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小木蟲論壇-學術科研互動平臺 » 計算模擬區(qū) » 分子模擬 » MS » 關于勢函數(shù)的求助
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| 本帖產(chǎn)生 2 個 模擬EPI ，點擊這里進行查看 | |||||||||||||||||
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關于勢函數(shù)的求助
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相信做分子模擬親們都會用到勢函數(shù)？ 但是請問大家的勢函數(shù)參數(shù)如何取得的呢？ 我也相信有部分童鞋是查得文獻，同時肯定也有部分童鞋是自己擬合的。 請問是通過什么方法或軟件擬合呢？希望有詳細的步驟和例子。 感謝大家！感謝蟲子們！ |
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小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖
ghcacj(金幣+15, 模擬EPI+1): 謝謝 2011-10-26 10:56:59
pengyong2010(金幣+10): 2011-10-26 15:08:26
小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖
ghcacj(金幣+15, 模擬EPI+1): 謝謝 2011-10-26 10:56:59
pengyong2010(金幣+10): 2011-10-26 15:08:26
| 內(nèi)容已刪除 |
2樓2011-10-26 10:04:23
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非常感謝你的回答，說實話，我沒有完全聽懂你的意思，我是搞材料的，對計算化學、計算物理懂一點點，皮毛，嘿嘿。 我先介紹一下目前我的情況吧。我做的材料屬于離子氧化物，用的勢函數(shù)形式是buckingham和shel（暫時不討論），但目前我最關心的是buckingham這個二體勢，我想擬合這個勢的參數(shù)。我從文獻中已經(jīng)找到了一些勢參數(shù)，但是我在驗證的這些參數(shù)的時候，發(fā)現(xiàn)得到的晶格常數(shù)與實驗值相差4%，對這些通過文獻得到的參數(shù)有點不滿，所以我就想自己去擬合這些參數(shù)，請問該如何辦呢？材料體系的離子是Bi、Zn、Nb、O。 |
3樓2011-10-26 15:17:52
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小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖
御劍江湖(金幣+10, 模擬EPI+1): 謝謝 2011-10-27 17:16:14
小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖
御劍江湖(金幣+10, 模擬EPI+1): 謝謝 2011-10-27 17:16:14
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MS中的Gulp模塊適合你。 看看手冊吧。我也沒用過。 晶體結(jié)構(gòu)(a,b,c)4%的誤差是稍微有點大。擬合力場晶體結(jié)構(gòu)方面的偏差一般能達到2%以內(nèi)，密度方面小于5%, 晶格能方面小于10%。因為必須考慮實驗值也是有誤差的。晶格能，蒸發(fā)焓這些實驗值的誤差也在10%左右，刻意弄成跟實驗值完全一致沒有必要，只要跟類似的物質(zhì)比，結(jié)合能定性大小順序符合即可； 另外，你還要問自己，即你要研究的問題是什么？這個問題需要多精確的晶格常數(shù)值？因為有時候你調(diào)了參數(shù)，看上去與實驗值更接近了，可是一跑動力學，一升高溫度，得到的結(jié)果反而更差。比如你現(xiàn)在要預測體積膨脹系數(shù)，那我建議你先用現(xiàn)在的參數(shù)跑一些模擬，得到一些結(jié)果，看看跟實驗值的誤差有多大。如果在5%以內(nèi)是能夠接受的。 初學者往往會產(chǎn)生錯覺，以為分子模擬能真實再現(xiàn)所有原子過程并給出精確的實驗結(jié)果。但其實經(jīng)典力場本身是個十分粗糙的模型，它忽略了電子的運動，把原子看成是帶電荷的球，分子間的作用通過一個簡化的數(shù)學模型（Buckingham+coulomb）來表達，沒有多體作用(可達~5%)，沒有極化(可達1%)，請問你覺得這在多大程度上符合真實的原子結(jié)構(gòu)和相互作用？一般來說， 我們使用分子力學模型并非是為了完全精確預測實驗結(jié)果，而是來定性地研究某一性質(zhì)的變化規(guī)律，或者現(xiàn)象背后的原子過程。即，關注相對值，而非絕對值。 我并不是不建議你調(diào)參數(shù)，相反我認為做模擬的都要嘗試驗證參數(shù)，可能的話通過擬合更多的實驗數(shù)據(jù)來改進參數(shù)。但是在調(diào)參數(shù)的時候，要認識到力場模型的局限性，以及它的誤差范圍和精度范圍。想像你拿的是一把最小刻度為cm的尺子，而兩根棍子的長度差別是幾個mm。你能得到精確的結(jié)果嗎? [ Last edited by ChemiAndy on 2011-10-26 at 11:32 ] |
4樓2011-10-26 23:52:22
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你好！你的回答讓我茅塞頓開，非常感謝！ 我研究的是材料的缺陷，是化學缺陷，不是物理缺陷，舉個例子吧：1、研究晶體中某個原子的取代，某個原子的空缺，某個原子離開自己的位置跑到間隙去了等等一系列的問題，然后計算這個過程產(chǎn)生的能量，再舉個例子吧：2、當我向這個材料體系中去摻雜的時候，我要摻雜的離子（非常微量、基本不影響原材料體系的晶體結(jié)構(gòu)）可能會占據(jù)原體系材料的那個位置，通過模擬計算得出能量值，然后就可以判斷雜質(zhì)離子可能會進入哪個位置，然后來指導我的實驗。 在這種情況下，我在選取勢參數(shù)（原材料體系的）的時候，驗證參數(shù)的合理性，應該考慮它的哪些因素？比如晶格常數(shù)、彈性模量、密度、結(jié)合能等等，你覺得哪個最重要，其實我也知道研究不同的內(nèi)容，要求的不一樣。也就是說選取的勢參數(shù)不可能同時保證晶格常數(shù)、彈性模量、密度、結(jié)合能都和實驗值想符合，在這種情況下，你覺得我在判斷勢參數(shù)合理性時，最應該關注哪一個參考量呢？目前我只考慮了晶格常數(shù)這一個參考量。 |
5樓2011-10-27 09:53:02
6樓2011-10-27 20:26:07
7樓2011-10-27 20:55:26
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小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖
ghcacj(金幣+20): 幫LZ代發(fā)金幣20個 2011-10-28 09:37:17
小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖
ghcacj(金幣+20): 幫LZ代發(fā)金幣20個 2011-10-28 09:37:17
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你的問題主要是缺陷或取代造成的能量變化，當然能量信息對你來說是最重要的，不僅包括實驗測定的晶格能，而且高級量子化學計算的粒子間相互作用能也是很重要的參考。結(jié)構(gòu)雖然也很重要，但結(jié)構(gòu)再好，能量算不對，一切白搭。 你的體系是“目標晶體+離子參雜”，我不知道你的目標晶體，貌似以靜電相互作用為主。對于這樣的體系，使用于分子力學來進行估算，應該是可行的，相信你已經(jīng)看過類似的文獻了。我覺得文獻中之所以忍受4%的結(jié)構(gòu)誤差，很有可能是為了得到更好的能量數(shù)據(jù)。純屬猜測，你再仔細看看文獻中參數(shù)是怎么來的。力場是模型，參數(shù)是整個研究是否合理的關鍵。 |
8樓2011-10-28 02:41:14
9樓2011-10-28 06:49:10
10樓2011-10-28 09:23:35
11樓2011-10-28 09:29:08
12樓2011-10-28 10:11:06
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