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VASP XCrysDenPWscf 單機(jī)安裝教程(linux) 已有6人參與
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半個(gè)晚上加上今天下午兩個(gè)小時(shí)，終于成功搞定了單機(jī)安裝 vasp.4.6.28，記錄一下。 本文以 vasp.4.6.tar.gz vasp.4.lib.tar.gz 為例; 由于vasp是商業(yè)版本，所以不提供下載。 操作系統(tǒng)是 Arch Linux(更新至20080915)，并在 ubuntu-8.04.1-desktop-i386 上測(cè)試成功，ubuntu中依賴請(qǐng)看ubuntu附注 mathlib 選擇 atlas; Fortran 編譯器使用intel非商業(yè)版的 ifort ; C++ 編譯器使用 g++ ; 不加說(shuō)明的話，都是以普通用戶操作，如需root權(quán)限，則使用 sudo 命令。 關(guān)于VASP的介紹（跳過(guò)介紹）： VASP是使用贗勢(shì)和平面波基組，進(jìn)行第一定律分子動(dòng)力學(xué)計(jì)算的軟件包。VASP中的方法基于有限溫度下的局域密度近似（用自由能作為變量）以及對(duì)每一MD步驟用有效矩陣對(duì)角方案和有效Pulay混合求解瞬時(shí)電子基態(tài)。這些技術(shù)可以避免原始的Car-Parrinello方法存在的一切問(wèn)題，而后者是基于電子、離子運(yùn)動(dòng)方程同時(shí)積分的方法。離子和電子的相互作用超緩Vanderbilt贗勢(shì)(US-PP)或投影擴(kuò)充波(PAW)方法描述。兩種技術(shù)都可以相當(dāng)程度地減少過(guò)渡金屬或第一行元素的每個(gè)原子所必需的平面波數(shù)量。力與張量可以用VASP很容易地計(jì)算，用于把原子衰減到其瞬時(shí)基態(tài)中。 性質(zhì)： 以平面波為基礎(chǔ)的自洽贗勢(shì)積分方法； 超軟贗勢(shì)； 最新引用Blochl的全電子投影擴(kuò)張波（PAW）方法，覆蓋了周期表中的所有元素； 局域密度近似（LDA）和廣義梯度近似（GGA)； 旋轉(zhuǎn)限制和旋轉(zhuǎn)極化； 應(yīng)用到塊狀體系、表面和界面； 總能量，力場(chǎng)和全壓力張量； 格參數(shù)和原子位置的同時(shí)松弛； 從頭分子動(dòng)力學(xué)； 產(chǎn)生 Monkhorst-Pack特殊K點(diǎn)； 設(shè)計(jì)定位，旋轉(zhuǎn)和局域波的態(tài)密度； 費(fèi)米水平的部分態(tài)密度； 電荷密度旋轉(zhuǎn)密度； 軌道和軌道密度。 操作平臺(tái): Linux/Unix -> 安裝過(guò)程 <- 1. 首先，安裝依賴和 g++ 編譯器 user@~$ sudo pacman -S base-devel libstdc++5 Ubuntu用戶使用以下命令 user@~$ sudo apt-get install build-essential user@~$ sudo apt-get install libstdc++5 2. 到Intel的官網(wǎng)上下載非商業(yè)版的 Intel® Fortran Compiler for Linux, 這里我使用的是 10.1.018 版; 解壓安裝（為了清理方便，解壓后都在/tmp目錄下） user@~$ tar -xvf l_fc_p_10.1.018.tar.gz -C /tmp/ user@~$ cd /tmp/l_fc_p_10.1.018/ 運(yùn)行安裝腳本 user@/tmp/l_fc_p_10.1.018$ sudo sh install.sh 之后會(huì)出現(xiàn)安裝選項(xiàng)，選1 ; 接下來(lái)問(wèn)你通過(guò)’序列號(hào)網(wǎng)絡(luò)認(rèn)證，還是用 ‘.lic’ 文件認(rèn)證; 我已經(jīng)下了認(rèn)證文件，所以選2后填寫認(rèn)證文件的路徑; 因?yàn)锳rch Linux不在支持的系統(tǒng)之列，它會(huì)問(wèn)你是否安裝不支持的版本，yes就可; 默認(rèn)還是高級(jí)安裝， 選1 默認(rèn); 一路回車， 到達(dá)接受條款那里，填 accpet ; 選擇安裝目錄，回車默認(rèn)（/opt/intel/） ; 安裝完畢！ 設(shè)置環(huán)境變量 user@~$ source /opt/intel/fc/10.1.018/bin/ifortvars.sh 這個(gè)是零時(shí)解決辦法，應(yīng)該把 ifortvars.sh 腳本中的內(nèi)容加入 /etc/profile 文件中。 3. 到ATLAS的網(wǎng)頁(yè)下載數(shù)學(xué)庫(kù)[ mathlib ] http://www.netlib.org/atlas/archives/linux/ 根據(jù)CPU選擇源文件，我的CPU是Athlon64 3000, 操作系統(tǒng)是x86的, 選擇 atlas3.4.1_Linux_ATHLON.tgz ; 千萬(wàn)別選錯(cuò)數(shù)學(xué)庫(kù)，不然打死你也完不成編譯; 把數(shù)學(xué)庫(kù)解壓到/opt/目錄下( 和ifort同目錄，方便管理 )， user@~$ sudo tar -xvf atlas3.4.1_Linux_ATHLON.tgz -C /opt/ 如果并行編譯的話，到 http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpich2/ 下載mpich2, 這不在本文討論的范圍之內(nèi)。 