 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 24 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 8797 | 回復(fù): 23 | |||
| 本帖產(chǎn)生 2 個(gè) 模擬EPI ，點(diǎn)擊這里進(jìn)行查看 | |||
pengyong2010金蟲 (著名寫手)
|
[交流]
關(guān)于勢(shì)函數(shù)的求助
|
||
|
相信做分子模擬親們都會(huì)用到勢(shì)函數(shù)？ 但是請(qǐng)問大家的勢(shì)函數(shù)參數(shù)如何取得的呢？ 我也相信有部分童鞋是查得文獻(xiàn)，同時(shí)肯定也有部分童鞋是自己擬合的。 請(qǐng)問是通過什么方法或軟件擬合呢？希望有詳細(xì)的步驟和例子。 感謝大家！感謝蟲子們！ |
回復(fù)此樓» 收錄本帖的淘帖專輯推薦
» 猜你喜歡
323求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
一志愿北京化工大學(xué) 070300 學(xué)碩 336分 求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
352求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
一志愿東華大學(xué)化學(xué)070300，求調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
277材料科學(xué)與工程080500求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
317求調(diào)劑
已經(jīng)有18人回復(fù)
-
293求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
280分求調(diào)劑 一志愿085802
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
0854電子信息求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
263求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:
- 關(guān)于吸附MD方面，跪求指導(dǎo)。
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 關(guān)于周期信號(hào)的收斂性的問題
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 空位遷移能的計(jì)算
已經(jīng)有10人回復(fù)
- 請(qǐng)教吸附動(dòng)力學(xué)擬合
已經(jīng)有11人回復(fù)
- 勢(shì)函數(shù)截?cái)嗑嚯x如何�。�
已經(jīng)有11人回復(fù)
- 請(qǐng)問勢(shì)函數(shù)在lammps官網(wǎng)中怎么下載？
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 分子動(dòng)力學(xué)勢(shì)函數(shù)
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 離子遷移數(shù)的測(cè)定
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 擬和Cu-Al勢(shì)函數(shù)
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 【求助】量子化學(xué)方法求amber力場(chǎng)參數(shù)
已經(jīng)有10人回復(fù)
- 【求助】求 嵌入勢(shì)函數(shù) 的物理解釋
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 【求助】ms中如何假如勢(shì)函數(shù)，比如EAM，比如自己修改過的勢(shì)函數(shù)。
已經(jīng)有12人回復(fù)
- 【求助】塑性與彈性勢(shì)函數(shù)
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 【求助】關(guān)于ISIF的選擇
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 【求助】MS建模導(dǎo)入lammps問題求救
已經(jīng)有14人回復(fù)
- 【求助】LAMMPS中非周期性邊界條件和Born-Mayer-Huggins勢(shì)函數(shù)不會(huì)設(shè)置
已經(jīng)有4人回復(fù)
» 搶金幣啦！回帖就可以得到:
-
農(nóng)業(yè)信息工程技術(shù)（專碩）招收調(diào)劑 沈陽農(nóng)業(yè)大學(xué)
+1/180
-
福建師范大學(xué)葉應(yīng)祥課題組招收2026級(jí)博士研究生
+2/146
-
海南大學(xué)化工院生物質(zhì)定向轉(zhuǎn)化課題組招收博士/碩士，2026年9月入學(xué)
+1/81
-
坐標(biāo)廣州，男征女，雙向奔赴
+1/66
-
散金幣，求基金中標(biāo)��！
+1/60
-
武漢高校國(guó)家級(jí)人才團(tuán)隊(duì)招收材料，化學(xué)，紡織等專業(yè)碩士調(diào)劑生
+2/34
-
福建師范大學(xué)閩江學(xué)者陳巍教授團(tuán)隊(duì)招收2026年化學(xué)、化工或材料專業(yè)的學(xué)碩6名
