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hspwind

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[交流] 關(guān)于fix nvt里的Tdamp

請(qǐng)問(wèn)一下大家，lammps的fix nvt里面的tdamp該怎么選取比較合適？
manual說(shuō)最好是timestep的100倍左右。今天我進(jìn)行多核并行模擬（試過(guò)6核、4核）的時(shí)候，設(shè)置步長(zhǎng)為0.0005ps（units是metal，步長(zhǎng)要設(shè)置成0.5fs，所以寫0.0005），tdamp我設(shè)置為0.05，但run一些steps之后程序突然中止，tdamp改成0.1的話，run的步數(shù)正好是之前的兩倍，隨后也中止跳出。。。
請(qǐng)教論壇里的大牛tdamp到底應(yīng)該怎么設(shè)置，對(duì)并行運(yùn)算也會(huì)有影響嗎？單核計(jì)算的話就不會(huì)出現(xiàn)這個(gè)問(wèn)題，但單核實(shí)在太慢了。。。

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1樓 2012-04-23 22:59:29

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大哥。。。。。步長(zhǎng)單位是fs

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8樓2016-01-07 10:25:39

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gt461344967

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★
hspwind(金幣+1): 謝謝參與

沒(méi)有報(bào)什么錯(cuò)誤嗎？

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2樓2012-04-24 08:04:43

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2樓: Originally posted by gt461344967 at 2012-04-24 08:04:43:
沒(méi)有報(bào)什么錯(cuò)誤嗎？

[proxy:0:0@lammps] HYDT_dmxu_poll_wait_for_event (./tools/demux/demux_poll.c:70): assert (!(pollfds.revents & ~POLLIN & ~POLLOUT & ~POLLHUP)) failed
[proxy:0:0@lammps] main (./pm/pmiserv/pmip.c:225): demux engine error waiting for event
[mpiexec@lammps] HYDT_bscu_wait_for_completion (./tools/bootstrap/utils/bscu_wait.c:99): one of the processes terminated badly; aborting
[mpiexec@lammps] HYDT_bsci_wait_for_completion (./tools/bootstrap/src/bsci_wait.c:18): bootstrap device returned error waiting for completion
[mpiexec@lammps] HYD_pmci_wait_for_completion (./pm/pmiserv/pmiserv_pmci.c:352): bootstrap server returned error waiting for completion
[mpiexec@lammps] main (./ui/mpich/mpiexec.c:302): process manager error waiting for completion

這是今天報(bào)錯(cuò)的內(nèi)容，我昨晚把tdamp改成0.025。。。運(yùn)行中止。。�，F(xiàn)在簡(jiǎn)直是盲人摸象的感覺(jué)啊

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3樓2012-04-24 13:26:06

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引用回帖:

2樓: Originally posted by gt461344967 at 2012-04-24 08:04:43:
沒(méi)有報(bào)什么錯(cuò)誤嗎？

Memory usage per processor = 2.39259 Mbytes
Step Temp E_pair E_mol TotEng Press
80150 278.46674 -705.38902          0 -700.92569 -19142.026
85000 353.46293 -704.73979          0 -699.07439 -16120.99
……
……
180000 891.91995 -710.80657          0 -696.51064 -27161.183
  185000 823.79471 -708.93996          0 -695.73597 -9021.5055
APPLICATION TERMINATED WITH THE EXIT STRING: Hangup (signal 1)

這是主題貼沒(méi)寫上去的報(bào)錯(cuò)的內(nèi)容。。。只有一行而已，前面是thermo的內(nèi)容。。。只算了10萬(wàn)步而已。。上一條回復(fù)是昨晚后來(lái)修改tdamp以后新的報(bào)錯(cuò)。。。

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4樓2012-04-24 14:13:34

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