 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 2 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1299 | 回復(fù): 1 | ||
七八月的陽光銅蟲 (初入文壇)
|
[求助]
關(guān)于de novo拼接結(jié)果的疑問
|
|
之前發(fā)帖問過關(guān)于trinity軟件de novo拼接的問題，但始終有些疑惑得不到解答。 （上一個(gè)帖子的問題： 最近在公司做了轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，植物樣本，illumina Hiseq2000，三個(gè)樣本共100M的clean reads，一起拼接。該公司用Trinity軟件進(jìn)行de novo拼接，拼出來contigs達(dá)40多萬條，后來又用CD-HIT進(jìn)行聚類，結(jié)果仍有30多萬條，其中包含很多轉(zhuǎn)錄本的存在。從文獻(xiàn)中看一般植物轉(zhuǎn)錄組de novo拼接也就幾萬條序列，太多的轉(zhuǎn)錄本會(huì)影響到后面表達(dá)量的比較。不知道是由于Trinity這個(gè)拼接軟件的原因還是其他什么原因。） 后來從拼接的contig中挑了些序列出來仔細(xì)比對(duì)，發(fā)現(xiàn)了一些問題。在trinity軟件輸出的結(jié)果中，同一個(gè)comp里面包含了很多的seq（每一個(gè)seq就是一個(gè)contig），很多的seq間有重疊的序列，多個(gè)seq可以拼接成一條長的序列，并且這條序列能很好的比對(duì)到擬南芥基因上。 我很疑惑為什么trinity軟件不把這些短的seq組裝成一條長的序列，按照我的理解能組裝成一條長序列應(yīng)該更有利于分析。不然，做差異表達(dá)分析的時(shí)候看起來是多個(gè)基因都差異表達(dá)了，其實(shí)這多個(gè)基因都只是一個(gè)基因上的不同片段而已。我看SOAP的原理，好像就可以將contig組裝成scaffold。 不知用過de novo拼接軟件的各位能否給些意見和建議。 |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
生物學(xué)學(xué)碩求調(diào)劑
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
上海電力大學(xué)材料防護(hù)與新材料重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室招收調(diào)劑研究生（材料、化學(xué)、電化學(xué)，環(huán)境）
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
材料學(xué)求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
303求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
一志愿武理085500機(jī)械專業(yè)總分300求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
考研調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
281求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
0805 316求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
085601求調(diào)劑總分293英一數(shù)二
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
08工學(xué)調(diào)劑
已經(jīng)有17人回復(fù)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:
- 下午致電CSC詢問結(jié)果事宜
已經(jīng)有19人回復(fù)
- 燈用綠色熒光粉的一些疑問？
已經(jīng)有8人回復(fù)
- linux下面使用castep跑出來結(jié)果文件中沒有xsd文件
已經(jīng)有10人回復(fù)
- 【資料】nature關(guān)于生物燃料的綜述
已經(jīng)有66人回復(fù)
- 關(guān)于如何去除RSC文章模板中的endnote？
已經(jīng)有12人回復(fù)
- 用Trinity進(jìn)行de novo拼裝
已經(jīng)有16人回復(fù)
- 關(guān)于溶膠-凝膠法制備板鈦礦TiO2
已經(jīng)有25人回復(fù)
- 關(guān)于歐洲化學(xué)投稿狀態(tài)謝謝
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 如此面試最終結(jié)果，無言！
已經(jīng)有51人回復(fù)
- 【求助】關(guān)于乙丙橡膠牌號(hào)問題
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 【討論】EBSD中關(guān)于取向差的描述？
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 【zhou2009個(gè)人文集】關(guān)于電荷計(jì)算的第二組分子
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 【討論】香豆素衍生物合成中的疑問
已經(jīng)有16人回復(fù)
- 【分享】測(cè)序結(jié)果拼接軟件ContigExpress程序及使用方法
已經(jīng)有128人回復(fù)
七八月的陽光
銅蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 334.9
- 散金: 3
- 帖子: 33
- 在線: 57.1小時(shí)
- 蟲號(hào): 957475
- 注冊(cè): 2010-02-22
- 專業(yè): 植物生理與生化
2樓2012-05-03 15:14:17
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 七八月的陽光 的主題更新
| 2 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 上海電力大學(xué)材料防護(hù)與新材料重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室招收調(diào)劑研究生（材料、化學(xué)、電化學(xué)，環(huán)境） +4 | 我愛學(xué)電池 2026-03-23 | 4/200 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 求調(diào)劑323材料與化工 +3 | 1124361 2026-03-24 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 資源與環(huán)境 調(diào)劑申請(qǐng)(333分) +7 | holy J 2026-03-21 | 7/350 |
|
|
[考研] 305分求調(diào)劑（食品工程） +5 | Sxy112 2026-03-21 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 一志愿吉大化學(xué)322求調(diào)劑 +4 | 17501029541 2026-03-23 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 求材料，環(huán)境專業(yè)調(diào)劑 +3 | 18567500178 2026-03-18 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 316求調(diào)劑 +7 | 梁茜雯 2026-03-19 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 北科281學(xué)碩材料求調(diào)劑 +8 | tcxiaoxx 2026-03-20 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 352求調(diào)劑 +3 | 大米飯！ 2026-03-22 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 315分，誠求調(diào)劑，材料與化工085600 +3 | 13756423260 2026-03-22 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 260求調(diào)劑 +3 | 朱芷琳 2026-03-20 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 280求調(diào)劑 +11 | 咕嚕曉曉 2026-03-18 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 初試 317 +7 | 半拉月丙 2026-03-20 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 一志愿 西北大學(xué) ，070300化學(xué)學(xué)碩，總分287，雙非一本，求調(diào)劑。 +3 | 晨昏線與星海 2026-03-18 | 3/150 |
|
|
|
[考研]
 295復(fù)試調(diào)劑
+8
|
簡木ChuFront 2026-03-19 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 一志愿 南京航空航天大學(xué)大學(xué) ，080500材料科學(xué)與工程學(xué)碩 +5 | @taotao 2026-03-20 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 353求調(diào)劑 +3 | 拉鉤不許變 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿吉林大學(xué)材料學(xué)碩321求調(diào)劑 +11 | Ymlll 2026-03-18 | 15/750 |
|
|
|
[考研] 材料考研調(diào)劑 +3 | xwt。 2026-03-19 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 收復(fù)試調(diào)劑生 +4 | 雨后秋荷 2026-03-18 | 4/200 |
|