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zxy964777869銅蟲(chóng) (正式寫手)
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[求助]
如何用MS的納米管坐標(biāo)轉(zhuǎn)到gromacs可識(shí)別的文件
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1、如何將MS的納米管坐標(biāo)轉(zhuǎn)換到gromacs可識(shí)別的gro文件，以及怎樣產(chǎn)生相應(yīng)的gromacs力場(chǎng)文件？用PRODRG2轉(zhuǎn)換的話，上傳什么樣格式的坐標(biāo)呢？ 2、在構(gòu)建模型方面，若考慮納米管輸運(yùn)的話，被輸運(yùn)氣體或分子應(yīng)如何放置在納米管的兩個(gè)開(kāi)口端，盡量在管腔內(nèi)無(wú)輸運(yùn)物分子的存在，此處不知可否調(diào)大碳原子的范德華半徑來(lái)實(shí)現(xiàn)。 3、納米管輸運(yùn)用gromacs的哪種力場(chǎng)描述最好。charmm or amber or gromacs? 本蟲(chóng)新手，問(wèn)題可能描述的不是很清楚，還望見(jiàn)諒。 以上3個(gè)問(wèn)題回答若中肯，各懸賞5個(gè)金幣。 謝謝 |
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zxy964777869: 金幣+5, ★★★很有幫助, 謝謝回答，問(wèn)題已解決。 2012-05-07 22:12:37
zh1987hs: 金幣+3, 謝謝 2012-05-08 08:04:45
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zxy964777869: 金幣+5, ★★★很有幫助, 謝謝回答，問(wèn)題已解決。 2012-05-07 22:12:37
zh1987hs: 金幣+3, 謝謝 2012-05-08 08:04:45
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問(wèn)題1： 干嘛要轉(zhuǎn)換成gro ��？MS 可以輸出PDB就行了，gromacs那么博愛(ài)，pdb就能直接讀入的。力場(chǎng)文件，你是說(shuō)itp 文件嗎？你可以根據(jù)相應(yīng)的參考文件，獲取相應(yīng)的數(shù)據(jù)，然后自己寫個(gè)小程序就能實(shí)現(xiàn)了。 問(wèn)題2：不了解，找找相關(guān)文獻(xiàn)吧，這方面的文獻(xiàn)應(yīng)該挺多的。 問(wèn)題3：還是看文獻(xiàn)，找引用率高的文章，看看人家用什么唄 祝好運(yùn)！ |
2樓2012-05-07 15:37:33
shengxiang
木蟲(chóng) (著名寫手)
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3樓2012-05-07 15:46:05
zxy964777869
銅蟲(chóng) (正式寫手)
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由于對(duì)gromacs的學(xué)習(xí)剛剛上手，不太清楚立場(chǎng)參數(shù)如何調(diào)用以及計(jì)算執(zhí)行的流程。比如有的文獻(xiàn)上說(shuō)納米管用CHARMM22力場(chǎng)，碳原子類型為CA型，這個(gè)時(shí)候是不是就不用再指定力場(chǎng)參數(shù)了？ 4樓2012-05-07 22:17:43
zxy964777869
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5樓2012-05-07 22:22:41
【答案】應(yīng)助回帖
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zh1987hs: 金幣+3, 謝謝 2012-05-08 08:05:16
zxy964777869: 金幣+8, ★★★★★最佳答案, 十分感謝！剩余金幣全都給你。 2012-05-08 08:57:09
zh1987hs: 金幣+3, 謝謝 2012-05-08 08:05:16
zxy964777869: 金幣+8, ★★★★★最佳答案, 十分感謝！剩余金幣全都給你。 2012-05-08 08:57:09
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找到相關(guān)的文獻(xiàn)了就很好！ 建模的時(shí)候，你在pdb文件中就把碳原子設(shè)置成CA ，在PDB2GMX的時(shí)候選擇力場(chǎng)，就選CHARMM22 推薦你找找論壇上有個(gè)gromacs計(jì)算流程的pdf，這個(gè)對(duì)你入門很有幫助！ 祝好運(yùn) |
6樓2012-05-07 22:42:19
zxy964777869
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再問(wèn)一個(gè)問(wèn)題，我在網(wǎng)上查到用g_x2top生成納米管pdb文件的top文件，選用ffgmx2力場(chǎng)，碳原子定義為Cx類型，鏈接：http://apps.hi.baidu.com/share/detail/31674146 ：請(qǐng)問(wèn)它定義那個(gè)n2t文件的作用是什么？ 那能不能直接在pdb文件中將碳原子定義為Cx類型，然后再在力場(chǎng)那個(gè)文件(nb.itp和b.itp)中添加Cx原子類型以及鍵參數(shù)？ 謝謝，麻煩你了! |
7樓2012-05-08 09:33:18
★ ★ ★ ★ ★
chaizhm: 金幣+5, 謝謝~ 2012-05-08 13:11:40
chaizhm: 金幣+5, 謝謝~ 2012-05-08 13:11:40
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g_x2top 工具我沒(méi)有用過(guò)，抱歉，n2t文件的作用我也不知道。 建議你先仔細(xì)看看手冊(cè)對(duì)這個(gè)命令的講解，手冊(cè)是最好的指導(dǎo)教程。 我用過(guò)pdb2gmx，你也可以試試 pdb中可以修改碳原子的名字和類型，使用vmd 很簡(jiǎn)單就可以： set sel [atomselect top "這些選擇你需要修改的碳原子"] $sel set name Cx $sel set type Cx $all writepdb ok.pdb 最后這個(gè)命令時(shí)保存修改過(guò)的PDB 力場(chǎng)文件中你的有碳納米管的定義 不管是 nb.itp還是b.itp ，哪個(gè)里面有定義碳納米管，就對(duì)應(yīng)的修改就行了。 |
8樓2012-05-08 09:46:56
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