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1樓 2012-04-22 12:16:55

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★ ★
chaizhm: 金幣+2, 謝謝~ 2012-04-23 10:33:25
sunhao123: 回帖置頂 2012-04-23 15:01:46

操作情況不明，不好判斷。有時(shí)候是力場(chǎng)選擇，有時(shí)候是非鍵合力選取不對(duì)

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2樓2012-04-23 10:05:29

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
sunhao123: 金幣+5, 謝謝 2012-04-23 16:50:10
jiaoyixiong: 金幣+1, 鼓勵(lì)交流 2012-04-24 00:12:03

引用回帖:

3樓: Originally posted by sunhao123 at 2012-04-23 15:01:55:
麻煩問(wèn)下，我是建立苯乙烯-二乙烯苯的聚合物，運(yùn)用的是random polymer，鏈長(zhǎng)76，可能性分別為0.9和0.1。
首先是運(yùn)用forcite進(jìn)行的結(jié)構(gòu)優(yōu)化，力場(chǎng)是compass，加和方法是atom based，其余為缺省值。
優(yōu)化完后便運(yùn) ...

文獻(xiàn)中的力場(chǎng)時(shí)選擇COMPASS么？你換個(gè)力場(chǎng)試試，同時(shí)注意換力場(chǎng)后，加和方法也調(diào)下。具體怎么調(diào)我也不太清楚，只能憑經(jīng)驗(yàn)了。你用Forcite優(yōu)化完后，先看下結(jié)果文件，看里面有沒(méi)有提示。有時(shí)候雖然運(yùn)行成功，但是有些參數(shù)并不能正確計(jì)算。我就遇到過(guò)這種情況

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4樓2012-04-23 16:28:35

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
sunhao123: 金幣+5, 謝謝 2012-04-23 16:51:23
zh1987hs: 金幣+2, 謝謝 2012-04-23 18:35:48

引用回帖:

貌似聚合物選其他力場(chǎng)會(huì)好點(diǎn)，我現(xiàn)在只做小有機(jī)分子的模擬，用COMPASS可以，但是很多聚合物的力場(chǎng)選擇會(huì)不一樣，建議參考文獻(xiàn)

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5樓2012-04-23 16:29:54

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6樓2012-04-23 16:57:45

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
zh1987hs: 金幣+2, 謝謝 2012-04-23 18:35:40
sunhao123: 金幣+5 2012-04-23 21:18:24

引用回帖:

6樓: Originally posted by sunhao123 at 2012-04-23 16:57:45:
文獻(xiàn)中沒(méi)人做這個(gè)聚合物，看了別的聚合物，采用的是他們用的參數(shù)。
那用Forcite優(yōu)化完后，還有必要在用Discover經(jīng)行能量最小化嗎？以及進(jìn)行退火處理嗎？能說(shuō)下對(duì)聚合物優(yōu)化的先后步驟嗎？
期待您的回答！

干嘛forcite優(yōu)化后還用Discover優(yōu)化？?jī)蓚€(gè)模塊的優(yōu)化原理不一樣。得到的結(jié)果也會(huì)不同。如果一直用Discover模塊，就建議用Discover來(lái)優(yōu)化。我沒(méi)做過(guò)退火方面的分子模擬，貌似論壇里有寫蟲子做過(guò)，可以看到相關(guān)帖子后，向他們請(qǐng)教。

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7樓2012-04-23 17:16:35

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8樓2012-04-23 21:21:19

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引用回帖:

8樓: Originally posted by sunhao123 at 2012-04-23 21:21:19:
我看文獻(xiàn)中就直接寫著應(yīng)用Forcite和Discover 模塊對(duì)聚合物經(jīng)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化，我也搞不懂，每個(gè)人優(yōu)化的方式都不一樣，也不知道哪個(gè)比較適合聚合物？

多看外文文獻(xiàn)吧，看別人是怎么選的。參照著來(lái)吧

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9樓2012-04-24 02:07:43

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lihui200707

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引用回帖:

9樓: Originally posted by caijj09 at 2012-04-24 02:07:43
多看外文文獻(xiàn)吧，看別人是怎么選的。參照著來(lái)吧...

我也遇到同樣的問(wèn)題，用Amorphous cell建晶胞時(shí)提示出錯(cuò)，我是建的雙酚A環(huán)氧樹(shù)脂，不成功。但我用同樣的步奏建別的聚合物是成功的，不知道怎么回事，應(yīng)該怎么解決

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10樓2012-07-14 21:47:05

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