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Abinit 并行運(yùn)算和串行運(yùn)算的差別
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大家好，我是剛深入學(xué)習(xí)使用Abinit，我在自己的電腦上面串行編譯了Abinit的程序，之后又在學(xué)校集群上面裝了同一個(gè)版本并行編譯后的Abinit。 我在自己電腦上面試驗(yàn)計(jì)算ZrO2例子的時(shí)候，發(fā)現(xiàn)能正常輸出結(jié)果和分析結(jié)果，用了大概1個(gè)多小時(shí)。 但是同一個(gè)輸入文件我上傳到集群上，用12個(gè)核，并行了將近一天，還是沒(méi)有結(jié)束，感覺(jué)里面應(yīng)該有問(wèn)題，不得已殺死任務(wù)，請(qǐng)問(wèn)這是怎么回事？ 并行提交任務(wù)指令： bsub -q normal -n 12 -o %J.log -e %J.err -i zroo.files mpijob abinit 下面是計(jì)算的輸入文件： # ZrO2-cubic # # Computation of the band structure. # First, a SCF density computation, then a non-SCF band structure calculation. ndtset 2 #Dataset 1 : usual self-consistent calculation kptopt1 1 # Option for the automatic generation of k points, # taking into account the symmetry nshiftk1 4 shiftk1 0.5 0.5 0.5 # These shifts will be the same for all grids 0.5 0.0 0.0 0.0 0.5 0.0 0.0 0.0 0.5 ngkpt1 8 8 8 prtden1 1 # Print the density, for use by dataset 2 toldfe1 1.0d-20 # This value is way too large for most realistic studies of materials iscf1 5 #Dataset 2 : the band structure iscf2 -2 getden2 -1 kptopt2 -5 nband2 30 ndivk2 10 12 18 8 8 # 10, 12 and 18,8,8 divisions of the 5 segments, delimited # by 6 points. tolwfr2 1.0d-20 kptbounds2 0.5 0.25 0.75 # W point 0.5 0.0 0.0 # L point 0.0 0.0 0.0 # Gamma point 0.5 0.0 0.5 # X point 0.5 0.25 0.75 # W point 0.0 0.0 0.0 # Gamma point in another cell. # tolwfr2 1.0d-12 enunit2 0 # Will output the eigenenergies in Har prteig2 1 # #Definition of the unit cell acell 3*9.48196 # This is equivalent to 9.48196 9.48196 9.48196 rprim 0.0 0.5 0.5 # FCC primitive vectors (to be scaled by acell) 0.5 0.0 0.5 0.5 0.5 0.0 #Definition of the atom types ntypat 2 # There is two types of atom znucl 8 40 # The keyword "znucl" refers to the atomic number of the # possible type(s) of atom. The pseudopotential(s) # mentioned in the "files" file must correspond # to the type(s) of atom. Here, the only type is Silicon. #Definition of the atoms natom 3 # There are 3 atoms typat 1 1 2 # xred # This keyword indicate that the location of the atoms # will follow, one triplet of number for each atom 0.0 0.0 0.0 # Triplet giving the REDUCED coordinate of atom 1. 1/4 1/4 1/4 # Triplet giving the REDUCED coordinate of atom 2. 3/4 3/4 3/4 # #Definition of the planewave basis set ecut 40.0 # Maximal kinetic energy cut-off, in Hartree #Definition of the SCF procedure nstep 60 # Maximal number of SCF cycles diemac 3.0 # Although this is not mandatory, it is worth to # precondition the SCF cycle. The model dielectric # function used as the standard preconditioner # is described in the "dielng" input variable section. # Here, we follow the prescription for bulk silicon. # add to conserve old < 6.7.2 behavior for calculating forces at each SCF step optforces 1 |
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WDD880227: 金幣+1, 感謝交流提示 2012-03-31 08:50:34
lei0819: 金幣+3, ★★★★★最佳答案, 謝謝您的回答，并行的另外參數(shù)設(shè)置能具體說(shuō)說(shuō)嗎？我是生手，自己摸索太費(fèi)時(shí)間了。麻煩您了。 2012-03-31 09:02:35
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Abinit的收斂精度和通常理解的優(yōu)點(diǎn)不一樣。1.0-20是正常值。 此外，并行肯定是要快一些的。但是要注意的是，你這個(gè)并行只是對(duì)k點(diǎn)并行，且最好是cpu數(shù)目能被k點(diǎn)數(shù)目整除。 真正的并行比這復(fù)雜，還需要另外的參數(shù)。Abinit算起來(lái)真的很慢。 |
6樓2012-03-31 07:00:10
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