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castlered木蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
求助ncbi序列提交問(wèn)題
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前幾天提交了幾個(gè)細(xì)菌的基因簇序列，收到如下回信： We have noticed that some or all of the sequences contain internal stop >codons and/or reading frame shifts (insertions/deletions based on BLAST >similarity search results and/or an alignment). This generally indicates problems such as: > > - errors in the nucleotide sequence > - problems with feature annotation which may be due to: > translation in the wrong reading frame or on the wrong strand > translation does not have the correct exon spans > translation includes noncoding sequence, such as introns or UTR's > - sequence may be a pseudogene > >If the sequences and/or annotation are incorrect, please resubmit >with the corrected files. If the information is correct, please explain >the presence of the internal stop codons and/or frame shifts. > >If you are unable to determine the correct sequence and/or annotation >for your sequence(s), they can still be processed and the following >comment will be added to your records: > >COMMENT GenBank staff is unable to verify sequence and/or annotation > provided by the submitter. > >In addition, the record(s) will indicate that the data are unverified and >your sequence(s) will not be included in NCBI BLAST databases. > >Please either: > > [1] resubmit with correct sequence(s) and/or annotation > or > [2] confirm that your sequence(s) should be processed as unverified. 我的序列都是用artemis進(jìn)行的預(yù)測(cè)，ncbi上blast注釋的，應(yīng)該沒(méi)有內(nèi)部的終止密碼子出現(xiàn)的，移碼突變這個(gè)倒是有可能出現(xiàn)，但我一共提交了10個(gè)序列，每個(gè)都十幾個(gè)orf呢，怎么快速檢查解決這種狀況呢？非常感謝 |
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