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VASP XCrysDenPWscf 單機安裝教程(linux) 已有6人參與
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半個晚上加上今天下午兩個小時，終于成功搞定了單機安裝 vasp.4.6.28，記錄一下。 本文以 vasp.4.6.tar.gz vasp.4.lib.tar.gz 為例; 由于vasp是商業(yè)版本，所以不提供下載。 操作系統(tǒng)是 Arch Linux(更新至20080915)，并在 ubuntu-8.04.1-desktop-i386 上測試成功，ubuntu中依賴請看ubuntu附注 mathlib 選擇 atlas; Fortran 編譯器使用intel非商業(yè)版的 ifort ; C++ 編譯器使用 g++ ; 不加說明的話，都是以普通用戶操作，如需root權(quán)限，則使用 sudo 命令。 關于VASP的介紹（跳過介紹）： VASP是使用贗勢和平面波基組，進行第一定律分子動力學計算的軟件包。VASP中的方法基于有限溫度下的局域密度近似（用自由能作為變量）以及對每一MD步驟用有效矩陣對角方案和有效Pulay混合求解瞬時電子基態(tài)。這些技術可以避免原始的Car-Parrinello方法存在的一切問題，而后者是基于電子、離子運動方程同時積分的方法。離子和電子的相互作用超緩Vanderbilt贗勢(US-PP)或投影擴充波(PAW)方法描述。兩種技術都可以相當程度地減少過渡金屬或第一行元素的每個原子所必需的平面波數(shù)量。力與張量可以用VASP很容易地計算，用于把原子衰減到其瞬時基態(tài)中。 性質(zhì)： 以平面波為基礎的自洽贗勢積分方法； 超軟贗勢； 最新引用Blochl的全電子投影擴張波（PAW）方法，覆蓋了周期表中的所有元素； 局域密度近似（LDA）和廣義梯度近似（GGA)； 旋轉(zhuǎn)限制和旋轉(zhuǎn)極化； 應用到塊狀體系、表面和界面； 總能量，力場和全壓力張量； 格參數(shù)和原子位置的同時松弛； 從頭分子動力學； 產(chǎn)生 Monkhorst-Pack特殊K點； 設計定位，旋轉(zhuǎn)和局域波的態(tài)密度； 費米水平的部分態(tài)密度； 電荷密度旋轉(zhuǎn)密度； 軌道和軌道密度。 操作平臺: Linux/Unix -> 安裝過程 <- 1. 首先，安裝依賴和 g++ 編譯器 user@~$ sudo pacman -S base-devel libstdc++5 Ubuntu用戶使用以下命令 user@~$ sudo apt-get install build-essential user@~$ sudo apt-get install libstdc++5 2. 到Intel的官網(wǎng)上下載非商業(yè)版的 Intel® Fortran Compiler for Linux, 這里我使用的是 10.1.018 版; 解壓安裝（為了清理方便，解壓后都在/tmp目錄下） user@~$ tar -xvf l_fc_p_10.1.018.tar.gz -C /tmp/ user@~$ cd /tmp/l_fc_p_10.1.018/ 運行安裝腳本 user@/tmp/l_fc_p_10.1.018$ sudo sh install.sh 之后會出現(xiàn)安裝選項，選1 ; 接下來問你通過’序列號網(wǎng)絡認證，還是用 ‘.lic’ 文件認證; 我已經(jīng)下了認證文件，所以選2后填寫認證文件的路徑; 因為Arch Linux不在支持的系統(tǒng)之列，它會問你是否安裝不支持的版本，yes就可; 默認還是高級安裝， 選1 默認; 一路回車， 到達接受條款那里，填 accpet ; 選擇安裝目錄，回車默認（/opt/intel/） ; 安裝完畢！ 設置環(huán)境變量 user@~$ source /opt/intel/fc/10.1.018/bin/ifortvars.sh 這個是零時解決辦法，應該把 ifortvars.sh 腳本中的內(nèi)容加入 /etc/profile 文件中。 3. 到ATLAS的網(wǎng)頁下載數(shù)學庫[ mathlib ] http://www.netlib.org/atlas/archives/linux/ 根據(jù)CPU選擇源文件，我的CPU是Athlon64 3000, 操作系統(tǒng)是x86的, 選擇 atlas3.4.1_Linux_ATHLON.tgz ; 千萬別選錯數(shù)學庫，不然打死你也完不成編譯; 把數(shù)學庫解壓到/opt/目錄下( 和ifort同目錄，方便管理 )， user@~$ sudo tar -xvf atlas3.4.1_Linux_ATHLON.tgz -C /opt/ 如果并行編譯的話，到 http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpich2/ 下載mpich2, 這不在本文討論的范圍之內(nèi)。 