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linyusuc銀蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
分子模擬中體系勢(shì)能和總能量為很大的正值
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| 請(qǐng)教各位大俠，我在進(jìn)行體系的模擬的時(shí)候，遇到的問(wèn)題是模擬體系的勢(shì)能和總能量是很大的正值，但是按照我們一般的常識(shí)，分子體系應(yīng)該是處于勢(shì)能較小的位置吧，這到底是什么原因呢，如何進(jìn)行解決呢？另外在進(jìn)行分子模擬的時(shí)候，進(jìn)行溫度計(jì)算的時(shí)候，為什么是3n-3，去掉的那三個(gè)自由度是哪三個(gè)呢，為什么要進(jìn)行去除呢，不是很理解，還望指點(diǎn)迷津！ |
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cg陳
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【答案】應(yīng)助回帖
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linyusuc: 金幣+3, ★★★很有幫助, 謝謝您的積極幫助 2013-11-30 08:13:10
月只藍(lán): 金幣+3, 感謝指導(dǎo)！ 2013-11-30 10:17:30
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1.計(jì)算分子動(dòng)力模擬系統(tǒng)功能的平均值可以得到系統(tǒng)的溫度，即: T=<2k>/f 式中，K 為功能;T 為溫度;f 為系統(tǒng)的自由度。對(duì)含有N 個(gè)原子的系統(tǒng)，每個(gè)原子具有3 個(gè)移動(dòng)自由度，但因?yàn)橄到y(tǒng)的動(dòng)量守恒，故須減去3 個(gè)自由度，故系統(tǒng)的總自由度為f=3N-3 。若系統(tǒng)加入限制條件，則每個(gè)限制減少一個(gè)自由度。 2.我認(rèn)為體系的結(jié)構(gòu)仍然不是最優(yōu)的，需要進(jìn)一步能量最小化。 |
3樓2013-11-29 14:28:51
sciencejoy
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4樓2013-11-30 08:14:56
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【答案】應(yīng)助回帖
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1.力場(chǎng)參數(shù)的設(shè)定最好根據(jù)前人的文獻(xiàn)，例如是否有現(xiàn)存的適合你的體系力場(chǎng)，或者根據(jù)文獻(xiàn)來(lái)擬合體系的力場(chǎng) 2.聚合物的初始構(gòu)型設(shè)計(jì)的要合理，例如是直線的還是蜷縮的，然后進(jìn)行動(dòng)力學(xué)退火，獲得指定溫度下最優(yōu)構(gòu)型。 |
5樓2013-11-30 14:41:36
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