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[求助]
amber怎么更改計算的CPU設(shè)置？
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| 我打算在集群上計算AMBER，但是默認(rèn)的是一個CPU，如何更改才能設(shè)置成2個CPU呢？ |
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liyincumt
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2樓2012-04-18 21:41:07
3樓2012-04-19 08:45:03
ctiehua 
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4樓2012-04-19 08:47:43
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chaizhm: 金幣+3, 謝謝~ 2012-04-20 15:57:31
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不好意思，如果樓主是運行AMBER/ADF時，可以加上num_threads關(guān)鍵詞來設(shè)置計算的CPU。 不知道樓主用的是什么Linux,在Ubuntu下，需要安裝MPI。 以下為轉(zhuǎn)帖： 下載openmpi, 我用的是openmpi-1.3.2.tar.gz, 解壓到 /usr/local 進入目錄，配置sudo ./onfigure –prefix=/opt/openmpi sudo make sudo make install .bashrc中設(shè)置環(huán)境變量 export MPI_HOME=/opt/openmpi export PATH=$PATH:$MPI_HOME/bin export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$MPI_HOME/lib cd $AMBERHOME/src make clean ./configure_amber -openmpi gfortran make parallel完了后生成sander.MPI done! |
5樓2012-04-19 21:07:39
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8樓2012-04-20 15:39:06
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zh1987hs: 金幣+4, 謝謝 2012-04-20 16:02:26
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zh1987hs: 金幣+4, 謝謝 2012-04-20 16:02:26
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如果是已經(jīng)make parallel了，接下來設(shè)置并行環(huán)境的時候，用以下語句： cd $AMBERHOME/test setenv DO_PARALLEL ’mpirun -np 4’ make test.parallel.MM < /dev/null 其中的4表示用4個CPU。在有些系統(tǒng)中，語句也可能是mpiexec -np 4。 請樓主參考： http://archive.ambermd.org/200809/0233.html AMBER10.PDF |
9樓2012-04-20 16:00:35
10樓2012-04-20 16:00:59
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