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xiaoyuanlong銅蟲 (正式寫手)
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[求助]
antechamber是不認磷元素的么
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我在用antechamber計算季磷鹽的resp電荷的時候，總是出現(xiàn) + antechamber -fi gout -fo ac -i m-phos_resp.out -o m-phos.ac -j Error: cannot run "/home/xxx/src/amber10/bin/bondtype -j full -i ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC0 -o ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC -f ac" in judgebondtype() of antechamber.c properly, exit 這樣的問題，無法生成 .ac文件，以至于 + respgen -i m-phos.ac -o RESP.INPUT1 -a add.dat -f resp1 -n 1 Cannot open the ac input file: m-phos.ac, exit respgen無法計算。 我算別的物質(zhì)都沒有這樣的問題，計算季氨鹽的時候只不過就是換了個氮元素，就能計算，請教各路高手這個問題是antechamber不認識磷元素的原因么？如果是不認磷元素，改怎么辦呢？如果不是，怎么讓我計算下去呢？求解答。不勝感激 季磷鹽（PCH3CH3CH3C2H5Cl） 季氨鹽（NCH3CH3CH3C2H5Cl） |
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xiaoyuanlong
銅蟲 (正式寫手)
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- 專業(yè): 電化學
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我在用antechamber計算季磷鹽的resp電荷的時候，總是出現(xiàn) + antechamber -fi gout -fo ac -i m-phos_resp.out -o m-phos.ac -j Error: cannot run "/home/xxx/src/amber10/bin/bondtype -j full -i ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC0 -o ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC -f ac" in judgebondtype() of antechamber.c properly, exit 輸入antechamber -fi gout -fo ac -i e-phos_resp.out -o e-phos.ac -j 4命令 提示W(wǎng)arning: the assigned bond types may be wrong, please : (1) double check the structure (the connectivity) and/or (2) adjust atom valence penalty parameters in APS.DAT, and/or (3) increase PSCUTOFF in define.h and recompile bondtype.c Be cautious, use a large value of PSCUTOFF (>100) will significantly increase the computation time Error: cannot run "/home/zhengxy/src/amber10/bin/bondtype -j full -i ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC0 -o ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC -f ac" in judgebondtype() of antechamber.c properly, exit 這樣的問題，無法生成 .ac文件，以至于 + respgen -i m-phos.ac -o RESP.INPUT1 -a add.dat -f resp1 -n 1 Cannot open the ac input file: m-phos.ac, exit respgen無法計算。 我算別的物質(zhì)都沒有這樣的問題，計算季氨鹽的時候只不過就是換了個氮元素，就能計算，請教各路高手這個問題是antechamber不認識磷元素的原因么？如果是不認磷元素，改怎么辦呢？如果不是，怎么讓我計算下去呢？求解答。不勝感激 季磷鹽（PCH3CH3CH3C2H5Cl） 季氨鹽（NCH3CH3CH3C2H5Cl） |
2樓2012-03-18 14:29:45
3樓2012-03-27 10:08:42
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