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zxy964777869銅蟲 (正式寫手)
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[求助]
如何用MS的納米管坐標(biāo)轉(zhuǎn)到gromacs可識別的文件
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1、如何將MS的納米管坐標(biāo)轉(zhuǎn)換到gromacs可識別的gro文件，以及怎樣產(chǎn)生相應(yīng)的gromacs力場文件？用PRODRG2轉(zhuǎn)換的話，上傳什么樣格式的坐標(biāo)呢？ 2、在構(gòu)建模型方面，若考慮納米管輸運的話，被輸運氣體或分子應(yīng)如何放置在納米管的兩個開口端，盡量在管腔內(nèi)無輸運物分子的存在，此處不知可否調(diào)大碳原子的范德華半徑來實現(xiàn)。 3、納米管輸運用gromacs的哪種力場描述最好。charmm or amber or gromacs? 本蟲新手，問題可能描述的不是很清楚，還望見諒。 以上3個問題回答若中肯，各懸賞5個金幣。 謝謝 |
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zxy964777869
銅蟲 (正式寫手)
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由于對gromacs的學(xué)習(xí)剛剛上手，不太清楚立場參數(shù)如何調(diào)用以及計算執(zhí)行的流程。比如有的文獻上說納米管用CHARMM22力場，碳原子類型為CA型，這個時候是不是就不用再指定力場參數(shù)了？ 
4樓2012-05-07 22:17:43
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zxy964777869: 金幣+5, ★★★很有幫助, 謝謝回答，問題已解決。 2012-05-07 22:12:37
zh1987hs: 金幣+3, 謝謝 2012-05-08 08:04:45
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zxy964777869: 金幣+5, ★★★很有幫助, 謝謝回答，問題已解決。 2012-05-07 22:12:37
zh1987hs: 金幣+3, 謝謝 2012-05-08 08:04:45
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問題1： 干嘛要轉(zhuǎn)換成gro �。縈S 可以輸出PDB就行了，gromacs那么博愛，pdb就能直接讀入的。力場文件，你是說itp 文件嗎？你可以根據(jù)相應(yīng)的參考文件，獲取相應(yīng)的數(shù)據(jù)，然后自己寫個小程序就能實現(xiàn)了。 問題2：不了解，找找相關(guān)文獻吧，這方面的文獻應(yīng)該挺多的。 問題3：還是看文獻，找引用率高的文章，看看人家用什么唄 祝好運！ |
2樓2012-05-07 15:37:33
shengxiang
木蟲 (著名寫手)
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3樓2012-05-07 15:46:05
zxy964777869
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5樓2012-05-07 22:22:41
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