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tnfcqsl木蟲 (小有名氣)
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[求助]
小白問題：吉布斯自由能和活化能
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請教各位一個(gè)小白問題： 通過Gaussian03計(jì)算出某一分子的不同構(gòu)象，result中給出的是各個(gè)構(gòu)象結(jié)構(gòu)的能量（如其一為-1300.70562872 Hartree），那么其吉布斯自由能該如何計(jì)算呢？活化能呢？ 多謝各位！ |
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zhangmt
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result中給出的能量不是體系能量，是體系中電子的能量。。。 要做頻率分析以后，根據(jù)當(dāng)前的溫度、壓力，計(jì)算出分子的平動(dòng)、轉(zhuǎn)動(dòng)、振動(dòng)的能量，以及核斥能，得到總的熱力學(xué)內(nèi)能——需要經(jīng)過零點(diǎn)能矯正，再加上PV項(xiàng)得到焓值，再通過統(tǒng)計(jì)力學(xué)計(jì)算出分子的平動(dòng)熵、轉(zhuǎn)動(dòng)熵、振動(dòng)熵，計(jì)算總的熵值，乘以溫度后，用焓值減去此項(xiàng)，得到吉布斯自由能值。 雖然看起來復(fù)雜，但只要你優(yōu)化以后用一個(gè)freq命令就都可以得到，gaussian直接給出你要的結(jié)果。 至于活化能，請明確指出你說的是阿累尼烏斯活化能還是活化吉布斯自由能還是活化焓，這幾項(xiàng)都是能量，含義不同。如果要計(jì)算，需要你尋找合適的反應(yīng)機(jī)理，尋找正確的過渡態(tài)才能得到。 |
2樓2012-03-20 21:22:38
tnfcqsl
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多謝樓上的專家！您解釋得很清楚，謝謝！ 我是請人幫做的計(jì)算，自己只有GaussView，所以看來是沒法兒計(jì)算吉布斯自由能了。至于活化能，我還真沒弄明白是您所提出的幾種中的哪一個(gè)，文獻(xiàn)中只寫了free energy of activation，在我看來，就是例如兩個(gè)構(gòu)象相互轉(zhuǎn)化時(shí)所需的能量，這個(gè)不知對否，還請指正。 此外還有一個(gè)問題想請教：若計(jì)算得到3種低能結(jié)構(gòu)A、B、C，A的能量最低，而C的偶極矩最大，那么，哪一種結(jié)構(gòu)更穩(wěn)定呢？ 還請不吝賜教，多謝！ |
3樓2012-03-20 22:26:41
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zhangmt
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既然是free energy of activation那當(dāng)然就是活化自由能，在恒溫恒壓條件下（多數(shù)都是這個(gè)條件）也就是吉布斯自由能，偶爾的恒溫恒容條件下指亥姆霍茲自由能。這個(gè)活化自由能，是需要通過確認(rèn)反應(yīng)機(jī)理然后計(jì)算過渡態(tài)得出來的。當(dāng)然，做實(shí)驗(yàn)通過測定不同溫度下的反應(yīng)速率常數(shù)再擬合也是可以得到的。而實(shí)驗(yàn)得到的是表觀活化能，屬于阿雷尼烏茲活化能，或者用eyning公式擬合，還可以得到活化焓、活化熵以及活化吉布斯自由能。 至于ABC體系對比，永遠(yuǎn)是能量最低的最穩(wěn)定。。當(dāng)然，如果是沒有考慮溶劑條件那么計(jì)算的數(shù)據(jù)就不準(zhǔn)確。偶極大的容易溶于極性溶劑，原本能量稍高的大偶極矩分子在極性溶液中可能自由能就變成最低的，那穩(wěn)定性對比就改變了。 |
5樓2012-03-21 12:31:21
yangzhaodi1978
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6樓2013-03-21 01:08:43
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7樓2013-03-21 01:17:03
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