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[交流] 酶切位點(diǎn)如果形成穩(wěn)定的a-helix，會不會影響蛋白酶切的效率？

酶切位點(diǎn)如果形成穩(wěn)定的a-helix，會不會影響蛋白酶切的效率？
也就是說酶切位點(diǎn)的二級結(jié)構(gòu)對于酶的效率有無影響？

[ Last edited by silicare on 2014-5-14 at 18:29 ]

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1樓 2012-04-10 12:36:39

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10樓: Originally posted by lybio at 2012-04-25 15:00:45:
樓主能不能分享下cell 文獻(xiàn)

Crystal Structures of a Formin Homology-2 Domain Reveal a Tethered Dimer Architecture
就這篇：）

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11樓2012-04-27 14:39:15

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zhixuec

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todd999(金幣+1): 謝謝參與

有影響但不會太大的

還是可以切的

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2樓2012-04-10 13:17:33

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2樓: Originally posted by zhixuec at 2012-04-10 13:17:33:
有影響但不會太大的

還是可以切的

相信我~

我看到一篇cell的文章，里面講有一個linker結(jié)構(gòu)域，文中使用了chymotrypsin和trypsin兩種酶來切。已經(jīng)知道這個linker結(jié)構(gòu)域沒有明顯的二級結(jié)構(gòu)。最后說了一句話：These sites would not be expected to be accessible to proteases if maintained in a stable helical conformation

這么說來，酶切位點(diǎn)不光是一級結(jié)構(gòu)起作用，二級結(jié)構(gòu)的影響也很大？

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3樓2012-04-10 13:23:51

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3樓: Originally posted by todd999 at 2012-04-10 13:23:51:
我看到一篇cell的文章，里面講有一個linker結(jié)構(gòu)域，文中使用了chymotrypsin和trypsin兩種酶來切。已經(jīng)知道這個linker結(jié)構(gòu)域沒有明顯的二級結(jié)構(gòu)。最后說了一句話：These sites would not be expected to be acces ...

最近連接表達(dá)載體，總是切不好，是不是這個原因呢，值得考慮

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4樓2012-04-10 14:15:36

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4樓: Originally posted by junxiao0320 at 2012-04-10 14:15:36:
最近連接表達(dá)載體，總是切不好，是不是這個原因呢，值得考慮

表達(dá)載體不是蛋白��？

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5樓2012-04-10 20:45:07

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5樓: Originally posted by todd999 at 2012-04-10 20:45:07:
表達(dá)載體不是蛋白��？

很容易理解成為基因克隆里的酶切，hehe~

按我的理解吧，如果是蛋白折疊好之前的酶切，那可能與二級或者三級結(jié)構(gòu)關(guān)系不大；
但如果，某蛋白酶的底物是已經(jīng)折疊好的蛋白，那么它的識別位點(diǎn)肯定要受二級結(jié)構(gòu)甚至三級結(jié)構(gòu)影響了。

舉個例子，假設(shè)某蛋白酶的識別序列是XOXO，而該序列不僅分布在分子表面位點(diǎn)A，也分布于包埋的疏水內(nèi)部B，那么結(jié)果可能是只有A被識別，而B就是inaccessible了。

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6樓2012-04-12 22:27:26

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6樓: Originally posted by 米菲的旋律 at 2012-04-12 22:27:26:
很容易理解成為基因克隆里的酶切，hehe~

按我的理解吧，如果是蛋白折疊好之前的酶切，那可能與二級或者三級結(jié)構(gòu)關(guān)系不大；
但如果，某蛋白酶的底物是已經(jīng)折疊好的蛋白，那么它的識別位點(diǎn)肯定要受二級結(jié)構(gòu)甚至 ...

對啊，感覺這個問題應(yīng)該挺基礎(chǔ)，而且經(jīng)常會遇到，但是卻搜不到滿意的答案，奇怪。。。

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7樓2012-04-13 00:43:35

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做了挺多個蛋白，設(shè)計(jì)同樣的蛋白酶切位點(diǎn)，用同一批次的蛋白酶，有的切的很好，有的效率低，有的切不動，有的亂切。亂切可以理解為有些蛋白酶專一性比較差導(dǎo)致，其他的可能是跟蛋白的高級結(jié)構(gòu)有關(guān)

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8樓2012-04-25 14:57:57

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2樓: Originally posted by zhixuec at 2012-04-10 13:17:33:
有影響但不會太大的

還是可以切的

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樓主能不能分享下這篇文獻(xiàn)？

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9樓2012-04-25 15:00:02

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10樓2012-04-25 15:00:45

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6樓: Originally posted by 米菲的旋律 at 2012-04-12 22:27:26
很容易理解成為基因克隆里的酶切，hehe~

按我的理解吧，如果是蛋白折疊好之前的酶切，那可能與二級或者三級結(jié)構(gòu)關(guān)系不大；
但如果，某蛋白酶的底物是已經(jīng)折疊好的蛋白，那么它的識別位點(diǎn)肯定要受二級結(jié)構(gòu)甚至三 ...

有相關(guān)文獻(xiàn)嗎,求

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12樓2014-05-14 14:12:31

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(⊙o⊙)…蛋白酶去切蛋白分子的時候，酶切位點(diǎn)一定是暴露在表面才可能進(jìn)入活性中心的底物口袋。但是你的酶切環(huán)境直接影響了蛋白的結(jié)構(gòu)，是否松散，是否可及。不然就不會有最適的PH ，最適溫度，最適鹽離子濃度之說了~

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13樓2014-06-12 18:08:33

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