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cfmzxf84木蟲 (正式寫手)
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[求助]
AMBER使用antechamber 準(zhǔn)備配體小分子出問題，求指導(dǎo)方法，謝謝
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求問，我使用AMBER11的antechamber準(zhǔn)備配體小分子，出現(xiàn)如下問題 輸入：chen@ubuntu:~/pre$ antechamber -i lig.pdb -fi pdb -o lig.mol2 -fo mol2 -c bcc -s 2 輸出：Running: /home/chen/soft/amber11/bin/bondtype -j full -i ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC0 -o ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC -f ac Warning: the assigned bond types may be wrong, please : (1) double check the structure (the connectivity) and/or (2) adjust atom valence penalty parameters in APS.DAT, and/or (3) increase PSCUTOFF in define.h and recompile bondtype.c Be cautious, use a large value of PSCUTOFF (>100) will significantly increase the computation time Error: cannot run "/home/chen/soft/amber11/bin/bondtype -j full -i ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC0 -o ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC -f ac" in judgebondtype() of antechamber.c properly, exit 請問怎么解決呢？ 其他還有什么辦法準(zhǔn)備小分子嗎？謝謝 附上小分子文件，能幫忙試試的萬分感謝 |
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2012-03-10 16:34:21, 337.97 K
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| 還是我來幫你解決吧，你這小分子有F，有磷，還有這么多鍵，antechamber能處理的了就奇了怪了。果斷用高斯。 |
6樓2012-03-11 14:19:16
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你好，我看到你之前留得amber11準(zhǔn)備小分子信息時出現(xiàn)這個錯誤Warning: the assigned bond types may be wrong, please : (1) double check the structure (the connectivity) and/or (2) adjust atom valence penalty parameters in APS.DAT, and/or (3) increase PSCUTOFF in define.h and recompile bondtype.c 我想請教一下，這個問題你后來怎么解決的？謝謝 |
7樓2014-06-24 10:39:11
你 是 要用這個處理配體？先看看 這個教程吧。
8樓2015-07-05 22:05:59
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9樓2015-07-16 09:18:50
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您好，我按照您上面給出的命令，第一步?jīng)]問題，能夠生成1.com。但是，輸入g03 1.com > 1.log命令時，出現(xiàn)：g03: command not found？請問該怎么解決呢？ |
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