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deep_bluesea木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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出現(xiàn)了下列錯(cuò)誤，找不到合適的空間群了，明顯存在膺對(duì)稱(chēng)結(jié)構(gòu)如何辦？ 已有1人參與
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出現(xiàn)了下列錯(cuò)誤，找不到合適的空間群，可能是存在膺對(duì)稱(chēng)，該如何處理？ PLAT113_ALERT_2_A ADDSYM Suggests Possible Pseudo/New Space-group. P-1 PLAT780_ALERT_1_A Coordinates do not Form a Properly Connected Set ? Alert level B PLAT110_ALERT_2_B ADDSYM Detects Potential Lattice Centering or Halving . ? PLAT112_ALERT_2_B ADDSYM Detects Additional (Pseudo) Symm. Elem... Y |
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2樓2012-05-02 15:14:27
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【答案】應(yīng)助回帖
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解晶體最重要的一點(diǎn)就是確定正確的空間群。這一點(diǎn)是比較難，雖然一般是就高不就低，但有時(shí)對(duì)稱(chēng)性高了反而更難得到正確的結(jié)構(gòu)。比如，有一晶體為P63/mmc，解出來(lái)是無(wú)序的。但降到哪個(gè)空間群是正確的？我也不知道。查文獻(xiàn)發(fā)現(xiàn)有類(lèi)似的，降到P6322則得到正確的解。 所以，還得請(qǐng)教大俠們，當(dāng)空間群處于高對(duì)稱(chēng)態(tài)時(shí)，如何從中選擇出正確的那一個(gè)？ |
4樓2012-05-02 20:31:07
deep_bluesea
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7樓2012-05-02 23:24:40
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| 這種情況我也遇到過(guò)，同樣是以P-1空間群解的，但最小不對(duì)稱(chēng)單元里的結(jié)構(gòu)卻是不一樣的。比較簡(jiǎn)單的方法同時(shí)又需要一定運(yùn)氣的方法就是重新還原數(shù)據(jù)，這樣就有可能以較簡(jiǎn)單的方式很快確定正確的最小不對(duì)稱(chēng)單元。要么以重原子法逐步小心的一點(diǎn)一點(diǎn)的生長(zhǎng)出最小不對(duì)稱(chēng)中的原子。再要么你嘗試做一下吸收校正，也有可能處理好這樣的問(wèn)題�？傊霈F(xiàn)贗對(duì)稱(chēng)效應(yīng)處理不難就是很麻煩。 |
8樓2012-05-03 00:27:24
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第一個(gè)A已經(jīng)明確告訴你要用P-1了。 那就強(qiáng)行定成P-1解唄。 xprep中直接輸入P-1空間群。 或者先把你主結(jié)構(gòu)之外的諸如溶劑之類(lèi)的原子都刪掉，只保留明顯的贗對(duì)稱(chēng)的主結(jié)構(gòu)，然后platon升對(duì)稱(chēng)性。 |
9樓2012-05-03 01:09:39
deep_bluesea
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