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七八月的陽光銅蟲 (初入文壇)
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[求助]
關(guān)于de novo拼接結(jié)果的疑問
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之前發(fā)帖問過關(guān)于trinity軟件de novo拼接的問題，但始終有些疑惑得不到解答。 （上一個帖子的問題： 最近在公司做了轉(zhuǎn)錄組測序，植物樣本，illumina Hiseq2000，三個樣本共100M的clean reads，一起拼接。該公司用Trinity軟件進(jìn)行de novo拼接，拼出來contigs達(dá)40多萬條，后來又用CD-HIT進(jìn)行聚類，結(jié)果仍有30多萬條，其中包含很多轉(zhuǎn)錄本的存在。從文獻(xiàn)中看一般植物轉(zhuǎn)錄組de novo拼接也就幾萬條序列，太多的轉(zhuǎn)錄本會影響到后面表達(dá)量的比較。不知道是由于Trinity這個拼接軟件的原因還是其他什么原因。） 后來從拼接的contig中挑了些序列出來仔細(xì)比對，發(fā)現(xiàn)了一些問題。在trinity軟件輸出的結(jié)果中，同一個comp里面包含了很多的seq（每一個seq就是一個contig），很多的seq間有重疊的序列，多個seq可以拼接成一條長的序列，并且這條序列能很好的比對到擬南芥基因上。 我很疑惑為什么trinity軟件不把這些短的seq組裝成一條長的序列，按照我的理解能組裝成一條長序列應(yīng)該更有利于分析。不然，做差異表達(dá)分析的時候看起來是多個基因都差異表達(dá)了，其實這多個基因都只是一個基因上的不同片段而已。我看SOAP的原理，好像就可以將contig組裝成scaffold。 不知用過de novo拼接軟件的各位能否給些意見和建議。 |
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七八月的陽光
銅蟲 (初入文壇)
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2樓2012-05-03 15:14:17
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