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tuwenwuguan新蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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[求助]
幫忙看看審稿意見(jiàn)（有關(guān)氫鍵鍵能）
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文章已經(jīng)是大修后讓再次修改， 編輯說(shuō)一句“請(qǐng)珍惜最后的修改機(jī)會(huì)”，嚇得我不輕，還等著畢業(yè)。555，請(qǐng)高人不吝賜教！ the authors claim that energy for interaction energy between tyrosine and dG (nucleotide) increased from 6.2 kcal/mol to 12.5 kcal/mol after equilibrium and dynamic simulation. This corresponds to a deltadelta G of are greater than 6 kcal/mol, a value that is far too high for simple H-bonds or even a single electrostatic interaction. I do not believe this number has any real meaning. The authors must explain this in better detail. How is this caused by "enhanced electrostatic energy"? 這段話的意思是我計(jì)算得出的氫鍵能量審稿人覺(jué)得太高了嗎？ 6kcal/mol，相當(dāng)于24kj/mol，我查了百度，在氫鍵鍵能的范圍啊 (12-25 kj/mol）。難道氫鍵鍵能范圍不是這個(gè)嗎？又如何解釋這個(gè)問(wèn)題呢？謝謝。 |
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- 幫忙看看如何回復(fù)審稿人意見(jiàn)，急�。。�
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itsok
金蟲(chóng) (小有名氣)
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zh1987hs: 金幣+3, 謝謝 2012-04-01 17:18:06
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zh1987hs: 金幣+3, 謝謝 2012-04-01 17:18:06
| 一般氫鍵鍵能范圍：O—H … :N （29 kJ/mol 或 6.9 kcal/mol）O—H … :O （21 kJ/mol 或 5.0 kcal/mol）N—H … :N （13 kJ/mol 或 3.1 kcal/mol）N—H … :O （8 kJ/mol 或 1.9 kcal/mol）；如果是氨基酸，應(yīng)該是很高了，似乎文章中還提到了'靜電作用的增強(qiáng)"，如果可以解釋氫鍵對(duì)靜電作用的影響或許可以。希望對(duì)你有幫助。 |
3樓2012-03-30 18:21:36
2樓2012-03-30 13:14:43
tuwenwuguan
新蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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感謝樓上兩位的回復(fù)。我試著這樣回復(fù)如下： The interaction energy between tyrosine and nucleotide was not constant and there existed a variation. For example, At the beginning of the MD simulation, the interaction energy fluctuated from 6 kcal/mol to 7.3 kcal/mol; at the end of MD, this interaction energy fluctuated from 11.3 kcal/mol to 12.5 kcal/mol. To emphasize the increase of the interaction energy during the MD process, we chose 6.2 kcal/mol and 12.5 kcal/mol at the beginning/end of MD, but the actual change of the interaction energy should be less obvious. In the present manuscript, we added the standard deviation when the interaction energy was analyzed. Furthermore, it has been reported that the hydrogen bond energy is about 23.3 kj/mol (5.6 kcal/mol)， Therefore, basically the H-bond energy between tyrosine and nucleotide is reasonable. 大家覺(jué)得是否妥當(dāng)？ |
4樓2012-03-31 12:43:33
伶仃未了
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5樓2012-03-31 16:45:01
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