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藥物分子從頭設(shè)計(jì)系統(tǒng)LigBuilder2.0發(fā)布了！
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全新藥物設(shè)計(jì)系統(tǒng)LigBuilderV2.0已經(jīng)正式發(fā)布，對(duì)學(xué)術(shù)用戶免費(fèi)，網(wǎng)址為ligbuilder.org，學(xué)術(shù)用戶填寫資料就可以下載。LigBuilderV2.0能夠完成從靶蛋白結(jié)合位點(diǎn)探測(cè)、評(píng)估，到設(shè)計(jì)抑制劑、預(yù)測(cè)活性并給出分子合成路線的全過(guò)程。我們使用LigBuilderV2.0設(shè)計(jì)了CypA抑制劑，合成得到的目標(biāo)分子IC50為32nM，高于現(xiàn)有上市藥物IC50 41nM。實(shí)驗(yàn)優(yōu)化后，IC50達(dá)到1.5nM，證明了我們的程序的有效性。(Shuaishuai Ni, Yaxia Yuan, Jin Huang, etc. "Discovering Potent Small Molecule Inhibitors of Cyclophilin A Using de Novo Drug Design Approach", J. Med. Chem. 2009, 52, 52955298) 主要功能： 1. 基于受體結(jié)構(gòu)的藥物結(jié)合位點(diǎn)預(yù)測(cè) 2. 靶標(biāo)可設(shè)計(jì)性評(píng)估 3. 藥物分子從頭設(shè)計(jì) 4. 先導(dǎo)化合物優(yōu)化 5. 活性片段連接 6. 抑制劑仿制 7. 結(jié)合能預(yù)測(cè) 8. 分子篩選 9. 逆向合成分析 系統(tǒng)要求： 1. Linux/Unix 平臺(tái) 2. 完成一個(gè)靶標(biāo)的設(shè)計(jì)任務(wù)需要一到三千CPU時(shí)�？蓡螜C(jī)運(yùn)行也可運(yùn)行于大型計(jì)算機(jī)集群，但單機(jī)運(yùn)行耗時(shí)會(huì)很長(zhǎng)。（程序使用偽并行算法，同時(shí)支持集群以及分布式計(jì)算） 3. 每個(gè)子進(jìn)程需要消耗1G到3G內(nèi)存。 歡迎大家使用以及提出寶貴意見！ 郵箱：yxyuan@mdl.ipc.pku.edu.cn [ Last edited by flashlaser on 2012-3-9 at 16:12 ] |
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5樓2012-03-09 02:14:28
2樓2012-03-08 22:04:07
3樓2012-03-08 22:50:06
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一次的設(shè)計(jì)量默認(rèn)是一百萬(wàn)分子，所以計(jì)算量要求很大。但最后挑選出來(lái)的分子也就1000個(gè)左右，實(shí)際上如果用戶有合適的挑選分子的方法或者規(guī)則，遠(yuǎn)遠(yuǎn)不需要設(shè)計(jì)那么多。主要因?yàn)楹铣梢粋�(gè)新分子的代價(jià)比較高，對(duì)挑選準(zhǔn)確度的要求比虛擬篩選苛刻很多，一般來(lái)說(shuō)可能只會(huì)合成兩三個(gè)分子，就必須保證設(shè)計(jì)的分子有生物活性的概率在30%以上。LigBuilderv2.0自己的挑選方法是基于統(tǒng)計(jì)信息的，所以需要很大的分子數(shù)來(lái)保證正確率。根據(jù)選擇的挑選規(guī)則不同，LigBuilderv2.0挑選準(zhǔn)確率在30%~80%左右（這個(gè)是DUD數(shù)據(jù)集測(cè)試的結(jié)果，有很強(qiáng)的靶標(biāo)偏好性，也不是設(shè)計(jì)成功率的統(tǒng)計(jì)，只是個(gè)參考值）。 [ Last edited by flashlaser on 2012-3-8 at 23:43 ] |
4樓2012-03-08 23:34:39
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