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[求助]
autodock rmsd計(jì)算偏大
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| autodock達(dá)人 小弟有個(gè)問(wèn)題百思不得其解。對(duì)接后的rmsd值 都很大 20多，構(gòu)象和pdb原配體相似，但是每次對(duì)接不知道如何消除配體的平動(dòng)和轉(zhuǎn)動(dòng)對(duì)rmsd的影響 。十分感激 |
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chaizhm: 編輯內(nèi)容 2012-04-02 18:45
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1 [ Last edited by chaizhm on 2012-4-2 at 18:45 ] |
2樓2012-04-02 17:23:23
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
chaizhm: 金幣+2 2012-04-03 18:37:11
chaizhm: 編輯內(nèi)容 2012-04-03 18:37
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
chaizhm: 金幣+2 2012-04-03 18:37:11
chaizhm: 編輯內(nèi)容 2012-04-03 18:37
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AUTODOCK 對(duì)接完成后的Dlg文件中有兩個(gè) RMSD，你說(shuō)的是cluster rmsd 還是 reference？？ 如果是前者的話(huà)，RMSD太大，估計(jì)是你的Grid box沒(méi)有選擇合適！ 如果是后者，就不用擔(dān)心，那是參考值，真實(shí)值看cluster！ [ Last edited by chaizhm on 2012-4-3 at 18:37 ] |
3樓2012-04-03 15:39:35
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