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linyusuc銀蟲 (小有名氣)
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[求助]
分子模擬中體系勢能和總能量為很大的正值
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| 請教各位大俠，我在進(jìn)行體系的模擬的時候，遇到的問題是模擬體系的勢能和總能量是很大的正值，但是按照我們一般的常識，分子體系應(yīng)該是處于勢能較小的位置吧，這到底是什么原因呢，如何進(jìn)行解決呢？另外在進(jìn)行分子模擬的時候，進(jìn)行溫度計(jì)算的時候，為什么是3n-3，去掉的那三個自由度是哪三個呢，為什么要進(jìn)行去除呢，不是很理解，還望指點(diǎn)迷津！ |
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2樓2013-11-29 10:32:00
cg陳
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【答案】應(yīng)助回帖
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1.計(jì)算分子動力模擬系統(tǒng)功能的平均值可以得到系統(tǒng)的溫度，即: T=<2k>/f 式中，K 為功能;T 為溫度;f 為系統(tǒng)的自由度。對含有N 個原子的系統(tǒng)，每個原子具有3 個移動自由度，但因?yàn)橄到y(tǒng)的動量守恒，故須減去3 個自由度，故系統(tǒng)的總自由度為f=3N-3 。若系統(tǒng)加入限制條件，則每個限制減少一個自由度。 2.我認(rèn)為體系的結(jié)構(gòu)仍然不是最優(yōu)的，需要進(jìn)一步能量最小化。 |
3樓2013-11-29 14:28:51
linyusuc
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7樓2013-12-02 11:35:17
linyusuc
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9樓2013-12-02 16:30:04
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