4. 安裝VASP 4.6 解壓 vasp 和 vasp-lib user@~$ tar -xvf vasp.4.lib.tar.gz -C /tmp/ user@~$ tar -xvf vasp.4.6.tar.gz -C /tmp/ 上面的命令將把vasp和lib解壓到 /tmp/ 目錄下的 vasp.4.lib 目錄和 vasp.4.6 目錄; 編譯 vasp.4.lib, ────> 進(jìn)入源碼目錄，根據(jù)CPU和編譯器選擇makefile文件，并修改編譯命令 user@~$ cd /tmp/vasp.4.lib/ user@/tmp/vasp.4.lib$ vim makefile.linux_ifc_ath # 19行 FC=ifc ， 改為 FC=ifort user@/tmp/vasp.4.lib$ make -f makefile.linux_ifc_ath # 編譯獲得 libdmy.a 如果遇到 “ifort: error #10001: could not find directory in which g++ resides”, 則設(shè)置環(huán)境變量 export LC_ALL=C 提示libdmy.a文件是最新，則刪除已編譯的文件 rm ×.o 編譯 vasp.4.6, ────> 進(jìn)入源碼目錄，根據(jù)CPU和編譯器選擇makefile文件，并修改編譯命令 user@~$ cd /tmp/vasp.4.6/ user@/tmp/vasp.4.6$ vim makefile.linux_ifc_ath # 50行 FC=ifc ， 改為 FC=ifort # 修改atlas數(shù)學(xué)庫(kù)的路徑 # 102行 改為 ATLASHOME= /opt/Linux_ATHLON/lib # 把330行之后的參數(shù) ‘-e95′ 全部刪除，然后編譯 user@/tmp/vasp.4.lib$ make -f makefile.linux_ifc_ath 不刪除參數(shù) ‘-e95′ 會(huì)出現(xiàn)ERROR: “The computed GOTO statement is an obsolescent feature in Fortran 95.” ; GOTO似乎是 Fortran 95 廢棄的語(yǔ)法，5.0版應(yīng)該會(huì)改正; “-e95″ 參數(shù)會(huì)把F95編譯F77程式碼產(chǎn)生的警告(warning)改成錯(cuò)誤(error)型式輸出，造成編譯強(qiáng)迫停止無(wú)法忽略跳過(guò)！ 5. 拷貝vasp可執(zhí)行文件到 PATH 中 user@/tmp/vasp.4.lib$ sudo cp ./vasp /usr/bin/ 以后直接可以把vasp當(dāng)普通命令用了。 -=全文完=- [ Last edited by gkf高 on 2012-4-4 at 22:18 ] |
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7樓2012-04-06 00:03:08
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系統(tǒng)是Ubuntu 10.04 linux下XCrysDen的安裝 準(zhǔn)備軟件: 1.sudo apt-get install openbabel 2.sudo apt-get install imagemagick 3.sudo dpkg -i whirlgif_3.04-1_i386.deb 4.sudo apt-get install lpr 安裝命令 1.tar zxvf xc-1.4.1bin-linuxPC-static.tar.gz 2.cd XCrySDen-1.4.1bin-static/ ./xcConfigure.sh 3.reloginbashrc .~/.bashrc |
2樓2012-04-04 22:11:33
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linux下安裝PWscf軟件 quantum-espresso（原先叫pwscf）十分容易安裝，至少比同類的CPMD, cp2k容易多了，作為一個(gè)后起之秀，解決了很多前一代軟件安裝上的問(wèn)題。 首先我假定你有一臺(tái)AMD多核（4核或6核）的臺(tái)式機(jī)，i7-6核更好；當(dāng)然最好的是1280核的cluster神碼的；其次，必須裝Linux, 沒聽說(shuō)過(guò)在windows下跑quantum-espresso的，就像火車必須上火車道�；疖嚥皇遣荒茉诖篑R路上跑，只是那樣不叫一個(gè)事兒；如果你不會(huì)Linux操作，現(xiàn)學(xué)，單機(jī)裝Ubuntu，上手很快的；如果你從來(lái)沒裝過(guò)，馬上請(qǐng)周圍懂Linux的朋友20分鐘即可裝好Ubuntu，再學(xué)一些基本命令行操作；千萬(wàn)不能被一些本來(lái)很容易辦到的事情嚇住，對(duì)吧。 安裝過(guò)程大致是這樣的，1.下載；2.解壓；3.編譯；4.測(cè)試一步一步來(lái)，沒有搞不成的； 1.下載 這里我教個(gè)更簡(jiǎn)單的下載方法，打開Ubuntu linux命令行終端窗口terminal， 在Linux 命令提示符$或>后面輸入： $wget http://qe-forge.org/fr ... -4.3.2.tar.gz $wget http://qe-forge.org/fr ... amples.tar.gz 如果提示找不到wget那就先安裝wget和curl。 