+1/31
-
哈工大鄭州高等研究院劉紹琴與查正寶教授課題組誠(chéng)招合成生物學(xué)背景相關(guān)的優(yōu)秀人才加盟
+1/30
-
研究生 調(diào)劑 看過來- 機(jī)械、控制工程、力學(xué)類（流體力學(xué)、一般力學(xué)等） 211 雙一流
+1/28
-
中山大學(xué)院士團(tuán)隊(duì)微納器件、腦機(jī)接口方向博士招生、博后招聘
+1/18
-
雙一流湘潭大學(xué)化工學(xué)院招收化工、能源動(dòng)力、工程熱物理相關(guān)研究生調(diào)劑
+1/18
-
海南師范大學(xué)孫元元老師招生博士，名額1~2個(gè)，2026年9月份入學(xué)（光電/光熱催化方向）
+1/17
-
中南大學(xué)喻桂朋教授團(tuán)隊(duì)新增2026年博士研究生
+1/16
-
重慶文理學(xué)院化學(xué)與環(huán)境工程學(xué)院 2026 屆碩士研究生調(diào)劑通知
+1/12
-
天津工業(yè)大學(xué)雙一流高校招博士、碩士、博士后
+1/7
-
武漢工程大學(xué)資源生物技術(shù)課題組生物/環(huán)境/化工碩士、博士研究生招生
+2/6
-
【第三輪招生】澳科大誠(chéng)招2026年秋季藥劑學(xué)碩士研究生（3月31日下午18:00截止）
+1/5
-
香港中文大學(xué)化學(xué)系吳基培教授招募2026年秋季（2026年8月1日）入學(xué)全獎(jiǎng)博士研究生
+1/2
-
浙江大學(xué)高純分離團(tuán)隊(duì)誠(chéng)聘博士后
+1/1
-
歡迎加入贛南師范大學(xué)先進(jìn)光電子研究中心
+1/1
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖
ghcacj(金幣+15, 模擬EPI+1): 謝謝 2011-10-26 10:56:59
pengyong2010(金幣+10): 2011-10-26 15:08:26
小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖
ghcacj(金幣+15, 模擬EPI+1): 謝謝 2011-10-26 10:56:59
pengyong2010(金幣+10): 2011-10-26 15:08:26
| 內(nèi)容已刪除 |
2樓2011-10-26 10:04:23
pengyong2010
金蟲 (著名寫手)
- 模擬EPI: 5
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 1466.7
- 帖子: 1315
- 在線: 261.8小時(shí)
- 蟲號(hào): 1135008
|
非常感謝你的回答，說實(shí)話，我沒有完全聽懂你的意思，我是搞材料的，對(duì)計(jì)算化學(xué)、計(jì)算物理懂一點(diǎn)點(diǎn)，皮毛，嘿嘿。 我先介紹一下目前我的情況吧。我做的材料屬于離子氧化物，用的勢(shì)函數(shù)形式是buckingham和shel（暫時(shí)不討論），但目前我最關(guān)心的是buckingham這個(gè)二體勢(shì)，我想擬合這個(gè)勢(shì)的參數(shù)。我從文獻(xiàn)中已經(jīng)找到了一些勢(shì)參數(shù)，但是我在驗(yàn)證的這些參數(shù)的時(shí)候，發(fā)現(xiàn)得到的晶格常數(shù)與實(shí)驗(yàn)值相差4%，對(duì)這些通過文獻(xiàn)得到的參數(shù)有點(diǎn)不滿，所以我就想自己去擬合這些參數(shù)，請(qǐng)問該如何辦呢？材料體系的離子是Bi、Zn、Nb、O。 |
3樓2011-10-26 15:17:52
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖
御劍江湖(金幣+10, 模擬EPI+1): 謝謝 2011-10-27 17:16:14
小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖
御劍江湖(金幣+10, 模擬EPI+1): 謝謝 2011-10-27 17:16:14
|
MS中的Gulp模塊適合你。 看看手冊(cè)吧。我也沒用過。 晶體結(jié)構(gòu)(a,b,c)4%的誤差是稍微有點(diǎn)大。擬合力場(chǎng)晶體結(jié)構(gòu)方面的偏差一般能達(dá)到2%以內(nèi)，密度方面小于5%, 晶格能方面小于10%。因?yàn)楸仨毧紤]實(shí)驗(yàn)值也是有誤差的。晶格能，蒸發(fā)焓這些實(shí)驗(yàn)值的誤差也在10%左右，刻意弄成跟實(shí)驗(yàn)值完全一致沒有必要，只要跟類似的物質(zhì)比，結(jié)合能定性大小順序符合即可； 另外，你還要問自己，即你要研究的問題是什么？這個(gè)問題需要多精確的晶格常數(shù)值？因?yàn)橛袝r(shí)候你調(diào)了參數(shù)，看上去與實(shí)驗(yàn)值更接近了，可是一跑動(dòng)力學(xué)，一升高溫度，得到的結(jié)果反而更差。比如你現(xiàn)在要預(yù)測(cè)體積膨脹系數(shù)，那我建議你先用現(xiàn)在的參數(shù)跑一些模擬，得到一些結(jié)果，看看跟實(shí)驗(yàn)值的誤差有多大。如果在5%以內(nèi)是能夠接受的。 初學(xué)者往往會(huì)產(chǎn)生錯(cuò)覺，以為分子模擬能真實(shí)再現(xiàn)所有原子過程并給出精確的實(shí)驗(yàn)結(jié)果。但其實(shí)經(jīng)典力場(chǎng)本身是個(gè)十分粗糙的模型，它忽略了電子的運(yùn)動(dòng)，把原子看成是帶電荷的球，分子間的作用通過一個(gè)簡(jiǎn)化的數(shù)學(xué)模型（Buckingham+coulomb）來表達(dá)，沒有多體作用(可達(dá)~5%)，沒有極化(可達(dá)1%)，請(qǐng)問你覺得這在多大程度上符合真實(shí)的原子結(jié)構(gòu)和相互作用？