 |
 |
 |
| 24小時(shí)熱門(mén)版塊排行榜 |
- >論壇更新日志 (2048)
- >考研 (122)
- >蟲(chóng)友互識(shí) (96)
- >考博 (75)
- >導(dǎo)師招生 (65)
- >基金申請(qǐng) (24)
- >碩博家園 (19)
- >論文投稿 (17)
- >教師之家 (16)
- >公派出國(guó) (11)
- >文獻(xiàn)求助 (10)
- >休閑灌水 (8)
- >論文道賀祈福 (7)
- >無(wú)機(jī)/物化 (7)
- >找工作 (6)
- >博后之家 (5)
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1909 | 回復(fù): 8 | ||
| 當(dāng)前只顯示滿(mǎn)足指定條件的回帖，點(diǎn)擊這里查看本話(huà)題的所有回帖 | ||
broken1999木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
|
[求助]
NAMD軟件在代碼層面上是如何計(jì)算蛋白質(zhì)勢(shì)能的？
|
|
|
NAMD軟件 CHARMM力場(chǎng) 蛋白質(zhì)勢(shì)能的計(jì)算是進(jìn)行能量最小化的基礎(chǔ) 想深入軟件代碼層面，完全掌握它的計(jì)算過(guò)程 查過(guò)資料，知道勢(shì)能由以下幾部分組成：鍵伸縮能bond stretching、鍵角彎曲能angle bending、二面角扭曲能torsion rotation、異常扭曲improper torsion、離平面彎曲Out-of –plane Bending、交叉項(xiàng)cross term、范德華相互作用能van der Waals interactions、靜電相互作用能electrostatic contributions幾部分組成 但是每個(gè)部分里面都涉及到好多參數(shù)，這些參數(shù)又取決于CHARMM力場(chǎng) 看過(guò)namdenergy.tcl的源代碼，惘然而無(wú)所得， 幾個(gè)問(wèn)題各位大牛給予指導(dǎo) 1 NAMD是如何挑選合適的參數(shù)進(jìn)行對(duì)勢(shì)計(jì)算的 2 NAMD是否對(duì)運(yùn)算過(guò)程進(jìn)行過(guò)優(yōu)化或近似？難道它就窮舉所有原子對(duì)勢(shì)？ 3 有沒(méi)有哪本書(shū)，或者資料對(duì)NAMD勢(shì)能計(jì)算過(guò)程進(jìn)行過(guò)講解？ 求指點(diǎn) |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
310求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
材料與化工272求調(diào)劑
已經(jīng)有17人回復(fù)
-
材料工程專(zhuān)碩求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
337求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
材料與化工328分調(diào)劑
已經(jīng)有9人回復(fù)
-
318一志愿吉林大學(xué)生物與醫(yī)藥 求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
一志愿南開(kāi)大學(xué)0710生物學(xué)359求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
085600材料與化工調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
327求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:
- namd 蛋白質(zhì)溢出水盒子，并且跑的盒子的另一邊
已經(jīng)有10人回復(fù)
- 蛋白質(zhì)構(gòu)象模擬
已經(jīng)有12人回復(fù)
fhh2626
木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
- 應(yīng)助: 135 (高中生)
- 金幣: 2354.1
- 紅花: 7
- 帖子: 344
- 在線(xiàn): 139小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 1475956
- 注冊(cè): 2011-11-04
- 性別: GG
- 專(zhuān)業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)
4樓2013-05-22 10:34:13
fhh2626
木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
- 應(yīng)助: 135 (高中生)
- 金幣: 2354.1
- 紅花: 7
- 帖子: 344
- 在線(xiàn): 139小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 1475956
- 注冊(cè): 2011-11-04
- 性別: GG
- 專(zhuān)業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
broken1999: 金幣+10, ★★★很有幫助 2013-06-06 20:07:16
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
broken1999: 金幣+10, ★★★很有幫助 2013-06-06 20:07:16
|
1、參數(shù)自然是包括在CHARMM力場(chǎng)當(dāng)中的，你要先知道CHARMM力場(chǎng)的格式 2、NAMD只計(jì)算一定范圍內(nèi)的原子（如10A），長(zhǎng)程靜電作用可以用一定的方法近似（如PME） 3、基本上任何關(guān)于分子模擬的書(shū)都會(huì)花幾頁(yè)講一下力場(chǎng)的。。。比如陳正隆的那本 |
» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）
broken19992樓2013-05-21 14:29:43
broken1999
