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cfmzxf84木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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[求助]
AMBER使用antechamber 準(zhǔn)備配體小分子出問(wèn)題，求指導(dǎo)方法，謝謝
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求問(wèn)，我使用AMBER11的antechamber準(zhǔn)備配體小分子，出現(xiàn)如下問(wèn)題 輸入：chen@ubuntu:~/pre$ antechamber -i lig.pdb -fi pdb -o lig.mol2 -fo mol2 -c bcc -s 2 輸出：Running: /home/chen/soft/amber11/bin/bondtype -j full -i ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC0 -o ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC -f ac Warning: the assigned bond types may be wrong, please : (1) double check the structure (the connectivity) and/or (2) adjust atom valence penalty parameters in APS.DAT, and/or (3) increase PSCUTOFF in define.h and recompile bondtype.c Be cautious, use a large value of PSCUTOFF (>100) will significantly increase the computation time Error: cannot run "/home/chen/soft/amber11/bin/bondtype -j full -i ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC0 -o ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC -f ac" in judgebondtype() of antechamber.c properly, exit 請(qǐng)問(wèn)怎么解決呢？ 其他還有什么辦法準(zhǔn)備小分子嗎？謝謝 附上小分子文件，能幫忙試試的萬(wàn)分感謝 |
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2012-03-10 16:34:21, 337.97 K
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zh1987hs(金幣+2): 謝謝 2012-03-10 23:14:05
cfmzxf84(金幣+12): ★★★很有幫助 謝謝，請(qǐng)問(wèn)教程是？ 2012-03-10 23:38:44
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cfmzxf84(金幣+12): ★★★很有幫助 謝謝，請(qǐng)問(wèn)教程是？ 2012-03-10 23:38:44
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首先看小分子的結(jié)構(gòu)，確定是否是小分子結(jié)構(gòu)有問(wèn)題（我沒(méi)看你小分子具體結(jié)構(gòu)）。 小分子里面含有磷原子，需要特殊處理，見(jiàn)教程，這個(gè)教程我沒(méi)練習(xí)。 |
2樓2012-03-10 21:22:54
cfmzxf84
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4樓2012-03-11 13:31:52
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godcook
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| 還是我來(lái)幫你解決吧，你這小分子有F，有磷，還有這么多鍵，antechamber能處理的了就奇了怪了。果斷用高斯。 |
6樓2012-03-11 14:19:16
ssn319227
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你好，我看到你之前留得amber11準(zhǔn)備小分子信息時(shí)出現(xiàn)這個(gè)錯(cuò)誤Warning: the assigned bond types may be wrong, please : (1) double check the structure (the connectivity) and/or (2) adjust atom valence penalty parameters in APS.DAT, and/or (3) increase PSCUTOFF in define.h and recompile bondtype.c 我想請(qǐng)教一下，這個(gè)問(wèn)題你后來(lái)怎么解決的？謝謝 |
7樓2014-06-24 10:39:11
你 是 要用這個(gè)處理配體？先看看 這個(gè)教程吧。
8樓2015-07-05 22:05:59
therotyonth
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antechamber -i 1.pdb -fi pdb -o 1.com -fo gcrt g03 1.com > 1.log antechamber -i 1.log -fi gout -o 1.prepi -fo prepi -c resp -s 2 parmchk -i 1.prepi -f prepi -o 1.frcmod tleap -s -f leaprc.gaff loadamberparams 1.frcmod loadamberprep 1.prepi 這樣就可以了哈！不過(guò)要使用gaussian計(jì)算的。推薦使用g03不要使用g09. |
9樓2015-07-16 09:18:50
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您好，我按照您上面給出的命令，第一步?jīng)]問(wèn)題，能夠生成1.com。但是，輸入g03 1.com > 1.log命令時(shí)，出現(xiàn)：g03: command not found？請(qǐng)問(wèn)該怎么解決呢？ |
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