一般來說， 我們使用分子力學(xué)模型并非是為了完全精確預(yù)測(cè)實(shí)驗(yàn)結(jié)果，而是來定性地研究某一性質(zhì)的變化規(guī)律，或者現(xiàn)象背后的原子過程。即，關(guān)注相對(duì)值，而非絕對(duì)值。 我并不是不建議你調(diào)參數(shù)，相反我認(rèn)為做模擬的都要嘗試驗(yàn)證參數(shù)，可能的話通過擬合更多的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)來改進(jìn)參數(shù)。但是在調(diào)參數(shù)的時(shí)候，要認(rèn)識(shí)到力場(chǎng)模型的局限性，以及它的誤差范圍和精度范圍。想像你拿的是一把最小刻度為cm的尺子，而兩根棍子的長(zhǎng)度差別是幾個(gè)mm。你能得到精確的結(jié)果嗎? [ Last edited by ChemiAndy on 2011-10-26 at 11:32 ] |
4樓2011-10-26 23:52:22
pengyong2010
金蟲 (著名寫手)
- 模擬EPI: 5
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 1466.7
- 帖子: 1315
- 在線: 261.8小時(shí)
- 蟲號(hào): 1135008
|
你好！你的回答讓我茅塞頓開，非常感謝！ 我研究的是材料的缺陷，是化學(xué)缺陷，不是物理缺陷，舉個(gè)例子吧：1、研究晶體中某個(gè)原子的取代，某個(gè)原子的空缺，某個(gè)原子離開自己的位置跑到間隙去了等等一系列的問題，然后計(jì)算這個(gè)過程產(chǎn)生的能量，再舉個(gè)例子吧：2、當(dāng)我向這個(gè)材料體系中去摻雜的時(shí)候，我要摻雜的離子（非常微量、基本不影響原材料體系的晶體結(jié)構(gòu)）可能會(huì)占據(jù)原體系材料的那個(gè)位置，通過模擬計(jì)算得出能量值，然后就可以判斷雜質(zhì)離子可能會(huì)進(jìn)入哪個(gè)位置，然后來指導(dǎo)我的實(shí)驗(yàn)。 在這種情況下，我在選取勢(shì)參數(shù)（原材料體系的）的時(shí)候，驗(yàn)證參數(shù)的合理性，應(yīng)該考慮它的哪些因素？比如晶格常數(shù)、彈性模量、密度、結(jié)合能等等，你覺得哪個(gè)最重要，其實(shí)我也知道研究不同的內(nèi)容，要求的不一樣。也就是說選取的勢(shì)參數(shù)不可能同時(shí)保證晶格常數(shù)、彈性模量、密度、結(jié)合能都和實(shí)驗(yàn)值想符合，在這種情況下，你覺得我在判斷勢(shì)參數(shù)合理性時(shí)，最應(yīng)該關(guān)注哪一個(gè)參考量呢？目前我只考慮了晶格常數(shù)這一個(gè)參考量。 |
5樓2011-10-27 09:53:02
6樓2011-10-27 20:26:07
7樓2011-10-27 20:55:26
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖
ghcacj(金幣+20): 幫LZ代發(fā)金幣20個(gè) 2011-10-28 09:37:17
小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖
ghcacj(金幣+20): 幫LZ代發(fā)金幣20個(gè) 2011-10-28 09:37:17
|
你的問題主要是缺陷或取代造成的能量變化，當(dāng)然能量信息對(duì)你來說是最重要的，不僅包括實(shí)驗(yàn)測(cè)定的晶格能，而且高級(jí)量子化學(xué)計(jì)算的粒子間相互作用能也是很重要的參考。結(jié)構(gòu)雖然也很重要，但結(jié)構(gòu)再好，能量算不對(duì)，一切白搭。 你的體系是“目標(biāo)晶體+離子參雜”，我不知道你的目標(biāo)晶體，貌似以靜電相互作用為主。對(duì)于這樣的體系，使用于分子力學(xué)來進(jìn)行估算，應(yīng)該是可行的，相信你已經(jīng)看過類似的文獻(xiàn)了。我覺得文獻(xiàn)中之所以忍受4%的結(jié)構(gòu)誤差，很有可能是為了得到更好的能量數(shù)據(jù)。純屬猜測(cè)，你再仔細(xì)看看文獻(xiàn)中參數(shù)是怎么來的。力場(chǎng)是模型，參數(shù)是整個(gè)研究是否合理的關(guān)鍵。 |
8樓2011-10-28 02:41:14
9樓2011-10-28 06:49:10
pengyong2010
金蟲 (著名寫手)
- 模擬EPI: 5
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 1466.7
- 帖子: 1315
- 在線: 261.8小時(shí)
- 蟲號(hào): 1135008
10樓2011-10-28 09:23:35
11樓2011-10-28 09:29:08
12樓2011-10-28 10:11:06
13樓2011-10-28 11:59:05
pengyong2010
金蟲 (著名寫手)
- 模擬EPI: 5
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 1466.7
- 帖子: 1315
- 在線: 261.8小時(shí)
- 蟲號(hào): 1135008
14樓2011-10-28 17:50:59
pengyong2010
金蟲 (著名寫手)
- 模擬EPI: 5
