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broken1999木蟲 (正式寫手)
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[求助]
NAMD軟件在代碼層面上是如何計(jì)算蛋白質(zhì)勢(shì)能的？
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NAMD軟件 CHARMM力場 蛋白質(zhì)勢(shì)能的計(jì)算是進(jìn)行能量最小化的基礎(chǔ) 想深入軟件代碼層面，完全掌握它的計(jì)算過程 查過資料，知道勢(shì)能由以下幾部分組成：鍵伸縮能bond stretching、鍵角彎曲能angle bending、二面角扭曲能torsion rotation、異常扭曲improper torsion、離平面彎曲Out-of –plane Bending、交叉項(xiàng)cross term、范德華相互作用能van der Waals interactions、靜電相互作用能electrostatic contributions幾部分組成 但是每個(gè)部分里面都涉及到好多參數(shù)，這些參數(shù)又取決于CHARMM力場 看過namdenergy.tcl的源代碼，惘然而無所得， 幾個(gè)問題各位大牛給予指導(dǎo) 1 NAMD是如何挑選合適的參數(shù)進(jìn)行對(duì)勢(shì)計(jì)算的 2 NAMD是否對(duì)運(yùn)算過程進(jìn)行過優(yōu)化或近似？難道它就窮舉所有原子對(duì)勢(shì)？ 3 有沒有哪本書，或者資料對(duì)NAMD勢(shì)能計(jì)算過程進(jìn)行過講解？ 求指點(diǎn) |
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1、參數(shù)自然是包括在CHARMM力場當(dāng)中的，你要先知道CHARMM力場的格式 2、NAMD只計(jì)算一定范圍內(nèi)的原子（如10A），長程靜電作用可以用一定的方法近似（如PME） 3、基本上任何關(guān)于分子模擬的書都會(huì)花幾頁講一下力場的。。。比如陳正隆的那本 |
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broken19992樓2013-05-21 14:29:43
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3樓2013-05-21 19:25:18
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4樓2013-05-22 10:34:13
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通過你給的原子類型定義 因?yàn)榱鍪峭ㄟ^定義一個(gè)原子類型 然后擬合其相關(guān)的各種參數(shù)來實(shí)現(xiàn)計(jì)算的 很簡單 就類似于一個(gè)表格 你在算一對(duì)兒原子作用的時(shí)候 分別查看他們的原子類型和他們的成鍵關(guān)系 然后加載力場參數(shù)去帶公式計(jì)算就好了 幾乎所有動(dòng)力學(xué)軟件都用拓?fù)湮募䜩肀４嬖宇愋秃统涉I關(guān)系的 軟件實(shí)現(xiàn)的細(xì)節(jié)會(huì)遠(yuǎn)比你想象的復(fù)雜 因?yàn)槠陂g有各種不同級(jí)別的算法的存在 包括并行化的代碼 直接看會(huì)不大容易理清其中的結(jié)構(gòu)的 |
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5樓2013-05-23 09:17:37
yaozhq
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broken1999: 金幣+10, ★★★很有幫助 2013-06-06 20:07:47
| NAMD的全名如果知道的話 你就不會(huì)問第二個(gè)問題了 對(duì)于求解大規(guī)模的動(dòng)力學(xué)模擬 優(yōu)化是必須的 而且程度非常高 最起碼并行化就需要調(diào)整通訊和計(jì)算 任務(wù)分配 調(diào)度匯總等等問題 而近似是動(dòng)力學(xué)天生的特性 在盡量保證精度和速度下 其實(shí)做了非常非常多的近似和簡化處理 要理解這個(gè)就去多看看力場和算法的書吧 保證顛覆你的現(xiàn)有完美主義想法 |
6樓2013-05-23 09:25:17
broken1999
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8樓2013-05-23 09:37:24
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