 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 10 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 3880 | 回復: 9 | |||
cfmzxf84木蟲 (正式寫手)
|
[求助]
AMBER使用antechamber 準備配體小分子出問題，求指導方法，謝謝
|
|
求問，我使用AMBER11的antechamber準備配體小分子，出現(xiàn)如下問題 輸入：chen@ubuntu:~/pre$ antechamber -i lig.pdb -fi pdb -o lig.mol2 -fo mol2 -c bcc -s 2 輸出：Running: /home/chen/soft/amber11/bin/bondtype -j full -i ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC0 -o ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC -f ac Warning: the assigned bond types may be wrong, please : (1) double check the structure (the connectivity) and/or (2) adjust atom valence penalty parameters in APS.DAT, and/or (3) increase PSCUTOFF in define.h and recompile bondtype.c Be cautious, use a large value of PSCUTOFF (>100) will significantly increase the computation time Error: cannot run "/home/chen/soft/amber11/bin/bondtype -j full -i ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC0 -o ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC -f ac" in judgebondtype() of antechamber.c properly, exit 請問怎么解決呢？ 其他還有什么辦法準備小分子嗎？謝謝 附上小分子文件，能幫忙試試的萬分感謝 |
回復此樓» 本帖附件資源列表
-
歡迎監(jiān)督和反饋：小木蟲僅提供交流平臺，不對該內容負責。
本內容由用戶自主發(fā)布，如果其內容涉及到知識產權問題，其責任在于用戶本人，如對版權有異議，請聯(lián)系郵箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : 1.pdb
2012-03-10 16:34:21, 337.97 K
» 收錄本帖的淘帖專輯推薦
 量子化學資料 |
» 猜你喜歡
265求調劑
已經有4人回復
-
085700資源與環(huán)境308求調劑
已經有6人回復
-
一志愿吉林大學材料學碩321求調劑
已經有12人回復
-
286分人工智能專業(yè)請求調劑愿意跨考！
已經有3人回復
-
329求調劑
已經有5人回復
-
申請回稿延期一個月，編輯同意了。但系統(tǒng)上的時間沒變，給編輯又寫郵件了，沒回復
已經有4人回復
-
材料學碩318求調劑
已經有5人回復
-
一志愿中國海洋大學，生物學，301分，求調劑
已經有6人回復
-
081700化工學碩調劑
已經有3人回復
-
一志愿蘇州大學材料求調劑，總分315（英一）
已經有3人回復
» 本主題相關商家推薦: (我也要在這里推廣)
» 本主題相關價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- 關于amber官網的第一個練習
已經有3人回復
- 請問準備小分子配體時，有的準備不成功，是什么原因？
已經有5人回復
- 雅思成績剛出，求指導
已經有48人回復
- 小分子凝膠的手性分子識別
已經有22人回復
- 基于小分子配體的藥物設計---sybyl 糾結中......
已經有10人回復
- antechamber遇到問題
已經有5人回復
- 配體交換法如果納米粒子表面沒有配體，可以用與其表面有配位能力的聚合物與之相配位
已經有3人回復
- aspen求指導、謝謝各位
已經有7人回復
- Amber的軌跡處理問題
已經有3人回復
- 我的小分子多糖怎么除鹽 求指導
已經有6人回復
- 終極問題求指導？
已經有4人回復
- 使用antechamber生成resp電荷時報錯
已經有6人回復
- 為什么我用AMBER模擬兩個小分子可以，三個小分子就不行呢？
已經有7人回復
- AMBER的amberpdb命令出錯問題
已經有4人回復
- Amber tools 中的antechamber 必須要在安裝了amber11的前體下才能使用么?