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 1466.7
- 帖子: 1315
- 在線: 261.8小時(shí)
- 蟲號(hào): 1135008
15樓2011-10-28 17:52:17
16樓2011-10-29 13:34:57
17樓2011-11-26 10:24:23
18樓2012-02-26 11:11:41
19樓2012-02-27 14:11:48
pengyong2010
金蟲 (著名寫手)
- 模擬EPI: 5
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 1466.7
- 帖子: 1315
- 在線: 261.8小時(shí)
- 蟲號(hào): 1135008
20樓2012-03-01 16:06:52
pengyong2010
金蟲 (著名寫手)
- 模擬EPI: 5
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 1466.7
- 帖子: 1315
- 在線: 261.8小時(shí)
- 蟲號(hào): 1135008
21樓2012-04-23 21:53:57
22樓2012-05-14 16:53:46
23樓2013-10-13 16:41:49
24樓2014-09-17 10:01:07
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 pengyong2010 的主題更新
| 24 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 生物學(xué)071000 329分求調(diào)劑 +5 | 我愛生物生物愛?/a> 2026-03-17 | 5/250 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 324求調(diào)劑 +6 | lucky呀呀呀鴨 2026-03-20 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 一志愿中南大學(xué)化學(xué)學(xué)碩0703總分337求調(diào)劑 +3 | niko- 2026-03-22 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 生物學(xué)調(diào)劑 +5 | Surekei 2026-03-21 | 5/250 |
|
|
|
[基金申請(qǐng)] 山東省面上項(xiàng)目限額評(píng)審 +4 | 石瑞0426 2026-03-19 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 280求調(diào)劑 +11 | 咕嚕曉曉 2026-03-18 | 12/600 |
|
|
|
[考研]
 一志愿東華大學(xué)控制學(xué)碩320求調(diào)劑
+3
|
Grand777 2026-03-21 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 工科0856求調(diào)劑 +3 | 沐析汀汀 2026-03-21 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 307求調(diào)劑 +3 | wyyyqx 2026-03-17 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿華南師大 070300（化學(xué)）304分求調(diào)劑 +3 | 0703武芊慧雪304 2026-03-18 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 296求調(diào)劑 +6 | www_q 2026-03-18 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 考研調(diào)劑求學(xué)校推薦 +3 | 伯樂29 2026-03-18 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 一志愿武漢理工材料工程專碩調(diào)劑 +9 | Doleres 2026-03-19 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 290求調(diào)劑 +7 | ^O^乜 2026-03-19 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 295材料求調(diào)劑，一志愿武漢理工085601專碩 +5 | Charlieyq 2026-03-19 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 0856調(diào)劑，是學(xué)校就去 +8 | sllhht 2026-03-19 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 招收調(diào)劑碩士 +4 | lidianxing 2026-03-19 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 085600材料與化工調(diào)劑 324分 +10 | llllkkkhh 2026-03-18 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 材料工程專碩調(diào)劑 +5 | 204818@lcx 2026-03-17 | 6/300 |
|
|
|
[考研]
11408 一志愿西電，277分求調(diào)劑
+3
|
zhouzhen654 2026-03-16 | 3/150 |
|