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396101466金蟲 (正式寫手)
一段遺失的美好
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[求助]
有關(guān)PDB數(shù)據(jù)庫(kù)的使用問(wèn)題
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最近做一個(gè)關(guān)于蛋白質(zhì)3D結(jié)構(gòu)相關(guān)的實(shí)驗(yàn)，涉及到蛋白質(zhì)的空間構(gòu)象，以及蛋白質(zhì)在實(shí)驗(yàn)過(guò)程中的相關(guān)變化，所以要用到PDB數(shù)據(jù)庫(kù)里面的蛋白質(zhì)的空間結(jié)構(gòu)。有做相關(guān)的大俠，可進(jìn)來(lái)交流一下。 1.首先，我想問(wèn)問(wèn)，我只是知道蛋白質(zhì)的名稱，不知道蛋白質(zhì)的檢索ID怎么去檢索其相應(yīng)的3D結(jié)構(gòu)？ 2.PDB數(shù)據(jù)庫(kù)有木有收錄同種蛋白質(zhì)的不同的聚體形式，比喻單體和二聚體的3D結(jié)構(gòu)？如果有這樣的，；請(qǐng)問(wèn)你怎么檢索？ 3.能檢索到相關(guān)3D結(jié)構(gòu)的是蛋白是不是都是改蛋白在結(jié)晶狀態(tài)下的3D結(jié)構(gòu)？ 期待和給位大俠們交流！ |
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【答案】應(yīng)助回帖
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hsd3521: 回帖置頂 2012-05-05 08:53:39
hsd3521: 金幣+1, 感謝關(guān)注食品版，謝謝 2012-05-05 08:53:51
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| 進(jìn)入PDB數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)頁(yè)：http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do 輸入蛋白質(zhì)名稱，對(duì)于一種蛋白可能有很多種晶體結(jié)構(gòu)，收錄到PDB數(shù)據(jù)庫(kù)，這個(gè)你可以根據(jù)它們的描述去選擇你需要的晶體圖，下載它們PDB格式的圖即可，這些圖需要相應(yīng)的軟件才可以打開(kāi)，如：pyMOL |
5樓2012-05-04 22:17:59
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8樓2012-05-14 10:18:10
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