 |
 |
 |
| 24小時(shí)熱門(mén)版塊排行榜 |
- >論壇更新日志 (5018)
- >導(dǎo)師招生 (1089)
- >考研 (1087)
- >文獻(xiàn)求助 (270)
- >考博 (112)
- >蟲(chóng)友互識(shí) (112)
- >休閑灌水 (107)
- >碩博家園 (87)
- >招聘信息布告欄 (77)
- >論文道賀祈福 (57)
- >基金申請(qǐng) (43)
- >博后之家 (36)
- >SciFinder/Reaxys (32)
- >論文投稿 (27)
- >綠色求助(高懸賞) (21)
- >有機(jī)資源 (18)
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 5266 | 回復(fù): 20 | ||||
| 當(dāng)前只顯示滿(mǎn)足指定條件的回帖，點(diǎn)擊這里查看本話(huà)題的所有回帖 | ||||
shiyiwenren至尊木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
|
[求助]
求助用MS模擬氣體在分子篩中擴(kuò)散系數(shù)時(shí)碰到的問(wèn)題
|
|||
|
之前做過(guò)用MS做GCMC，現(xiàn)在想做氣體在分子篩中的擴(kuò)散系數(shù)的MD模擬，用的是MS里的forcite模塊中的NVT系綜。具體就是用GCMC模擬吸附時(shí)得到的平衡態(tài)構(gòu)象作為MD模擬的起始，選擇forcite模塊中的dynamic計(jì)算，在more里選擇的是NVT系綜，initial velocities為random，溫度為298K，總的模擬時(shí)間為1000ps，輸出的構(gòu)象為100個(gè)。Thermostat選擇的是Nose。在力場(chǎng)選擇上與之前的GCMC一致，靜電作用用Ewald描述，van der waals作用用atom based描述。按照上述設(shè)置好之后進(jìn)行計(jì)算，計(jì)算完成后分析氣體分子的MSD，取的是100-1000ps的數(shù)據(jù)，擬合出一條直線(xiàn)，擴(kuò)散系數(shù)就是該直線(xiàn)斜率的1/6。在模擬中發(fā)現(xiàn)一些問(wèn)題： （1）模擬時(shí)對(duì)于周期性邊界條件的設(shè)置是在哪兒的，我在forcite的設(shè)置對(duì)話(huà)框中沒(méi)有找到這個(gè)，是不是周期性邊界條件在MD模擬中是默認(rèn)的？ （2）我模擬時(shí)用的起始構(gòu)象如下圖所示： MD模擬后輸出的構(gòu)象為： 從圖中可以看出很多氣體分子跑到了盒子外邊了，我問(wèn)過(guò)我們組里用做MD模擬的（不是用MS做的），他說(shuō)好像我這個(gè)是因?yàn)槟M時(shí)沒(méi)有加周期性邊界條件的原因。那么與第一個(gè)問(wèn)題相同，在MS中是在哪兒設(shè)置的呢？ （3）在模擬過(guò)程中溫度的變化曲線(xiàn)為： 從圖中看在我模擬的1000ps的過(guò)程中溫度波動(dòng)一直都很大，這是因?yàn)槲业腡hermostat選擇的問(wèn)題，還是模擬的時(shí)間不夠，還是因?yàn)槟M中沒(méi)有加周期性邊界條件的原因呢？ 第一次嘗試做MD，碰到了很多問(wèn)題，希望有這方面經(jīng)驗(yàn)的予以指導(dǎo)，不勝感激 [ Last edited by shiyiwenren on 2012-3-19 at 20:41 ] |
回復(fù)此樓» 收錄本帖的淘帖專(zhuān)輯推薦
 MS計(jì)算模擬 | 收藏 |
» 猜你喜歡
274求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
北科281學(xué)碩材料求調(diào)劑
已經(jīng)有11人回復(fù)
-
085600 材料與化工 329分求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
302求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
312求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
網(wǎng)絡(luò)空間安全0839招調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
329求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
【2026考研調(diào)劑】制藥工程 284分 求相關(guān)專(zhuān)業(yè)調(diào)劑名額
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
085602 289分求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
材料學(xué)碩333求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:
- 【求助】關(guān)于分子篩中B酸和L酸的來(lái)源問(wèn)題
已經(jīng)有21人回復(fù)
- 【求助】MUSIC的MD模塊計(jì)算甲烷在IRMOF-1上的擴(kuò)散系數(shù)
已經(jīng)有11人回復(fù)
- 【求助】分子動(dòng)力學(xué)模擬求擴(kuò)散系數(shù)，最后一步不明白，請(qǐng)求給位大俠。
已經(jīng)有21人回復(fù)
- 【求助】測(cè)擴(kuò)散系數(shù)的實(shí)驗(yàn)方法
已經(jīng)有11人回復(fù)
- 【求助】MS模擬5A介孔微孔吸附CO2時(shí)吸附熱的問(wèn)題
已經(jīng)有14人回復(fù)
- 【求助】GCMC研究的分子篩的吸附選擇性問(wèn)題
已經(jīng)有11人回復(fù)
- 【求助】關(guān)于鋰離子擴(kuò)散系數(shù)的問(wèn)題
已經(jīng)有24人回復(fù)
- 【求助】時(shí)間和空間上都變化的擴(kuò)散系數(shù)在comsol4.0里如何設(shè)置
已經(jīng)有12人回復(fù)
- 【求助】氣體小分子在聚合物中的擴(kuò)散問(wèn)題
已經(jīng)有35人回復(fù)
- 【求助】求使用MS中sorption模塊用于分子篩吸附小分子的問(wèn)題
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 【求助成功】MS模擬沸石的吸附性能時(shí)的一些問(wèn)題
已經(jīng)有9人回復(fù)
- 【求助】求Monte Carlo 關(guān)于擴(kuò)散系數(shù)計(jì)算的源代碼
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 【求助】如何查找氣體在空氣中的分子擴(kuò)散系數(shù)
已經(jīng)有11人回復(fù)
- 【求助成功】MS模擬MCM-41過(guò)程中forcite filed計(jì)算的問(wèn)題
已經(jīng)有12人回復(fù)
shiyiwenren
至尊木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
- 模擬EPI: 2
- 應(yīng)助: 4 (幼兒園)
- 金幣: 11811.9
- 散金: 29
- 紅花: 17
- 帖子: 2450