4. 安裝VASP 4.6 解壓 vasp 和 vasp-lib user@~$ tar -xvf vasp.4.lib.tar.gz -C /tmp/ user@~$ tar -xvf vasp.4.6.tar.gz -C /tmp/ 上面的命令將把vasp和lib解壓到 /tmp/ 目錄下的 vasp.4.lib 目錄和 vasp.4.6 目錄; 編譯 vasp.4.lib, ────> 進入源碼目錄，根據(jù)CPU和編譯器選擇makefile文件，并修改編譯命令 user@~$ cd /tmp/vasp.4.lib/ user@/tmp/vasp.4.lib$ vim makefile.linux_ifc_ath # 19行 FC=ifc ， 改為 FC=ifort user@/tmp/vasp.4.lib$ make -f makefile.linux_ifc_ath # 編譯獲得 libdmy.a 如果遇到 “ifort: error #10001: could not find directory in which g++ resides”, 則設置環(huán)境變量 export LC_ALL=C 提示libdmy.a文件是最新，則刪除已編譯的文件 rm ×.o 編譯 vasp.4.6, ────> 進入源碼目錄，根據(jù)CPU和編譯器選擇makefile文件，并修改編譯命令 user@~$ cd /tmp/vasp.4.6/ user@/tmp/vasp.4.6$ vim makefile.linux_ifc_ath # 50行 FC=ifc ， 改為 FC=ifort # 修改atlas數(shù)學庫的路徑 # 102行 改為 ATLASHOME= /opt/Linux_ATHLON/lib # 把330行之后的參數(shù) ‘-e95′ 全部刪除，然后編譯 user@/tmp/vasp.4.lib$ make -f makefile.linux_ifc_ath 不刪除參數(shù) ‘-e95′ 會出現(xiàn)ERROR: “The computed GOTO statement is an obsolescent feature in Fortran 95.” ; GOTO似乎是 Fortran 95 廢棄的語法，5.0版應該會改正; “-e95″ 參數(shù)會把F95編譯F77程式碼產(chǎn)生的警告(warning)改成錯誤(error)型式輸出，造成編譯強迫停止無法忽略跳過！ 5. 拷貝vasp可執(zhí)行文件到 PATH 中 user@/tmp/vasp.4.lib$ sudo cp ./vasp /usr/bin/ 以后直接可以把vasp當普通命令用了。 -=全文完=- [ Last edited by gkf高 on 2012-4-4 at 22:18 ] |
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linux下安裝PWscf軟件 quantum-espresso（原先叫pwscf）十分容易安裝，至少比同類的CPMD, cp2k容易多了，作為一個后起之秀，解決了很多前一代軟件安裝上的問題。 首先我假定你有一臺AMD多核（4核或6核）的臺式機，i7-6核更好；當然最好的是1280核的cluster神碼的；其次，必須裝Linux, 沒聽說過在windows下跑quantum-espresso的，就像火車必須上火車道。火車不是不能在大馬路上跑，只是那樣不叫一個事兒；如果你不會Linux操作，現(xiàn)學，單機裝Ubuntu，上手很快的；如果你從來沒裝過，馬上請周圍懂Linux的朋友20分鐘即可裝好Ubuntu，再學一些基本命令行操作；千萬不能被一些本來很容易辦到的事情嚇住，對吧。 安裝過程大致是這樣的，1.下載；2.解壓；3.編譯；4.測試一步一步來，沒有搞不成的； 1.下載 這里我教個更簡單的下載方法，打開Ubuntu linux命令行終端窗口terminal， 在Linux 命令提示符$或>后面輸入： $wget http://qe-forge.org/fr ... -4.3.2.tar.gz $wget http://qe-forge.org/fr ... amples.tar.gz 如果提示找不到wget那就先安裝wget和curl。 Ubuntu Linux下: $ sudo apt-get install wget $ sudo apt-get install curl (運行測試會用到) 注意你打開終端窗口以后，當前目錄為/home/xxxx xxxx為你的用戶名。 2. 解壓 下載完后，輸入： $ tar zxfv espresso-4.3.2.tar.gz $ tar zxfv espresso-4.3.2-examples.tar.gz 解壓完成后會生成一個espresso-4.3.2的目錄， 進入 $ cd espresso-4.3.2 3. 