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p452_1至尊木蟲 (知名作家)
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[交流]
交流：水上加氫原子精修討論 已有19人參與
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游離氧原子上頭都要求加氫原子，如果不加氫原子，在checkcif時候肯定是A類問題。如果氫原子加了以后，精修不好，也會產(chǎn)生很多的問題，比如氫原子的鍵長鍵角問題、氫原子的熱參數(shù)問題以及氫鍵問題等。 水上加氫原子，一般要求找合適的q峰，命名為相應(yīng)的氫原子后進(jìn)行精修。 1、水上的氫原子不是必然要使用'dfix ' or 'afix '命令。'dfix '是約束命令，而'afix '是固定命令。只有在水分子上的氫原子不能很好精修的時候才使用這些命令，并且，建議一般使用'dfix '命令，因為'afix '命令一般用于C上的理想的氫原子固定，這樣的氫原子不需要參與精修。'dfix '命令行一般表述為： dfix 0.84 O1 H1a O1 H1b (限制鍵長，0.84 A 可以改變) dfix 1.46 H1a H1b （限制鍵角，一般理想的O與2個氫原子的鍵角為120度。數(shù)值也可以改變） 2、在精修的時候，水分子上頭的氫原子的熱參數(shù)往往不是過大就是過小，極不穩(wěn)定。這時候，一般就把氫原子的熱參數(shù)固定為與它鍵連的氧原子熱參數(shù)的1.2 or 1.5。標(biāo)示為 '-1.20000' or '-1.50000'。這個數(shù)字表示氫原子的熱參數(shù)固定了，不再參與精修了，與'dfix ' or 'afix '命令沒有必然的聯(lián)系。 3、有時候會在ins或者res文件里看到'rem'三個字母，可以理解為是'remove'的意思。如果'rem'放在了某個指令的前面，表示這個指令已經(jīng)被取消，在這里就相當(dāng)于'remind'，提醒你曾經(jīng)使用過這個指令，但是效果不好，或者沒有必要使用這個命令，已經(jīng)刪除了。比如看到rem afix, 表示這個afix命令已經(jīng)取消了。 4、水分子的氫原子的取向應(yīng)該適合形成氫鍵，這樣整個結(jié)構(gòu)最穩(wěn)定和合理。 以上僅為個人經(jīng)驗所得，歡迎各位朋友批評、修正和補(bǔ)充。 |
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p452_1
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p452_1: 回帖置頂 2012-03-17 17:33:51
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補(bǔ)充一點： 有時候開頭使用'dfix ' 命令，來約束水上的氫原子，但是在精修時候這種約束達(dá)不到理想的效果，這種時候就果斷使用 'afix '命令來固定氫原子，把氫原子的熱參數(shù)設(shè)為'-1.20000' ，意味著這個水上的氫原子的原子坐標(biāo)和熱參數(shù)都固定，不參與精修。一般命令行表述為： afix 3 H1a 2 +++ *** -1.20000 （依次為序數(shù)、原子坐標(biāo)、占有率、熱參數(shù)） H1b +++++ (同上) afix 0 afix 0 表示固定原子范圍結(jié)束。使用了'afix '命令后，前頭使用的 'dfix ' 命令就不再起作用，可以去掉了，再精修。否則cif文件里的restraint的數(shù)目還會把這些 'dfix ' 命令算進(jìn)去的。 |
6樓2012-03-17 17:33:02
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9樓2012-03-24 19:10:43
10樓2012-03-25 14:28:06
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