- 在線(xiàn): 1187.2小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 886290
- 注冊(cè): 2009-10-28
- 專(zhuān)業(yè): 分離過(guò)程
4樓2012-03-21 09:35:26
shiyiwenren
至尊木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
- 模擬EPI: 2
- 應(yīng)助: 4 (幼兒園)
- 金幣: 11811.9
- 散金: 29
- 紅花: 17
- 帖子: 2450
- 在線(xiàn): 1187.2小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 886290
- 注冊(cè): 2009-10-28
- 專(zhuān)業(yè): 分離過(guò)程
2樓2012-03-20 14:03:31
smx07131301
銀蟲(chóng) (小有名氣)
- 應(yīng)助: 2 (幼兒園)
- 金幣: 1083.2
- 帖子: 112
- 在線(xiàn): 101.4小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 1133744
- 注冊(cè): 2010-10-28
- 性別: MM
- 專(zhuān)業(yè): 碳素材料與超硬材料
3樓2012-03-21 08:29:44
青菜001
金蟲(chóng) (小有名氣)
- 應(yīng)助: 8 (幼兒園)
- 金幣: 675.8
- 散金: 16
- 帖子: 136
- 在線(xiàn): 96.2小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 1127237
- 注冊(cè): 2010-10-20
- 專(zhuān)業(yè): 金屬材料表面科學(xué)與工程
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zh1987hs: 金幣+2, 謝謝 2012-03-21 15:02:30
shiyiwenren: 金幣+45, ★有幫助, 5 2012-03-21 16:55:29
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zh1987hs: 金幣+2, 謝謝 2012-03-21 15:02:30
shiyiwenren: 金幣+45, ★有幫助, 5 2012-03-21 16:55:29
| 我對(duì)樓主研究的這一塊挺感興趣，不過(guò)我沒(méi)用過(guò)這個(gè)，簡(jiǎn)單的看了一下，感覺(jué)樓主說(shuō)的問(wèn)題問(wèn)題不是很大，周期性邊界條件應(yīng)該是屬于默認(rèn)的了，至于篩選的分子跑在外面是可能初始的構(gòu)型建造有一點(diǎn)問(wèn)題，中間那個(gè)圖應(yīng)該是跑完之后的了吧？可以出現(xiàn)這種情況，這個(gè)圖間接的提示了這個(gè)含有周期性邊界條件，你也可以把他顯示在胞內(nèi)。 |
5樓2012-03-21 14:27:33
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 085600 材料與化工 329分求調(diào)劑 +3 | Mr. Z 2026-03-25 | 3/150 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 0854電子信息求調(diào)劑 324 +4 | Promise-jyl 2026-03-23 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 292求調(diào)劑 +4 | 鵝鵝鵝額額額額?/a> 2026-03-25 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 289求調(diào)劑 +10 | 碩星赴 2026-03-23 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 一志愿中南大學(xué)化學(xué)學(xué)碩0703總分337求調(diào)劑 +6 | niko- 2026-03-22 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑，一志愿:南京航空航天大學(xué)大學(xué) ，080500材料科學(xué)與工程學(xué)碩，總分289分 +6 | @taotao 2026-03-19 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 調(diào)劑 +4 | 13853210211 2026-03-24 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 080500求調(diào)劑 +3 | zzzzfan 2026-03-24 | 3/150 |
|
|
|
[考研]
 085404電子信息284分求調(diào)劑
+4
|
13659058978 2026-03-24 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿山東大學(xué)藥學(xué)學(xué)碩求調(diào)劑 +3 | 開(kāi)開(kāi)心心沒(méi)煩惱 2026-03-23 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 環(huán)境學(xué)碩288求調(diào)劑 +8 | 皮皮皮123456 2026-03-22 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 生物學(xué)一志愿985，分?jǐn)?shù)349求調(diào)劑 +6 | zxts12 2026-03-21 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 298求調(diào)劑 +8 | 上岸6666@ 2026-03-20 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 考研調(diào)劑 +3 | 呼呼？~+123456 2026-03-21 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 297求調(diào)劑 +3 | 喜歡還是不甘心 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +3 | 白QF 2026-03-21 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 330求調(diào)劑0854 +3 | assdll 2026-03-21 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 288求調(diào)劑 +16 | 于海海海海 2026-03-19 | 16/800 |
|
|
|
[考研] 一志愿西南交通 專(zhuān)碩 材料355 本科雙非 求調(diào)劑 +5 | 西南交通專(zhuān)材355 2026-03-19 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 一志愿福大288有機(jī)化學(xué)，求調(diào)劑 +3 | 小木蟲(chóng)200408204 2026-03-18 | 3/150 |
|