串行編譯 編譯前先安裝gfortran $ sudo apt-get install build-essential gcc gfortran 然后自動配置 $ ./configure 然后編譯 $ make all （出去溜達10分鐘,再洗個澡，換件衣服） 然后就會在當前目錄下生成一個bin目錄，里面就是所有編譯好的可執(zhí)行文件，全部以.x結(jié)尾； 你要執(zhí)行它們，以pw.x為例，一般是： $ /home/xxxx/espresso-4.3.2/bin/pw.x < input.file > output.file (把input.file/output.file換成你的實際的輸入輸出文件名；) 為了不用每次都輸入pw.x前面的絕對路徑，可以把這個路徑加入到環(huán)境配置文件.bashrc中； .bashrc文件在用戶根目錄 “/home/xxxx”下面； $cd 就回到了； $ gedit .bashrc 在最下面加入一行 export PATH=$PATH:/home/xxxx/espresso-4.3.2/bin 保存關閉，然后source一下生效（每次開機會自動source，無須再次source） $ source .bashrc 配置好路徑后，每次調(diào)用pw.x直接 $ pw.x < input > output 即可 4. 測試 $ cd espresso-4.3.2/tests $ ./check-pw.x.j 這個用來測試是否全部功能正常，注意出錯提示； 一般來說，只要常用的pw.x ph.x功能正常，或者你用的功能正常就好；用不到功能出錯，沒必要去折騰； 運行全部examples $ cd .. 回到espresso-4.3.2下 $ cd examples $ ./run_all_examples 5. 并行編譯 先安裝并行編譯器和并行編譯庫openmpi, 最簡單的方法是打開Ubuntu的軟件中心，搜索openmpi然后點install會自動配置好的，超級easy； 否則手動 $ sudo apt-get install openmpi-bin 然后 $ ./configure $ make all 如果沒有錯誤，完成后在bin下得到并行版的pw.x等可執(zhí)行文件； 注意這樣會覆蓋掉之前安裝的串行版的pwscf； 執(zhí)行的話，一般是(假如用4個核來跑) $ mpirun -np 4 pw.x < input > output 效率大大提高！ 如果你在干凈的Ubuntu Linux下按照上述步驟，一般不會出錯；這得益于quantum espresso強大的自動配置 ./configure 會自動檢測當前是否有并行環(huán)境，是否安裝了數(shù)學庫lapack, FFT，如果沒找到，就自動調(diào)用自帶的庫（下載的壓縮文件中自動包含了�。┤绻惆惭b了intel編譯器，反而會更麻煩一些，因為openmpi自動與Ubuntu自帶的gfortran結(jié)合，而不與intel的ifort結(jié)合，導致intel并行編譯出錯；欲用openmpi+intel ifort/MKL，那就的卸掉openmpi，然后手動重新編譯intel版的openmpi，折騰。 并行版的測試與串行版類似，唯一不同點是運行./check-pw.x.j 和 ./run_all_examples之前，修改 espresso-4.3.2/examples目錄下面的environment_variables文件，把 #PARA_PREFIX="mpirun -np 2" PARA_PREFIX="" 修改成 PARA_PREFIX="mpirun -np 2" #PARA_PREFIX="" 把2換成你要并行的核數(shù)，比如4。 如果在configure或make all的過程出錯，這個很正常，也很難預料是什么樣的錯誤，那你可以來這里報告，或者去maillist上搜搜解決方法。一般你遇到的問題，都是別人遇到過上百次的； |
3樓2012-04-04 22:12:34
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系統(tǒng)是Ubuntu 10.04 linux下XCrysDen的安裝 準備軟件: 1.sudo apt-get install openbabel 2.sudo apt-get install imagemagick 3.sudo dpkg -i whirlgif_3.04-1_i386.deb 4.sudo apt-get install lpr 安裝命令 1.tar zxvf xc-1.4.1bin-linuxPC-static.tar.gz 2.cd XCrySDen-1.4.1bin-static/ ./xcConfigure.sh 3.reloginbashrc .~/.bashrc |
2樓2012-04-04 22:11:33
6樓2012-04-05 11:45:51
7樓2012-04-06 00:03:08
簡單回復
2012-04-04 22:19
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