 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1902 | 回復(fù): 8 | ||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點(diǎn)擊這里查看本話題的所有回帖 | ||
broken1999木蟲(chóng) (正式寫手)
|
[求助]
NAMD軟件在代碼層面上是如何計(jì)算蛋白質(zhì)勢(shì)能的？
|
|
|
NAMD軟件 CHARMM力場(chǎng) 蛋白質(zhì)勢(shì)能的計(jì)算是進(jìn)行能量最小化的基礎(chǔ) 想深入軟件代碼層面，完全掌握它的計(jì)算過(guò)程 查過(guò)資料，知道勢(shì)能由以下幾部分組成：鍵伸縮能bond stretching、鍵角彎曲能angle bending、二面角扭曲能torsion rotation、異常扭曲improper torsion、離平面彎曲Out-of –plane Bending、交叉項(xiàng)cross term、范德華相互作用能van der Waals interactions、靜電相互作用能electrostatic contributions幾部分組成 但是每個(gè)部分里面都涉及到好多參數(shù)，這些參數(shù)又取決于CHARMM力場(chǎng) 看過(guò)namdenergy.tcl的源代碼，惘然而無(wú)所得， 幾個(gè)問(wèn)題各位大牛給予指導(dǎo) 1 NAMD是如何挑選合適的參數(shù)進(jìn)行對(duì)勢(shì)計(jì)算的 2 NAMD是否對(duì)運(yùn)算過(guò)程進(jìn)行過(guò)優(yōu)化或近似？難道它就窮舉所有原子對(duì)勢(shì)？ 3 有沒(méi)有哪本書，或者資料對(duì)NAMD勢(shì)能計(jì)算過(guò)程進(jìn)行過(guò)講解？ 求指點(diǎn) |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
086502化學(xué)工程342求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
材料求調(diào)劑一志愿哈工大324
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
328求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
340求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
一志愿南昌大學(xué)324求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
求調(diào)劑推薦 材料 304
已經(jīng)有15人回復(fù)
-
291求調(diào)劑
已經(jīng)有19人回復(fù)
-
331環(huán)境科學(xué)與工程求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
289求調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
315分求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:
- namd 蛋白質(zhì)溢出水盒子，并且跑的盒子的另一邊
已經(jīng)有10人回復(fù)
- 蛋白質(zhì)構(gòu)象模擬
已經(jīng)有12人回復(fù)
fzp888666
新蟲(chóng) (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 0.4
- 帖子: 16
- 在線: 8.3小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 2581737
- 注冊(cè): 2013-08-05
9樓2013-09-30 10:14:39
fhh2626
木蟲(chóng) (正式寫手)
- 應(yīng)助: 135 (高中生)
- 金幣: 2354.1
- 紅花: 7
- 帖子: 344
- 在線: 139小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 1475956
- 注冊(cè): 2011-11-04
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
broken1999: 金幣+10, ★★★很有幫助 2013-06-06 20:07:16
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
broken1999: 金幣+10, ★★★很有幫助 2013-06-06 20:07:16
|
1、參數(shù)自然是包括在CHARMM力場(chǎng)當(dāng)中的，你要先知道CHARMM力場(chǎng)的格式 2、NAMD只計(jì)算一定范圍內(nèi)的原子（如10A），長(zhǎng)程靜電作用可以用一定的方法近似（如PME） 3、基本上任何關(guān)于分子模擬的書都會(huì)花幾頁(yè)講一下力場(chǎng)的。。。比如陳正隆的那本 |
» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）
broken19992樓2013-05-21 14:29:43
broken1999
木蟲(chóng) (正式寫手)
- 應(yīng)助: 14 (小學(xué)生)
- 金幣: 2167.4
- 散金: 464
- 紅花: 6
- 帖子: 560
- 在線: 281.9小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 1128677
- 注冊(cè): 2010-10-21
- 專業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)
3樓2013-05-21 19:25:18
fhh2626
木蟲(chóng) (正式寫手)
- 應(yīng)助: 135 (高中生)
- 金幣: 2354.1
- 紅花: 7
- 帖子: 344
- 在線: 139小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 1475956
- 注冊(cè): 2011-11-04
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)
4樓2013-05-22 10:34:13
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 求調(diào)劑推薦 材料 304 +15 | 荷包蛋hyj 2026-03-26 | 15/750 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 083000學(xué)碩274求調(diào)劑 +5 | Li李魚 2026-03-26 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 復(fù)試調(diào)劑，一志愿南農(nóng)083200食品科學(xué)與工程 +5 | XQTJZ 2026-03-26 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 0703一志愿9，初試成績(jī)：338，四六級(jí)已過(guò)，有科研經(jīng)歷，求調(diào)劑！ +3 | Zuhui0306 2026-03-25 | 3/150 |
|
|
|
[材料工程] 一志愿C9材料與化工專業(yè)總分300求調(diào)劑 +7 | 曼111 2026-03-24 | 8/400 |
|
|
[考研] 322求調(diào)劑 +4 | 我真的很想學(xué)習(xí) 2026-03-23 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 292求調(diào)劑 +4 | 求求了收下我吧?/a> 2026-03-26 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 081200-11408-276學(xué)碩求調(diào)劑 +4 | 崔wj 2026-03-26 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 343求調(diào)劑 +4 | 贈(zèng)我一本書 2026-03-23 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿鄭州大學(xué)，080500學(xué)碩，總分317分求調(diào)劑 +4 | 舉個(gè)栗子oi 2026-03-24 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 一志愿北化求調(diào)劑 +3 | Jsman 2026-03-22 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 321求調(diào)劑 +6 | Ymlll 2026-03-24 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 生物學(xué) 296 求調(diào)劑 +4 | 朵朵- 2026-03-26 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 生物學(xué)學(xué)碩，一志愿湖南大學(xué)，初試成績(jī)338 +4 | YYYYYNNNNN 2026-03-26 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 材料與化工304求B區(qū)調(diào)劑 +3 | 邱gl 2026-03-26 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 資源與環(huán)境 調(diào)劑申請(qǐng)(333分) +9 | holy J 2026-03-21 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 化學(xué)調(diào)劑 +6 | yzysaa 2026-03-21 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 一志愿北京化工大學(xué)070300 學(xué)碩336求調(diào)劑 +5 | vv迷 2026-03-21 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 材料學(xué)碩301分求調(diào)劑 +7 | Liyouyumairs 2026-03-21 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 材料與化工（0856）304求 B區(qū) 調(diào)劑 +3 | 邱gl 2026-03-21 | 3/150 |
|