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spit木蟲 (小有名氣)
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[求助]
用chem3d如何對分子進(jìn)行優(yōu)化，進(jìn)而得到這些參數(shù)？
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有文獻(xiàn)記載：“藥物結(jié)構(gòu)化學(xué)模型軟件建立,用 mm2分子力學(xué)幾何優(yōu)化初始分子,得到初始分子幾何參數(shù),然后用改進(jìn)的半經(jīng)驗(yàn)法和AM1法幾何優(yōu)化全部分子結(jié)構(gòu) 采用的參數(shù) 前線軌道能級 、生成熱 偶極矩 整體硬度 和絕對電負(fù)性 以及部分原子所帶的電荷”請問各位大俠 我用chem3d 如何優(yōu)化呢？ 我是先畫出分子式，點(diǎn)calculation-- MM2--Minimize energy。然后又點(diǎn)MMFF94--perform MMFF94 minimization.最后點(diǎn)GAMESS--Optimize to Transition State 這樣對嗎？那其他的選項(xiàng) Molecular Dynamics 和computer Properties都是干什么的呢？ 我剛剛開始用這個(gè)軟件，很菜。請大家多多指點(diǎn)！謝謝啦！ |
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ine
木蟲 (小有名氣)
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| 沒有人回答嗎？同樣等待答案...molecular dynamics [物] 分子動(dòng)力學(xué) |
2樓2012-05-02 21:55:22
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