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shiyiwenren至尊木蟲 (著名寫手)
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[求助]
求助用MS模擬氣體在分子篩中擴(kuò)散系數(shù)時(shí)碰到的問題
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之前做過用MS做GCMC，現(xiàn)在想做氣體在分子篩中的擴(kuò)散系數(shù)的MD模擬，用的是MS里的forcite模塊中的NVT系綜。具體就是用GCMC模擬吸附時(shí)得到的平衡態(tài)構(gòu)象作為MD模擬的起始，選擇forcite模塊中的dynamic計(jì)算，在more里選擇的是NVT系綜，initial velocities為random，溫度為298K，總的模擬時(shí)間為1000ps，輸出的構(gòu)象為100個(gè)。Thermostat選擇的是Nose。在力場選擇上與之前的GCMC一致，靜電作用用Ewald描述，van der waals作用用atom based描述。按照上述設(shè)置好之后進(jìn)行計(jì)算，計(jì)算完成后分析氣體分子的MSD，取的是100-1000ps的數(shù)據(jù)，擬合出一條直線，擴(kuò)散系數(shù)就是該直線斜率的1/6。在模擬中發(fā)現(xiàn)一些問題： （1）模擬時(shí)對(duì)于周期性邊界條件的設(shè)置是在哪兒的，我在forcite的設(shè)置對(duì)話框中沒有找到這個(gè)，是不是周期性邊界條件在MD模擬中是默認(rèn)的？ （2）我模擬時(shí)用的起始構(gòu)象如下圖所示： MD模擬后輸出的構(gòu)象為： 從圖中可以看出很多氣體分子跑到了盒子外邊了，我問過我們組里用做MD模擬的（不是用MS做的），他說好像我這個(gè)是因?yàn)槟M時(shí)沒有加周期性邊界條件的原因。那么與第一個(gè)問題相同，在MS中是在哪兒設(shè)置的呢？ （3）在模擬過程中溫度的變化曲線為： 從圖中看在我模擬的1000ps的過程中溫度波動(dòng)一直都很大，這是因?yàn)槲业腡hermostat選擇的問題，還是模擬的時(shí)間不夠，還是因?yàn)槟M中沒有加周期性邊界條件的原因呢？ 第一次嘗試做MD，碰到了很多問題，希望有這方面經(jīng)驗(yàn)的予以指導(dǎo)，不勝感激 [ Last edited by shiyiwenren on 2012-3-19 at 20:41 ] |
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 MS計(jì)算模擬 | 收藏 |
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| 我對(duì)樓主研究的這一塊挺感興趣，不過我沒用過這個(gè)，簡單的看了一下，感覺樓主說的問題問題不是很大，周期性邊界條件應(yīng)該是屬于默認(rèn)的了，至于篩選的分子跑在外面是可能初始的構(gòu)型建造有一點(diǎn)問題，中間那個(gè)圖應(yīng)該是跑完之后的了吧？可以出現(xiàn)這種情況，這個(gè)圖間接的提示了這個(gè)含有周期性邊界條件，你也可以把他顯示在胞內(nèi)。 |
5樓2012-03-21 14:27:33
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