已經有4人回復
- sybyl中的配體提取和準備問題
已經有7人回復
- 【求助】在NAMD運行中使用CHARMM格式的力場文件，但力場參數(shù)來自AMBER力場，會出問題?/a>
已經有4人回復
- 【求助】分子對接后如何計算配體小分子和受體蛋白質相應殘基的平面角、面心距、點面距
已經有8人回復
- 【求助】打算從amber學起
已經有16人回復
蘋果變菠蘿
金蟲 (小有名氣)
- 應助: 3 (幼兒園)
- 金幣: 2125.7
- 散金: 52
- 紅花: 3
- 帖子: 181
- 在線: 175.9小時
- 蟲號: 1186835
- 注冊: 2011-01-10
- 性別: MM
- 專業(yè): 生物信息學
2樓2012-03-10 21:22:54
cfmzxf84
木蟲 (正式寫手)
- 應助: 4 (幼兒園)
- 金幣: 5003.4
- 散金: 822
- 紅花: 1
- 帖子: 908
- 在線: 328.6小時
- 蟲號: 814536
- 注冊: 2009-07-23
- 專業(yè): 化學環(huán)境污染與健康
3樓2012-03-10 23:38:10
cfmzxf84
木蟲 (正式寫手)
- 應助: 4 (幼兒園)
- 金幣: 5003.4
- 散金: 822
- 紅花: 1
- 帖子: 908
- 在線: 328.6小時
- 蟲號: 814536
- 注冊: 2009-07-23
- 專業(yè): 化學環(huán)境污染與健康
4樓2012-03-11 13:31:52
fmtzhangli
金蟲 (小有名氣)
- 應助: 1 (幼兒園)
- 金幣: 1311.3
- 紅花: 1
- 帖子: 73
- 在線: 132.5小時
- 蟲號: 908286
- 注冊: 2009-11-20
- 專業(yè): 生物信息學
5樓2012-03-11 13:51:49
【答案】應助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
感謝參與，應助指數(shù) +1
jiaoyixiong(金幣+2): 鼓勵交流 2012-03-11 15:37:41
cfmzxf84(金幣+58): ★★★★★最佳答案, 高斯確實很有用，謝謝 2012-03-12 17:27:56
感謝參與，應助指數(shù) +1
jiaoyixiong(金幣+2): 鼓勵交流 2012-03-11 15:37:41
cfmzxf84(金幣+58): ★★★★★最佳答案, 高斯確實很有用，謝謝 2012-03-12 17:27:56
| 還是我來幫你解決吧，你這小分子有F，有磷，還有這么多鍵，antechamber能處理的了就奇了怪了。果斷用高斯。 |
6樓2012-03-11 14:19:16
|
你好，我看到你之前留得amber11準備小分子信息時出現(xiàn)這個錯誤Warning: the assigned bond types may be wrong, please : (1) double check the structure (the connectivity) and/or (2) adjust atom valence penalty parameters in APS.DAT, and/or (3) increase PSCUTOFF in define.h and recompile bondtype.c 我想請教一下，這個問題你后來怎么解決的？謝謝 |
7樓2014-06-24 10:39:11
你 是 要用這個處理配體？先看看 這個教程吧。
8樓2015-07-05 22:05:59
therotyonth
金蟲 (正式寫手)
- 應助: 9 (幼兒園)
- 金幣: 2830.4
- 紅花: 11
- 帖子: 954
- 在線: 68.9小時
- 蟲號: 2349854
- 注冊: 2013-03-15
- 專業(yè): 理論和計算化學
9樓2015-07-16 09:18:50
10樓2019-08-06 08:59:21
相關版塊跳轉
我要訂閱樓主 cfmzxf84 的主題更新
| 10 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 一志愿蘇州大學材料求調劑，總分315（英一） +3 | sbdksD 2026-03-19 | 3/150 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 一志愿南京理工大學085701資源與環(huán)境302分求調劑 +3 | 葵梓衛(wèi)隊 2026-03-18 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 085601材料工程專碩求調劑 +10 | 慕寒mio 2026-03-16 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 一志愿中海洋材料工程專碩330分求調劑 +7 | 小材化本科 2026-03-18 | 7/350 |
|
|
[考研] 274求調劑 +6 | S.H1 2026-03-18 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 08工科 320總分 求調劑 +5 | 梨花珞晚風 2026-03-17 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 311求調劑 +6 | 26研0 2026-03-15 | 6/300 |
|
|
|
[考研]
 0854，計算機類招收調劑
+3
|
胡辣湯放糖 2026-03-15 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 0703化學求調劑 總分331 +3 | ZY-05 2026-03-13 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 278求調劑 +5 | 煙火先于春 2026-03-17 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 085601求調劑 +4 | Du.11 2026-03-16 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿，福州大學材料專碩339分求調劑 +3 | 木子momo青爭 2026-03-15 | 3/150 |
|
|
|
[考研]
11408 一志愿西電，277分求調劑
+3
|
zhouzhen654 2026-03-16 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 304求調劑 +5 | 素年祭語 2026-03-15 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 一志愿211 0703方向310分求調劑 +3 | 努力奮斗112 2026-03-15 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 中科院材料273求調劑 +4 | yzydy 2026-03-15 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 326求調劑 +3 | mlpqaz03 2026-03-15 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 288求調劑 +4 | 奇點0314 2026-03-14 | 4/200 |
|
|
|
[碩博家園] 085600 260分求調劑 +3 | 天空還下雨么 2026-03-13 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 070303一志愿西北大學學碩310找調劑 +3 | d如愿上岸 2026-03-13 | 3/150 |
|