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[交流]
關(guān)于fix nvt里的Tdamp
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請(qǐng)問一下大家，lammps的fix nvt里面的tdamp該怎么選取比較合適？ manual說最好是timestep的100倍左右。今天我進(jìn)行多核并行模擬（試過6核、4核）的時(shí)候，設(shè)置步長(zhǎng)為0.0005ps（units是metal，步長(zhǎng)要設(shè)置成0.5fs，所以寫0.0005），tdamp我設(shè)置為0.05，但run一些steps之后程序突然中止，tdamp改成0.1的話，run的步數(shù)正好是之前的兩倍，隨后也中止跳出。。。 請(qǐng)教論壇里的大牛tdamp到底應(yīng)該怎么設(shè)置，對(duì)并行運(yùn)算也會(huì)有影響嗎？單核計(jì)算的話就不會(huì)出現(xiàn)這個(gè)問題，但單核實(shí)在太慢了。。。 |
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小木蟲: 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
zh1987hs: 金幣+2, 謝謝 2012-04-25 18:23:55
小木蟲: 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
zh1987hs: 金幣+2, 謝謝 2012-04-25 18:23:55
| 我也遇見過類似問題，但是tdamp和pdamp你只可以理解為約束溫度和壓力的頻率，越小當(dāng)然越頻繁�！癆PPLICATION TERMINATED WITH THE EXIT STRING: Hangup (signal 1)"我是經(jīng)常見到的……根據(jù)經(jīng)驗(yàn)性的來吧……一般來說tdamp設(shè)大一些，比如步長(zhǎng)的1000倍也能控溫不錯(cuò)，tdamp設(shè)為500倍？你試試…… |
7樓2012-04-25 17:22:47
2樓2012-04-24 08:04:43
|
[proxy:0:0@lammps] HYDT_dmxu_poll_wait_for_event (./tools/demux/demux_poll.c:70): assert (!(pollfds.revents & ~POLLIN & ~POLLOUT & ~POLLHUP)) failed [proxy:0:0@lammps] main (./pm/pmiserv/pmip.c:225): demux engine error waiting for event [mpiexec@lammps] HYDT_bscu_wait_for_completion (./tools/bootstrap/utils/bscu_wait.c:99): one of the processes terminated badly; aborting [mpiexec@lammps] HYDT_bsci_wait_for_completion (./tools/bootstrap/src/bsci_wait.c:18): bootstrap device returned error waiting for completion [mpiexec@lammps] HYD_pmci_wait_for_completion (./pm/pmiserv/pmiserv_pmci.c:352): bootstrap server returned error waiting for completion [mpiexec@lammps] main (./ui/mpich/mpiexec.c:302): process manager error waiting for completion 這是今天報(bào)錯(cuò)的內(nèi)容，我昨晚把tdamp改成0.025。。。運(yùn)行中止。�！，F(xiàn)在簡(jiǎn)直是盲人摸象的感覺啊 |
3樓2012-04-24 13:26:06
|
Memory usage per processor = 2.39259 Mbytes Step Temp E_pair E_mol TotEng Press 80150 278.46674 -705.38902 0 -700.92569 -19142.026 85000 353.46293 -704.73979 0 -699.07439 -16120.99 …… …… 180000 891.91995 -710.80657 0 -696.51064 -27161.183 185000 823.79471 -708.93996 0 -695.73597 -9021.5055 APPLICATION TERMINATED WITH THE EXIT STRING: Hangup (signal 1) 這是主題貼沒寫上去的報(bào)錯(cuò)的內(nèi)容。。。只有一行而已，前面是thermo的內(nèi)容。。。只算了10萬步而已。。上一條回復(fù)是昨晚后來修改tdamp以后新的報(bào)錯(cuò)。。。  |
4樓2012-04-24 14:13:34
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