Ubuntu Linux下: $ sudo apt-get install wget $ sudo apt-get install curl (運(yùn)行測(cè)試會(huì)用到) 注意你打開終端窗口以后，當(dāng)前目錄為/home/xxxx xxxx為你的用戶名。 2. 解壓 下載完后，輸入： $ tar zxfv espresso-4.3.2.tar.gz $ tar zxfv espresso-4.3.2-examples.tar.gz 解壓完成后會(huì)生成一個(gè)espresso-4.3.2的目錄， 進(jìn)入 $ cd espresso-4.3.2 3. 串行編譯 編譯前先安裝gfortran $ sudo apt-get install build-essential gcc gfortran 然后自動(dòng)配置 $ ./configure 然后編譯 $ make all （出去溜達(dá)10分鐘,再洗個(gè)澡，換件衣服） 然后就會(huì)在當(dāng)前目錄下生成一個(gè)bin目錄，里面就是所有編譯好的可執(zhí)行文件，全部以.x結(jié)尾； 你要執(zhí)行它們，以pw.x為例，一般是： $ /home/xxxx/espresso-4.3.2/bin/pw.x < input.file > output.file (把input.file/output.file換成你的實(shí)際的輸入輸出文件名；) 為了不用每次都輸入pw.x前面的絕對(duì)路徑，可以把這個(gè)路徑加入到環(huán)境配置文件.bashrc中； .bashrc文件在用戶根目錄 “/home/xxxx”下面； $cd 就回到了； $ gedit .bashrc 在最下面加入一行 export PATH=$PATH:/home/xxxx/espresso-4.3.2/bin 保存關(guān)閉，然后source一下生效（每次開機(jī)會(huì)自動(dòng)source，無(wú)須再次source） $ source .bashrc 配置好路徑后，每次調(diào)用pw.x直接 $ pw.x < input > output 即可 4. 測(cè)試 $ cd espresso-4.3.2/tests $ ./check-pw.x.j 這個(gè)用來(lái)測(cè)試是否全部功能正常，注意出錯(cuò)提示； 一般來(lái)說(shuō)，只要常用的pw.x ph.x功能正常，或者你用的功能正常就好；用不到功能出錯(cuò)，沒必要去折騰； 運(yùn)行全部examples $ cd .. 回到espresso-4.3.2下 $ cd examples $ ./run_all_examples 5. 并行編譯 先安裝并行編譯器和并行編譯庫(kù)openmpi, 最簡(jiǎn)單的方法是打開Ubuntu的軟件中心，搜索openmpi然后點(diǎn)install會(huì)自動(dòng)配置好的，超級(jí)easy； 否則手動(dòng) $ sudo apt-get install openmpi-bin 然后 $ ./configure $ make all 如果沒有錯(cuò)誤，完成后在bin下得到并行版的pw.x等可執(zhí)行文件； 注意這樣會(huì)覆蓋掉之前安裝的串行版的pwscf； 執(zhí)行的話，一般是(假如用4個(gè)核來(lái)跑) $ mpirun -np 4 pw.x < input > output 效率大大提高！ 如果你在干凈的Ubuntu Linux下按照上述步驟，一般不會(huì)出錯(cuò)；這得益于quantum espresso強(qiáng)大的自動(dòng)配置 ./configure 會(huì)自動(dòng)檢測(cè)當(dāng)前是否有并行環(huán)境，是否安裝了數(shù)學(xué)庫(kù)lapack, FFT，如果沒找到，就自動(dòng)調(diào)用自帶的庫(kù)（下載的壓縮文件中自動(dòng)包含了�。┤绻惆惭b了intel編譯器，反而會(huì)更麻煩一些，因?yàn)閛penmpi自動(dòng)與Ubuntu自帶的gfortran結(jié)合，而不與intel的ifort結(jié)合，導(dǎo)致intel并行編譯出錯(cuò)；欲用openmpi+intel ifort/MKL，那就的卸掉openmpi，然后手動(dòng)重新編譯intel版的openmpi，折騰。 并行版的測(cè)試與串行版類似，唯一不同點(diǎn)是運(yùn)行./check-pw.x.j 和 ./run_all_examples之前，修改 espresso-4.3.2/examples目錄下面的environment_variables文件，把 #PARA_PREFIX="mpirun -np 2" PARA_PREFIX="" 修改成 PARA_PREFIX="mpirun -np 2" #PARA_PREFIX="" 把2換成你要并行的核數(shù)，比如4。 如果在configure或make all的過(guò)程出錯(cuò)，這個(gè)很正常，也很難預(yù)料是什么樣的錯(cuò)誤，那你可以來(lái)這里報(bào)告，或者去maillist上搜搜解決方法。一般你遇到的問(wèn)題，都是別人遇到過(guò)上百次的； |
3樓2012-04-04 22:12:34
6樓2012-04-05 11:45:51
簡(jiǎn)單回復(fù)
2012-04-04 22:19
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