oscar5667

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[交流] 【求助】abinit 內(nèi)存要2.73G,算不動(dòng)咋辦？

算個(gè)晶體的介電常數(shù)，23個(gè)原子，弄好了輸入文件和贗勢(shì)文件，

計(jì)算1秒鐘后出log說(shuō)內(nèi)存需要2783.030 Mbytes
================================================================================
P This job should need less than                   2783.030 Mbytes of memory.
  Rough estimation (10% accuracy) of disk space for files :
  WF disk file : 901.760 Mbytes ; DEN or POT disk file :    0.529 Mbytes.
STOP 1
================================================================================

Biggest array : cg(disk), with 901.7598 MBytes.
memana : allocated an array of 901.760 Mbytes, for testing purposes.

memana : ERROR -
  Test failed to allocate 2783.030 Mbytes
  It is not worth to continue
  Action : modify input variable to fit the available memory.
  or increase limit on available memory.
===========================================================================
我這體系是不是太大了，我的工作站是4個(gè)G內(nèi)存，我還以為夠了，是不是abinit分派不了這么大的內(nèi)存呢？謝謝專(zhuān)家指教！

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1樓 2011-01-18 17:33:44

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lbambool

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zzy870720z(金幣+1): 謝謝交流 2011-01-18 19:41:44
oscar5667(金幣+1): 2011-01-19 10:39:00

你4G內(nèi)存是幾核共用？提交時(shí)是只用一個(gè)核心算還是多核？四核的話一個(gè)核只有1G了。有些操作系統(tǒng)還有單進(jìn)程2G內(nèi)存的限制，你查一下你的系統(tǒng)。

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2樓2011-01-18 19:07:14

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frank_zhan

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oscar5667(金幣+1): 2011-01-19 16:23:03
zhang668(金幣+1): 多謝提示 2011-01-19 21:04:01

可否把k點(diǎn)的數(shù)量減少一些，這樣應(yīng)該是可以減少內(nèi)存的使用量。

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3樓2011-01-19 09:42:49

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yy08

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zhang668(金幣+1): 多謝交流 2011-01-19 21:04:13

引用回帖:

Originally posted by lbambool at 2011-01-18 19:07:14:
你4G內(nèi)存是幾核共用？提交時(shí)是只用一個(gè)核心算還是多核？四核的話一個(gè)核只有1G了。有些操作系統(tǒng)還有單進(jìn)程2G內(nèi)存的限制，你查一下你的系統(tǒng)。

是這樣的，所以你只能用一個(gè)核去算。

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4樓2011-01-19 10:15:57

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oscar5667

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謝謝

引用回帖:

謝謝哦，呵呵！
我的工作站是DELL T3400 兩核。用的是centos 5.5系統(tǒng)，abinit5.7.3

提交時(shí)我也不知道是用幾個(gè)核？是在輸入文件里面設(shè)定嗎？

剛剛接觸abinit不久，不好意思！

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5樓2011-01-19 10:42:51

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lbambool

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兩個(gè)核，每個(gè)核只分2G了

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6樓2011-01-19 12:07:50

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引用回帖:

Originally posted by lbambool at 2011-01-19 12:07:50:
兩個(gè)核，每個(gè)核只分2G了

哦，是這樣，有沒(méi)有什么方法可以充分利用4G的內(nèi)存？呵呵
要不就算不了了，嗨！

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7樓2011-01-19 13:20:53

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我沒(méi)有用過(guò)abinit，但一般的軟件的設(shè)置里會(huì)有限制用最大的內(nèi)存，那樣軟件會(huì)想辦法在硬盤(pán)上開(kāi)辟空間來(lái)交換數(shù)據(jù)，使物理內(nèi)存小于預(yù)算內(nèi)存時(shí)可以進(jìn)行計(jì)算，你看一下軟件的說(shuō)明書(shū)。

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8樓2011-01-19 14:07:29

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Originally posted by lbambool at 2011-01-19 14:07:29:
我沒(méi)有用過(guò)abinit，但一般的軟件的設(shè)置里會(huì)有限制用最大的內(nèi)存，那樣軟件會(huì)想辦法在硬盤(pán)上開(kāi)辟空間來(lái)交換數(shù)據(jù)，使物理內(nèi)存小于預(yù)算內(nèi)存時(shí)可以進(jìn)行計(jì)算，你看一下軟件的說(shuō)明書(shū)。

ok，好的，謝謝專(zhuān)家解答，嘿嘿

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9樓2011-01-19 16:23:35

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lbambool

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慚愧啊，我不是專(zhuān)家

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10樓2011-01-19 17:11:20

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ljludwig

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小木蟲(chóng): 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖

暈，這個(gè)辦法有好多種。

第一種是減少energy cutoff，即ecut;
第二種是減少K-mesh.

但是這樣都不能保證收斂。所以如果保證收斂的情況下，

可以設(shè)置mkmem, mffmem等，這樣的話就不通過(guò)內(nèi)存來(lái)算，而是暫時(shí)存在disk上。
這樣會(huì)慢一些，但是會(huì)解決內(nèi)存的問(wèn)題。

設(shè)置方法在幫助說(shuō)明里都有：
http://www.abinit.org/documentat ... /varfil.html#mffmem

[ Last edited by ljludwig on 2013-2-7 at 03:26 ]

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11樓2013-02-07 03:25:44

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