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朽木之痕鐵蟲 (小有名氣)
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[求助]
堿基成分分析所用軟件
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| 我想分析一段序列的堿基成分，不知道用什么軟件或是在線網(wǎng)站，各位大哥大姐幫忙一下啊。。。最好有步驟。 |
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
amisking: 金幣+2, 鼓勵(lì)發(fā)帖幫助解答問題。 2012-05-05 20:15:07
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grep "^[^>]" ...... | perl -e 'while(<> {$count_N+=s/N//g; $count_A+=s/A//g; $count_T+=s/T//g; $count_C+=s/C//g; $count_G+=s/G//g; } ; $count_sum=$count_G+$count_C+$count_A+$count_T; $count_GC=$count_G+$count_C; $GC_content=$count_GC/$count_sum ; $count_all=$count_sum+$count_N; $N_content=$count_N/$count_all ; print "N:"."$count_N"."\nA:"."$count_A"."\nT:"."$count_T"."\nC:"."$count_C"."\nG:"."$count_G"."\nAll:"."$count_all"."\nN_content:"."$N_content"."\nGC:"."$count_GC"."\nGC_content:"."$GC_content" ;' grep "^[^>]" ....... | sed -e 's/./&\n/g' | sort | uniq -c | sort -n (速度慢) 以上兩段命令都可以輕松解決，你的序列少，用第二個(gè)吧 |
2樓2012-05-05 14:32:11
朽木之痕
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3樓2012-05-05 20:38:43
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4樓2012-05-07 14:35:41
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【答案】應(yīng)助回帖
★
朽木之痕: 金幣+1, ★★★很有幫助 2012-05-10 11:13:27
朽木之痕: 金幣+1, ★★★很有幫助 2012-05-10 11:13:27
| 打開mega，file-open a file -選擇你要分析的序列，然后他會(huì)詢問how would you like to open this fasta file,選擇“analyze”，后面還會(huì)繼續(xù)詢問是dna還是蛋白質(zhì)序列，你自己看情況選擇，最后你打開sequence data explorer ，點(diǎn)擊stastics-Nucleotide compostion或者Protein compostion，它會(huì)生成一個(gè)excel表，里面有統(tǒng)計(jì)結(jié)果 |
6樓2012-05-10 10:18:43
朽木之痕
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7樓2012-05-10 11:13:17
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