
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oxox6085
專家顧問 (正式寫手)
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沒人回答，好吧我自問自答一下，方便蟲友（好苦逼） 我后來發(fā)現(xiàn)我的input文件關(guān)于LJ勢那塊還是格式不對： 1，如果用A B的形式，需要： lennard Atom1 Atom2 A B Rmin Rmax flag1 flag2 2，如果是epsilon/sigma的格式： lennard epsilon Atom1 Atom2 epsilon sigma Rmin Rmax flag1 flag2 3，如果是epsilon zero的格式： lennard epsilon zero Atom1 Atom2 episilon sigma Rmin Rmax flag1 flag2 epsilon的時候sigma給的是勢能最低點，epsilon zero的時候sigma給的是勢能為0是的距離，mannual上有寫。 |
2樓2012-03-07 18:27:54
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