 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 9 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1864 | 回復(fù): 8 | ||
broken1999木蟲 (正式寫手)
|
[求助]
NAMD軟件在代碼層面上是如何計(jì)算蛋白質(zhì)勢能的？
|
|
NAMD軟件 CHARMM力場 蛋白質(zhì)勢能的計(jì)算是進(jìn)行能量最小化的基礎(chǔ) 想深入軟件代碼層面，完全掌握它的計(jì)算過程 查過資料，知道勢能由以下幾部分組成：鍵伸縮能bond stretching、鍵角彎曲能angle bending、二面角扭曲能torsion rotation、異常扭曲improper torsion、離平面彎曲Out-of –plane Bending、交叉項(xiàng)cross term、范德華相互作用能van der Waals interactions、靜電相互作用能electrostatic contributions幾部分組成 但是每個(gè)部分里面都涉及到好多參數(shù)，這些參數(shù)又取決于CHARMM力場 看過namdenergy.tcl的源代碼，惘然而無所得， 幾個(gè)問題各位大牛給予指導(dǎo) 1 NAMD是如何挑選合適的參數(shù)進(jìn)行對(duì)勢計(jì)算的 2 NAMD是否對(duì)運(yùn)算過程進(jìn)行過優(yōu)化或近似？難道它就窮舉所有原子對(duì)勢？ 3 有沒有哪本書，或者資料對(duì)NAMD勢能計(jì)算過程進(jìn)行過講解？ 求指點(diǎn) |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
【考研調(diào)劑】化學(xué)專業(yè) 281分，一志愿四川大學(xué)，誠心求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
317求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
0817 化學(xué)工程 299分求調(diào)劑 有科研經(jīng)歷 有二區(qū)文章
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
一志愿 西北大學(xué) ，070300化學(xué)學(xué)碩，總分287，雙非一本，求調(diào)劑。
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
一志愿福大288有機(jī)化學(xué)，求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
085600材料與化工求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
一志愿西安交通大學(xué)材料工程專業(yè) 282分求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
085600材料與化工調(diào)劑 324分
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
294求調(diào)劑材料與化工專碩
已經(jīng)有11人回復(fù)
-
一志愿南昌大學(xué)，327分，材料與化工085600
已經(jīng)有3人回復(fù)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:
- namd 蛋白質(zhì)溢出水盒子，并且跑的盒子的另一邊
已經(jīng)有10人回復(fù)
- 蛋白質(zhì)構(gòu)象模擬
已經(jīng)有12人回復(fù)
fhh2626
木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 135 (高中生)
- 金幣: 2354.1
- 紅花: 7
- 帖子: 344
- 在線: 139小時(shí)
- 蟲號(hào): 1475956
- 注冊(cè): 2011-11-04
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
broken1999: 金幣+10, ★★★很有幫助 2013-06-06 20:07:16
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
broken1999: 金幣+10, ★★★很有幫助 2013-06-06 20:07:16
|
1、參數(shù)自然是包括在CHARMM力場當(dāng)中的，你要先知道CHARMM力場的格式 2、NAMD只計(jì)算一定范圍內(nèi)的原子（如10A），長程靜電作用可以用一定的方法近似（如PME） 3、基本上任何關(guān)于分子模擬的書都會(huì)花幾頁講一下力場的。。。比如陳正隆的那本 |
broken19992樓2013-05-21 14:29:43
broken1999
木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 14 (小學(xué)生)
- 金幣: 2167.4
- 散金: 464
- 紅花: 6
- 帖子: 560
- 在線: 281.9小時(shí)
- 蟲號(hào): 1128677
- 注冊(cè): 2010-10-21
- 專業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)
3樓2013-05-21 19:25:18
fhh2626
木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 135 (高中生)
- 金幣: 2354.1
- 紅花: 7
- 帖子: 344
- 在線: 139小時(shí)
- 蟲號(hào): 1475956
- 注冊(cè): 2011-11-04
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)
4樓2013-05-22 10:34:13
yaozhq
金蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 126 (高中生)
- 金幣: 1137.8
- 紅花: 7
- 帖子: 260
- 在線: 37.6小時(shí)
- 蟲號(hào): 1475454
- 注冊(cè): 2011-11-04
- 性別: GG
- 專業(yè): 生物大分子結(jié)構(gòu)與功能
【答案】應(yīng)助回帖
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
|
通過你給的原子類型定義 因?yàn)榱鍪峭ㄟ^定義一個(gè)原子類型 然后擬合其相關(guān)的各種參數(shù)來實(shí)現(xiàn)計(jì)算的 很簡單 就類似于一個(gè)表格 你在算一對(duì)兒原子作用的時(shí)候 分別查看他們的原子類型和他們的成鍵關(guān)系 然后加載力場參數(shù)去帶公式計(jì)算就好了 幾乎所有動(dòng)力學(xué)軟件都用拓?fù)湮募䜩肀４嬖宇愋秃统涉I關(guān)系的 軟件實(shí)現(xiàn)的細(xì)節(jié)會(huì)遠(yuǎn)比你想象的復(fù)雜 因?yàn)槠陂g有各種不同級(jí)別的算法的存在 包括并行化的代碼 直接看會(huì)不大容易理清其中的結(jié)構(gòu)的 |
» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）
5樓2013-05-23 09:17:37
yaozhq
金蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 126 (高中生)
- 金幣: 1137.8
- 紅花: 7
- 帖子: 260
- 在線: 37.6小時(shí)
- 蟲號(hào): 1475454
- 注冊(cè): 2011-11-04
- 性別: GG
- 專業(yè): 生物大分子結(jié)構(gòu)與功能
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
broken1999: 金幣+10, ★★★很有幫助 2013-06-06 20:07:47
broken1999: 金幣+10, ★★★很有幫助 2013-06-06 20:07:47
| NAMD的全名如果知道的話 你就不會(huì)問第二個(gè)問題了 對(duì)于求解大規(guī)模的動(dòng)力學(xué)模擬 優(yōu)化是必須的 而且程度非常高 最起碼并行化就需要調(diào)整通訊和計(jì)算 任務(wù)分配 調(diào)度匯總等等問題 而近似是動(dòng)力學(xué)天生的特性 在盡量保證精度和速度下 其實(shí)做了非常非常多的近似和簡化處理 要理解這個(gè)就去多看看力場和算法的書吧 保證顛覆你的現(xiàn)有完美主義想法 |
6樓2013-05-23 09:25:17
broken1999
木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 14 (小學(xué)生)
- 金幣: 2167.4
- 散金: 464
- 紅花: 6
- 帖子: 560
- 在線: 281.9小時(shí)
- 蟲號(hào): 1128677
- 注冊(cè): 2010-10-21
- 專業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)
7樓2013-05-23 09:36:46
broken1999
木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 14 (小學(xué)生)
- 金幣: 2167.4
- 散金: 464
- 紅花: 6
- 帖子: 560
- 在線: 281.9小時(shí)
- 蟲號(hào): 1128677
- 注冊(cè): 2010-10-21
- 專業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)
8樓2013-05-23 09:37:24
fzp888666
新蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 0.4
- 帖子: 16
- 在線: 8.3小時(shí)
- 蟲號(hào): 2581737
- 注冊(cè): 2013-08-05
9樓2013-09-30 10:14:39
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 broken1999 的主題更新
| 9 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 材料專碩英一數(shù)二306 +5 | z1z2z3879 2026-03-18 | 5/250 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 330求調(diào)劑 +3 | 小材化本科 2026-03-18 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 【同濟(jì)軟件】軟件（085405）考研求調(diào)劑 +3 | 2026eternal 2026-03-18 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 295求調(diào)劑 +3 | 一志愿京區(qū)211 2026-03-18 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 化學(xué)工程321分求調(diào)劑 +15 | 大米飯！ 2026-03-15 | 18/900 |
|
|
|
[考研] 收復(fù)試調(diào)劑生 +4 | 雨后秋荷 2026-03-18 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 280求調(diào)劑 +6 | 咕嚕曉曉 2026-03-18 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)336分求調(diào)劑 +6 | zbzihdhd 2026-03-15 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 265求調(diào)劑 +3 | 梁梁校校 2026-03-17 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 材料工程專碩274一志愿211求調(diào)劑 +6 | 薛云鵬 2026-03-15 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 275求調(diào)劑 +4 | 太陽花天天開心 2026-03-16 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 318求調(diào)劑 +3 | Yanyali 2026-03-15 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 22408總分284求調(diào)劑 +3 | InAspic 2026-03-13 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 070305求調(diào)劑 +3 | mlpqaz03 2026-03-14 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 288求調(diào)劑 +4 | 奇點(diǎn)0314 2026-03-14 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 中科大材料與化工319求調(diào)劑 +3 | 孟鑫材料 2026-03-14 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 復(fù)試調(diào)劑 +4 | z1z2z3879 2026-03-14 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 328求調(diào)劑 +3 | 5201314Lsy！ 2026-03-13 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 330求調(diào)劑 +3 | ?醬給調(diào)劑跪了 2026-03-13 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 295求調(diào)劑 +3 | 小匕仔汁 2026-03-12 | 3/150 |
|