木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
- 應(yīng)助: 14 (小學(xué)生)
- 金幣: 2167.4
- 散金: 464
- 紅花: 6
- 帖子: 560
- 在線(xiàn): 281.9小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 1128677
- 注冊(cè): 2010-10-21
- 專(zhuān)業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)
3樓2013-05-21 19:25:18
yaozhq
金蟲(chóng) (小有名氣)
- 應(yīng)助: 126 (高中生)
- 金幣: 1137.8
- 紅花: 7
- 帖子: 260
- 在線(xiàn): 37.6小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 1475454
- 注冊(cè): 2011-11-04
- 性別: GG
- 專(zhuān)業(yè): 生物大分子結(jié)構(gòu)與功能
【答案】應(yīng)助回帖
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
|
通過(guò)你給的原子類(lèi)型定義 因?yàn)榱?chǎng)是通過(guò)定義一個(gè)原子類(lèi)型 然后擬合其相關(guān)的各種參數(shù)來(lái)實(shí)現(xiàn)計(jì)算的 很簡(jiǎn)單 就類(lèi)似于一個(gè)表格 你在算一對(duì)兒原子作用的時(shí)候 分別查看他們的原子類(lèi)型和他們的成鍵關(guān)系 然后加載力場(chǎng)參數(shù)去帶公式計(jì)算就好了 幾乎所有動(dòng)力學(xué)軟件都用拓?fù)湮募䜩?lái)保存原子類(lèi)型和成鍵關(guān)系的 軟件實(shí)現(xiàn)的細(xì)節(jié)會(huì)遠(yuǎn)比你想象的復(fù)雜 因?yàn)槠陂g有各種不同級(jí)別的算法的存在 包括并行化的代碼 直接看會(huì)不大容易理清其中的結(jié)構(gòu)的 |
» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）
5樓2013-05-23 09:17:37
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 一志愿哈爾濱工業(yè)大學(xué)材料與化工方向336分 +10 | 辰沐5211314 2026-03-26 | 10/500 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 材料科學(xué)與工程求調(diào)劑 +6 | 深V宿舍吧 2026-03-29 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 一志愿北京化工大學(xué)材料與化工（085600）296求調(diào)劑 +17 | 稻妻小編 2026-03-26 | 17/850 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +4 | 青春裁為三截 2026-03-29 | 4/200 |
|
|
[考研] 298求調(diào)劑 +3 | 種圣賜 2026-03-29 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 356求調(diào)劑 +4 | gysy?s?a 2026-03-28 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 0856材料化工調(diào)劑 總分330 +14 | zhubinhao 2026-03-27 | 14/700 |
|
|
|
[考研] 學(xué)碩274求調(diào)劑 +9 | Li李魚(yú) 2026-03-26 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 322求調(diào)劑 +7 | 宋明欣 2026-03-27 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 315求調(diào)劑 +4 | akie... 2026-03-28 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 0703一志愿9，初試成績(jī)：338，四六級(jí)已過(guò)，有科研經(jīng)歷，求調(diào)劑！ +4 | Zuhui0306 2026-03-25 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 311求調(diào)劑 +9 | lin0039 2026-03-26 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 292求調(diào)劑 +14 | 鵝鵝鵝額額額額?/a> 2026-03-25 | 15/750 |
|
|
|
[考研] 272求調(diào)劑 +7 | 腳滑的守法公民 2026-03-27 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 279 分 求調(diào)劑 +4 | 睡個(gè)好覺(jué)_16 2026-03-24 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 322求調(diào)劑 +4 | 我真的很想學(xué)習(xí) 2026-03-23 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 348求調(diào)劑 +4 | 小懶蟲(chóng)不懶了 2026-03-27 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 324求調(diào)劑 +8 | hanamiko 2026-03-26 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 342求調(diào)劑 +3 | 加油a李zs 2026-03-26 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 333求調(diào)劑 +6 | wfh030413@ 2026-03-23 | 6/300 |
|