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[資源]
藥物分子從頭設計系統(tǒng)LigBuilder2.0發(fā)布了！
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全新藥物設計系統(tǒng)LigBuilderV2.0已經正式發(fā)布，對學術用戶免費，網址為ligbuilder.org，學術用戶填寫資料就可以下載。LigBuilderV2.0能夠完成從靶蛋白結合位點探測、評估，到設計抑制劑、預測活性并給出分子合成路線的全過程。我們使用LigBuilderV2.0設計了CypA抑制劑，合成得到的目標分子IC50為32nM，高于現有上市藥物IC50 41nM。實驗優(yōu)化后，IC50達到1.5nM，證明了我們的程序的有效性。(Shuaishuai Ni, Yaxia Yuan, Jin Huang, etc. "Discovering Potent Small Molecule Inhibitors of Cyclophilin A Using de Novo Drug Design Approach", J. Med. Chem. 2009, 52, 52955298) 主要功能： 1. 基于受體結構的藥物結合位點預測 2. 靶標可設計性評估 3. 藥物分子從頭設計 4. 先導化合物優(yōu)化 5. 活性片段連接 6. 抑制劑仿制 7. 結合能預測 8. 分子篩選 9. 逆向合成分析 系統(tǒng)要求： 1. Linux/Unix 平臺 2. 完成一個靶標的設計任務需要一到三千CPU時�？蓡螜C運行也可運行于大型計算機集群，但單機運行耗時會很長。（程序使用偽并行算法，同時支持集群以及分布式計算） 3. 每個子進程需要消耗1G到3G內存。 歡迎大家使用以及提出寶貴意見！ 郵箱：yxyuan@mdl.ipc.pku.edu.cn [ Last edited by flashlaser on 2012-3-9 at 16:12 ] |
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2樓2012-03-08 22:04:07
3樓2012-03-08 22:50:06
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一次的設計量默認是一百萬分子，所以計算量要求很大。但最后挑選出來的分子也就1000個左右，實際上如果用戶有合適的挑選分子的方法或者規(guī)則，遠遠不需要設計那么多。主要因為合成一個新分子的代價比較高，對挑選準確度的要求比虛擬篩選苛刻很多，一般來說可能只會合成兩三個分子，就必須保證設計的分子有生物活性的概率在30%以上。LigBuilderv2.0自己的挑選方法是基于統(tǒng)計信息的，所以需要很大的分子數來保證正確率。根據選擇的挑選規(guī)則不同，LigBuilderv2.0挑選準確率在30%~80%左右（這個是DUD數據集測試的結果，有很強的靶標偏好性，也不是設計成功率的統(tǒng)計，只是個參考值）。 [ Last edited by flashlaser on 2012-3-8 at 23:43 ] |
4樓2012-03-08 23:34:39
5樓2012-03-09 02:14:28
6樓2012-03-09 08:56:25
7樓2012-03-09 13:19:45
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14樓2012-03-12 00:10:18
15樓2012-03-12 06:31:51
16樓2012-03-12 07:09:59
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我下載了，運行configure完成配置，然后運行example里的例子， 一運行./cavity cavity.input就會出錯，樓主能指點一下嗎？謝謝 Version 1.0 09-02-28-14:05 Thu Mar 29 14:09:53 2012 Cavity search begining ... Now reading parameters from 'cavity.input' ... Search Rule : Depth-Volume Limit ... Number of atoms = 0 Search Mode : Whole Protein Mode ... Now reading the protein from 'receptor/1db4.pdb' ... Detecting chain : single chain of a monomer + HETMETAL Protein checking: Pass Center of protein is 59.2 32.5 41.7 Now defining the box by protein ... Now analyzing the protein ... SelfHB = 89.944138 HB num = 104 Check 136 Now detecting cavity in the box ... Whole protein search need more time, please wait ... Segmentation fault |
18樓2012-03-29 14:27:52
19樓2012-03-29 14:33:24
17樓2012-03-24 23:11:40
20樓2013-03-18 09:19:50
21樓2013-03-18 10:51:34
23樓2016-04-03 23:24:56
簡單回復
xiaowu75922樓
2013-03-18 17:52
回復
五星好評 謝謝分享！
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