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[交流]
關(guān)于treefinder軟件的一些問題？
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最近我在使用軟件treefinder的過程中，遇到了一些問題：我的treefinder是2008年版本的，我通過jMODELTEST篩選出的模型如下： Model selected: Model = TPM2uf+G partition = 010212 -lnL = 2194.0723 K = 54 freqA = 0.2681 freqC = 0.2730 freqG = 0.1482 freqT = 0.3107 R(a) [AC] = 3.1465 R(b) [AG] = 25.9666 R(c) [AT] = 3.1465 R(d) [CG] = 1.0000 R(e) [CT] = 25.9666 R(f) [GT] = 1.0000 gamma shape = 0.5840 但是在treefinder中我找不到該模型，通過看說明在treefinder的Model輸入框中輸入代碼： TPM2uf [{3.1465,25.9666,3.1465,1.0000,25.9666,1.0000} , {0.2681,0.2730,0.1482,0.3107}]:G[{0.5840}]:4，partition rates改為 010212 會出現(xiàn)錯誤: "reconstructphylogeny: bad substitution model"，所以想請教各位大俠：應(yīng)該怎樣才能將Jmodeltest中篩選出的模型應(yīng)用到treefinder中？ [ Last edited by sunchao159 on 2012-5-9 at 20:44 ] |
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簡單回復(fù)
2012-05-09 16:35
sunchao159(金幣+1): 謝謝參與
假大空5樓
2012-05-09 17:09
sunchao159(金幣+1): 謝謝參與
祝福
neu2347樓
2012-05-09 17:29
sunchao159(金幣+1): 謝謝參與
2012-05-09 17:41
sunchao159(金幣+1): 謝謝參與
祝福
syhorchid11樓
2012-05-09 19:50
sunchao159(金幣+1): 謝謝參與
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